黄原
- 作品数：108 被引量：583H指数：14
- 供职机构：陕西师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金陕西省科学技术研究发展计划项目陕西省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学轻工技术与工程文化科学更多>>
- 卵黄蛋白原在系统进化中的应用被引量：7
- 2005年
- 卵黄蛋白原是广泛地存在丁卵生脊椎和无脊椎动物体内的雌性特异性蛋白。研究显示几乎所有动物的卵黄蛋白原基因都起源于一个共同的祖先基因。通过Blast搜索,从GeneBank中得到了18种节肢动物门的卵黄蛋白质序列数据和1种线虫的卵黄蛋白原序列数据,用ClustalX软件进行序列的比对分析,并用MEGA-II构建分子树,结果表明有卵黄蛋白原的序列数据可以很好的用于进化关系较近和较远物种的系统进化研究,是一个用于系统进化分析很好的分子标记。
- 叶海燕黄原
- 关键词：卵黄蛋白原节肢动物门系统进化系统进化分析特异性蛋白BLAST
- 网翅蝗科(Arcypteridae)部分种类全基因组提取及16S rRNA基因和COⅠ基因测序被引量：5
- 2004年
- 通过实验提取中国甘肃境内网翅蝗科蝗虫全基因组DNA序列,探索了直翅目蝗虫的总 DNA提取方法;通过特异性引物,对线粒体16S rRNA基因和COⅠ基因序列进行了扩增,并通过 多次预实验探索这两个基因在网翅蝗科昆虫中扩增的最佳条件,为将来的网翅蝗科系统发育分析 奠定了实验基础.扩增好的样品用于测序,测序结果可用于分析6种蝗虫的系统发育关系.
- 胡婧刘艳黄原
- 关键词：RRNA基因分子系统学
- 基于线粒体Cyt b,16S rDNA和核28S rDNA的中国斑腿蝗科(直翅目,蝗总科)九亚科间的系统发育关系研究被引量：4
- 2010年
- 基于线粒体Cytb、16S rDNA和核28S rDNA的部分序列的联合数据集,重建了中国斑腿蝗科9亚科26种蝗虫和癞蝗科笨蝗(外群)间的系统发育关系。结果显示:1)除黑蝗亚科、秃蝗亚科和切翅蝗亚科外,其余6亚科的单系性都得到支持;2)黑蝗亚科似乎应当与秃蝗亚科合并为一个亚科,且与其他几个亚科亲缘关系相对较远;3)凸额蝗属应该由切翅蝗亚科中独立出来;4)卵翅蝗亚科和稻蝗亚科是姐妹群;5)星翅蝗亚科、黑背蝗亚科、斑腿蝗亚科、刺胸蝗亚科及切翅蝗亚科中的凸额蝗属间的关系较近。
- 芦荣胜黄原周志军
- 关键词：斑腿蝗科CYTB系统发育
- 羚牛线粒体基因组全序列测定与分析被引量：3
- 2016年
- 利用长距离PCR扩增法对秦岭羚牛线粒体基因组进行测序、拼接、注释并对基因组特点和羚牛系统发育进行分析。结果表明,羚牛线粒体基因组全长为16662 bp,GenBank序列号:KU361169。该基因由13个蛋白编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因和1个非编码控制区组成。基因组核苷酸组成为A:33.9%,T:27.0%,C:26.3%,G:12.8%,(A+T)含量(60.9%)高于(G+C)含量(39.1%),有一定的碱基偏好。ND2、ND3、ND5基因起始密码子为ATA,其余10个蛋白质编码基因起始密码子为ATG。ND2、ND3、ND4、COⅢ基因为不完全终止密码子T,其余蛋白质基因为完全终止密码子TAA和AGA。预测了22个t RNA二级结构,共有38处错配,以GU错配为主。基于14种有蹄类动物线粒体基因组构建的系统发生树,表明羚牛与山羊亲缘关系最近,应归为羊亚科。
- 冯慧冯成利黄原王璐
- 关键词：羚牛线粒体基因组RNA二级结构系统进化
- 基于线粒体ND2基因的直翅目部分种类分子系统发育分析被引量：2
- 2012年
- 测定了39种直翅目昆虫线粒体ND2基因全长序列,联合GenBank中41种直翅目昆虫的ND2基因序列,探讨ND2基因在解决直翅目系统发育分析上的功效,为建立直翅目的主要类群之间稳定的系统发育关系提供更多的数据。研究结果表明,直翅目昆虫的ND2基因序列全长为996～1 029 bp,平均长度为1 020 bp,A+T含量平均为73%。用贝叶斯法(Bayesian,BI)、最简约法(maximum parsimony,MP)和最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统树,SH检验显示,RAxML法构建的ML树似然值最大,与PAUP*的ML法构建的ML树差异显著,而与贝叶斯树和简约树没有明显差异。所有系统树都显示直翅目为单系群;而蝗亚目的剑角蝗科、网翅蝗科、槌角蝗科和斑腿蝗科均不是单系群,锥头蝗科与瘤锥蝗科亲缘关系较近,这与Otte分类系统一致。螽亚目基本由两大分支构成,一支是蝼蛄总科和蟋蟀总科聚集而成,且具有很高的置信度;另一大分支由螽斯总科独自构成。
- 白洁黄原
- 关键词：直翅目系统发育
- 节肢动物线粒体基因组研究进展与基因顺序分析被引量：13
- 2006年
- 在总结了68种节肢动物线粒体基因组的测序种类、基因组组成、结构及基因排序情况的基础上,特别对节肢动物线粒体基因组基因排列顺序数据进行了详细的分析。线粒体基因组基因排列顺序数据显示六足动物与甲壳动物之间相似,螯肢动物与多足动物相似,这个结果和以前Boore(1998)对节肢动物线粒体基因组顺序分析结果不同,却和核rRNA数据的分析结果一致。
- 胡婧刘念黄原
- 关键词：节肢动物线粒体基因组系统发育
- 真核翻译延伸因子1A蛋白家族功能位点的进化踪迹分析被引量：4
- 2013年
- 真核翻译延伸因子1A(eEF1A)是真核生物蛋白质翻译过程中能将氨酰tRNA运送到核糖体A位点参与多肽延伸反应的多功能蛋白质.本文主要利用多种生物信息学分析工具进行地中海涡虫翻译延伸因子1A(SmEF1A)蛋白序列的查找与eEF1A直系同源蛋白的搜索,并基于90条直系同源蛋白进行eEF1A蛋白家族的进化踪迹分析和SmEF1A蛋白功能位点的比较研究.结果表明,在eEF1A蛋白家族中共识别到338个踪迹残基位点和20个踪迹残基富集区域,SmEF1A蛋白的功能位点与踪迹残基位点密切相关,与GTP/Mg2+结合相关的S21、T72、D91、G94等重要位点均为全家族保守的踪迹残基,N-糖基化、磷酸化等蛋白修饰位点中踪迹残基位点往往是被修饰的部位或修饰功能发挥的关键辅助位点,而位于分子表面的配基结合口袋则与20个踪迹残基富集区域在分子表面形成的踪迹残基簇关系密切.eEF1A蛋白家族的进化踪迹分析为eEF1A蛋白重要功能区域关键残基的确定和未知功能位点的预测提供了重要信息.
- 周峰刘燕马永贵黄原
- 关键词：功能位点
- 李氏大足蝗线粒体全基因组序列分析被引量：2
- 2009年
- 采用长距PCR扩增及保守引物步移法测定并注释了李氏大足蝗(Aeropus licenti Chang)的线粒体基因组全序列。结果表明,李氏大足蝗的线粒体基因组全长15597bp,A+T含量为74.8%,37个基因位置与飞蝗的一致,基因间隔序列共计17处105bp,间隔长度从1～21bp不等;有10对基因间存在58bp重叠,重叠碱基数在1～17bp之间。13个蛋白质编码基因中找到4种可能的起始密码子;有12个基因在3'端找到完全的TAA或TAG终止密码子,只有ND5基因终止密码子为不完整的T。除tRNASer(AGN)外,其余21个tRNA的二级结构均属典型的三叶草结构。tRNASer(AGN)的DHU臂缺失,在相应的位置上只形成一个环。预测的lrRNA二级结构总共有6个结构域(结构域Ⅲ缺失),47个茎环结构;预测的srRNA的二级结构包含3个结构域,31个茎环结构。A+T丰富区长度为712bp。
- 高佳程春花黄原
- 关键词：线粒体基因组直翅目
- 中国蝗总科昆虫化学分类学的研究
- 黄原
- 线粒体基因组测序策略和方法被引量：7
- 2013年
- 本文综述了线粒体基因组测序策略和方法,在传统测序方法中介绍了基于物理分离线粒体DNA的克隆文库测序方法和基于PCR扩增产物的直接测序方法,后者重点介绍了基于长PCR扩增产物的引物步移法和基于总DNA的引物步移法;应用新一代高通量测序方法有基于总DNA样品的方法,包括需要预扩增mtDNA的多物种平行高通量和无需预扩增mtDNA的高通量方法,基于总RNA样品的转录组测序方法等。在实际工作中,选择哪种方法取决于研究规模、样品大小和保存状态、经费情况等。总的来说,基于长PCR扩增产物的引物步移法尤其适合小规模昆虫线粒体基因组研究,而对于大规模线粒体基因组研究来说,NGS技术无疑是省时省力的最佳选择。
- 沙淼林立亮李雪娟黄原
- 关键词：线粒体基因组长PCR高通量测序
