汪旭升
- 作品数：19 被引量：140H指数：5
- 供职机构：浙江大学生命科学学院生物信息学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划福建省科技重大专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程更多>>
- 基于水稻内含子长度多态性开发禾本科扩增共有序列遗传标记被引量：33
- 2006年
- 通过在多态位点两侧的保守编码序列上设计引物,可以开发出在不同物种间通用的基于PCR的分子标记,称为扩增共有序列遗传标记(ACGM)。【目的】探讨利用已公布的水稻籼、粳两亚种的基因组序列开发禾本科ACGM的可行性。【方法】根据水稻两亚种间的内含子长度多态性,开发了38对ACGM引物。用这些引物对玉米、粟、大麦、小麦、竹子、旱稗草和大米草6个属共12个不同材料进行PCR实验。【结果】几乎所有引物都可在至少1种材料中扩增出特异条带,而1/3以上的引物可以在全部供试材料中获得特异扩增产物。在每一种供试材料中,平均大约有2/3的引物可以成功扩增出目的条带。这些引物在各属内不同种、亚种或品种(系)之间的多态性比例在24.1%～90.3%之间,平均为44.6%。【结论】利用水稻基因组序列信息开发禾本科通用型ACGM是可行的。
- 卢泳全汪旭升黄伟素肖天霞郑燕吴为人
- 关键词：禾本科
- 水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发被引量：13
- 2005年
- 用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上获得.
- 汪旭升吴为人吴为人朱军
- 关键词：RGA基因鉴定隐马尔柯夫模型亚种间共显性
- 基因表达数量性状定位的研究进展被引量：5
- 2009年
- 近年来,随着人类和一系列模式生物全基因组测序工作的完成,阐明基因互作、调控网络及代谢途径的生物学功能,成为后基因组时代生物学研究的重点及热点。最近将数量性状定位(quantitative trait loci,QTL)和基因表达分析联合运用,产生了遗传基因组学或基因表达数量性状定位(expression QTL;eQTL)。本文简要地回顾了基因表达遗传变异的本质及eQTL分析的基本原理。在此基础上,结合我们当前的研究工作,重点介绍了eQTL分析方法在候选基因挖掘和基因调控网络构建中的运用,并结合单核苷酸多态性(SNP)对基因表达的影响等问题,讨论eQTL在实际研究分析中面临的困难,并探讨该领域的挑战和发展方向。
- 陈颖汪旭升许玲莉沈勤王晓冬陆璐
- 关键词：基因表达数量性状基因调控网络
- 粳稻MYB蛋白家族的生物信息学分析被引量：5
- 2009年
- 运用隐马尔柯夫模型（Hidden Markov model,HMM）,对粳稻Oryza sativaL.ssp.japonica的蛋白质数据库进行搜索,共找到192个MYB蛋白同源序列,其中有126个R2R3-MYB蛋白,6个R1R2R3-MYB蛋白以及60个MYB相关蛋白（MYB-related protein）.进一步分析所有粳稻的MYB蛋白基因在染色体上的分布,结果发现,MYB基因基本上是成簇分布的,在染色体1-8号特别明显.运用基于EM（Expectation maximization）算法的MEME程序,对MYB蛋白的功能域进行多序列比对分析,确定了R1、R2与R3结构域在每个位置上最大可能氨基酸的频率.此外,还对水稻中的MYB蛋白家族作了初步的进化分析.
- 吴家胜赵彦宏汪旭升
- 关键词：粳稻基因家族功能域进化分析
- 数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法被引量：3
- 2008年
- 几乎所有的农作物都开展了QTL(quantitative trait loci)定位研究,定位的方法也很多,如区间作图、复合区间作图、基于混合线性模型的复合区间作图和贝叶斯作图等,但这些研究方法均有它们自身的缺陷,定位的QTL在基因组上区间仍然很大,精度不高。为了更好地理解QTLs的分子生物学基础。文章简要地介绍了利用生物信息学方法分析QTL区间内候选基因的方法,并着重从遗传、基因组结构、表达和功能等方面来剖析QTL内的候选基因,为将来更好地利用QTL提供了借鉴。
- 吴家胜汪旭升
- 关键词：遗传学数量性状位点候选基因生物信息学
- 家蚕基因组的snoRNA(Box C／D)的生物信息学分析与研究
- 真核生物中snoRNA大致可分为Box C／D和BoxH／ACA两大类,分别指导rRNA前体的甲基化和假尿苷酸化修饰。本文采用生物信息学的方法,对家蚕基因组中的Box C／D snoRNA进行预测和分析,共获到了70个s...
- 余东亮汪旭升徐飞傅衍
- 关键词：家蚕甲基化非编码RNA
- 文献传递
- 基于生物信息学方法分析基因家族及非编码序列的研究
- 水稻(Orvza sativa L.)是世界上最主要的粮食作物之一，为世界一半以上的人口提供主粮。水稻分为两个亚种，即籼稻和粳稻。现在水稻的两个亚种(93-11和日本睛)的基因组草图已公布。另外，日本晴的1号，4号和10...
- 汪旭升
- 关键词：水稻基因组抗病基因抗病基因类似物转录调控
- 一种新型的分子标记:内含子长度多态性
- ＜正＞ Intron length polymorphisms （ILPs） have been used as genetic markers in some studies.However,asystematic i...
- 汪旭升赵向前卢泳全朱军吴为人
- 关键词：RICE
- 文献传递
- 基于水稻基因组序列SSR的多态性分析被引量：15
- 2005年
- 根据Monsanto公司所发布的6655个序列[由简单重复序列(SSR)及其两翼各100个碱基组成],通过生物信息学的方法,找到了在籼稻(Oryzasativasubsp.indica)品种93-11与粳稻(Oryzasativasubsp.japonica)品种日本晴的基因组序列中匹配最好的1453个同源位点。在这些位点中,93-11和日本晴中分别搜索到了1449个和1451个SSR。通过对SSR的分类比较,发现在93-11和日本晴的相同位点存在1175个具有相同基序的SSR,其中371个具有相同的基序和重复个数,804个具有相同的基序但重复次数有差异。具有相同基序但重复次数有差异的SSR类型中,频率最高的是2个核苷酸的重复子,占62.94%,基序为5个和6个核苷酸的SSR则较少。对水稻这两个品种相应区域SSR的多态性比较分析,揭示了用这些特定类型的SSR可以在这两个品种的特定区域发展新的SSR标记,并为研究这两个品种之间遗传变异、基因组功能之间的差异等提供依据。
- 陈仲中汪旭升朱军
- 关键词：简单重复序列水稻多态性
- 禾本科通用型标记IACGM
- 本发明公开了一种通用型分子标记的开发方法，包括利用已知物种的基因组序列数据，还包括以下步骤：1)在已知一个物种A的内含子长度多态性、即ILP的基础上，借助生物信息学方法，将ILP所在的物种A与物种B的cDNA测序数据进行...
- 吴为人卢泳全汪旭升
- 文献传递
