徐刚
- 作品数：53 被引量：147H指数：7
- 供职机构：江西省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：江西省卫生厅科技计划项目江西省卫生厅基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 江西省汉坦病毒分离及其S和M基因特征分析被引量：3
- 2015年
- 目的对2011年江西省采集的鼠肺标本进行汉坦病毒的分离鉴定,了解分离病毒株的基因特征。方法采用Vero-E6细胞对阳性鼠肺标本进行病毒分离,采用直接免疫荧光法和RT-PCR方法对毒株进行鉴定。扩增分离株的S、M片段基因进行克隆测序。运用DNAstar软件包和MEGA3.1软件对序列进行分析。结果从15份标本分离到2株来自褐家鼠的汉城型汉坦病毒。对其中1株病毒的S、M片段进行了克隆和序列测定,其中S片段含1 772个核苷酸,编码429个氨基酸;M片段含3 651个核苷酸,编码1 133个氨基酸。经核苷酸和氨基酸同源性分析,新分离株与国内外汉城型病毒核苷酸同源性94.8%~98.0%,氨基酸同源性98.2%~99.6%。与汉城型标准株80-39株相比,S片段仅1个氨基酸位点发生变异;M片段有9个氨基酸位点发生变异,糖基化位点的数目和位置没有发生变化。结论从江西省褐家鼠分离到两株汉城型病毒,病毒基因变异较小,型别相对稳定。
- 刘师文徐刚施勇龚甜李健雄刘晓庆熊英
- 关键词：汉坦病毒病毒分离M基因S基因
- 2012年江西省儿童急性出血性结膜炎病原学特征分析被引量：3
- 2016年
- 目的了解2012年江西省儿童急性出血性结膜炎(AHC)病原学特征,为其防治提供科学依据。方法采集2012年江西省急性出血性结膜炎患儿44例结膜拭子标本,并运用PCR和RT-PCR方法对这44份结膜拭子标本同时进行肠道病毒70型、柯萨奇病毒24型变异株和腺病毒三种病毒检测。结果 2012年江西省儿童流行性出血性结膜炎流行高峰在5-7月份;PCR和RT-PCR检测结果为腺病毒阳性31份。结论 2012年江西省儿童急性出血性结膜炎病原体主要为腺病毒。
- 杨洋龚甜殷小龙徐刚张艳妮
- 关键词：急性出血性结膜炎腺病毒病原学
- 2010—2018年江西省人冠状病毒HKU1感染特征和基因型分析
- 2024年
- 目的分析江西省冠状病毒HKU1感染特征和基因型,为HKU1感染疾病的防控提供技术支撑。方法采集急性呼吸道感染病例标本,采用实时逆转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)方法进行冠状病毒HKU1核酸检测。阳性标本CT值<30进行棘突蛋白S和核心蛋白N基因巢式PCR扩增,产物纯化后使用测序仪进行序列测定。使用Excel、SPSS 13.0、CLC、DNAStar和MEGA7分析数据。结果共采集3744份标本,检出HKU1阳性42份,阳性率1.12%;HKU1阳性率男性病例高于女性病例,1~3岁儿童HKU1阳性率最高,阳性率在12月最高,差异有统计学意义。2012年HKU1阳性率最高,2016年和2017年未检出。2010—2018年江西省HKU1阳性标本序列基因分型结果为13个A型、6个B型。结论江西省冠状病毒HKU1感染男性高于女性,1~3岁儿童是冠状病毒HKU1感染的高危人群。HKU1阳性率在12月最高,各年间阳性率有差异。省内HKU1流行株基因型为A型和B型。
- 徐刚李健雄刘师文张艳妮
- 关键词：基因特征
- 2014年江西省麻疹/风疹实验室网络监测数据分析被引量：1
- 2016年
- 目的评价江西省2014年麻疹/风疹实验室网络运转情况。方法对江西省2014年麻疹/风疹实验室网络各项监测运转指标,进行分析与评价。结果江西省麻疹/风疹实验室网络于2014年全省共检测1 712份血清标本,其中麻疹和风疹Ig M抗体检测阳性率分别为3.10%、2.16%;对1 327份咽拭子标本进行麻疹病毒和风疹病毒荧光RT-PCR检测,其中麻疹病毒核酸检测阳性40份,共分离到麻疹病毒毒株17株;风疹病毒核酸检测阳性3份,未分离到风疹病毒毒株,麻疹病毒基因型为H1a。省级实验室通过WHO的现场认证、血清盲样考核和国家麻疹/风疹实验室核酸盲样考核;市级实验室满分通过省级血清和核酸盲样考核,麻疹和风疹病毒Ig M抗体检测复核率分别为100.00%和71.88%,麻疹病毒和风疹病毒核酸复核率为100.00%。结论江西省2014年麻疹/风疹血清学和病原学监测实验室网络运转良好,在麻疹消除关键时期发挥了重要作用。
- 龚甜熊英张艳妮施勇李健雄徐刚
- 关键词：麻疹风疹实验室网络
- 江西省2020年新冠肺炎病例临床样本SARS-CoV-2全基因组测序及基因特征研究
- 2022年
- 目的探索新冠肺炎病例临床样本的新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,)SARS-CoV-2全基因组测序方法,系统阐述江西省SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。方法逐步建立基于Ion Torrent S5平台的SARS-CoV-2临床样本宏基因组测序方法、二代SARS-CoV-2临床样本靶向基因组测序方法和基于MinION平台的三代SARS-CoV-2临床样本靶向基因组测序方法,同时应用这三种方法对江西省新冠肺炎确诊病例的临床样本进行基因组测序。使用artic-ncov2019软件、CLC Genomics Workbench(Version 21.0)软件和DNAstar软件等软件进行数据处理和分析。结果成功建立三种对临床样本的SARS-CoV-2的宏基因组、二代和三代靶向全基因测序方法,获得了共38例确诊病例的全基因组序列。其中,33例为疫情期间病例,5例为外防输入期间的病例。疫情初期病例的SARS-CoV-2共检测到40个变异位点,每例病例的基因变异数为1~6个,根据8782和28144位点变异情况分为L和S两支,其余突变位点均只出现在1~3个病毒中。境外输入病例分别属于B.1、B.1.1、B.1.1.63、B.1.1.95、B.1.1.306,和国外同期的病例同源性最高。结论成功建立了三种SARS-CoV-2全基因组测序技术,并运用于江西省新冠肺炎疫情防控实际工作中。及时阻断疫情传播,对减少病毒变异具有非常重要的意义。
- 李健雄施勇刘师文徐刚龚甜周珺肖芳刘晓庆张艳妮肖大瑾冉鑫熊英
- 关键词：新型冠状病毒
- 2009年-2012年江西省流感病原学监测结果分析被引量：22
- 2014年
- 目的了解江西省2009年-2012年流感流行状况及毒株的型别分布,并分析其流行趋势。方法采集流感样病人的鼻咽拭子标本,采用传代狗肾细胞直接进行病毒分离或先对标本进行流感病毒核酸检测,阳性标本再进行病毒分离,分离到的毒株采用HI法进行型别鉴定。结果 2009年-2012年江西省各网络实验室共收到流感监测标本24 207份,其中核酸检测阳性标本有4 793份;分离到毒株1 110株。结论 2009年-2012年江西省以新甲型H1N1,B型及季节性H3N2亚型流行为主;2009年新甲型H1N1的流行对江西省的流感流行周期产生了一定影响;2009年扩大流感监测网络大大推进了全省各实验室检测能力的建设。
- 周珺熊英李健雄徐刚刘师文
- 关键词：流感病原学监测
- 一起人腺病毒55型引起的儿童发热暴发疫情病原学鉴定被引量：3
- 2021年
- 目的对江西省某地一起儿童不明原因发热暴发疫情的病原进行鉴定。方法采集患儿咽拭子标本,提取样本总核酸,采用TaqMan微流体芯片技术对所有标本进行42种呼吸道病原检测,对检出腺病毒阳性的标本,进行腺病毒六邻体基因(Hexon)片段测序和病毒分离,对分离毒株基因组进行测序,运用CLC Genomics Workbench和Mega7.0等生物学软件对测定序列进行处理分析。结果共采集3例不明原因发热患儿咽拭子标本3份,经TaqMan微流体芯片技术检出3份腺病毒阳性。获得3条长708bp的Hexon基因片段序列,序列之间同源性为100%,序列分析发现其与人腺病毒55型同源性最高;共分离到2株腺病毒命名为2020YQ523、2020YQ524;对病毒分离株2020YQ523进行了腺病毒基因组序列测定,获得长34443bp的基因序列,根据腺病毒全基因序列构建的系统进化树显示该病毒分布在腺病毒55分支。结论该起儿童发热暴发疫情由人腺病毒55型感染引起。
- 刘师文熊英李健雄张艳妮徐刚肖芳刘晓庆龚甜
- 关键词：暴发疫情
- 江西省2009年至2012年甲型H3N2流感病毒耐药性分析被引量：6
- 2014年
- 目的分析江西省2009-2012年甲型H3N2流感病毒M2以及NA基因的特点,掌握其耐药情况,为临床治疗和疾病控制提供参考。方法从江西省流感监测网中随机选择19株甲型H3N2流感病毒,经核酸提取和one-step RT-PCR扩增M以及NA基因片段,双向序列测定,采用DNAStar5.0和Mage4.0序列分析软件分析M2以及NA基因特征以及耐药性位点。结果 19株毒株M2基因31位氨基酸均由丝氨酸(S)突变为天冬酰胺(N);所有毒株NA蛋白催化活性位点和辅助位点均未发生氨基酸替换。结论 19株毒株均对金刚烷胺类药物耐药,对流感病毒神经氨酸酶抑制剂药物均敏感,但仍应加强对流感病毒的耐药性监测。
- 李健雄熊英施勇龚甜周珺徐刚
- 关键词：M2耐药性
- 江西省2013年疑似麻疹病例病原学实验室监测结果分析被引量：4
- 2015年
- 目的分析2013年江西省疑似麻疹病例病原学实验室检测结果,为进一步消除麻疹提供科学依据。方法采用实时荧光定量逆转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)方法,对2013年疑似麻疹病例咽拭子标本进行麻疹病毒核酸检测,对核酸阳性标本进行麻疹病毒分离培养,并对分离到的麻疹毒株进行基因型别鉴定。结果 2013年全省共采集麻疹疑似病例咽拭子标本1 197份,检出麻疹核酸阳性55份,阳性率为4.59%;共获得16株麻疹毒株,分离率为29.09%,均为H1a基因型。结论江西省需要进一步提高麻疹病例咽拭子标本采集率和采集质量,充分阐述麻疹病毒基因型别特征,为努力实现消除麻疹目标提供实验室依据。
- 龚甜熊英张艳妮施勇徐刚
- 关键词：麻疹病原学
- 2013-2016年江西省麻疹病毒分离株H基因特征分析
- 2021年
- 目的探究江西省2013-2016年麻疹病毒的流行特点与流行趋势。方法用Vero/SLAM细胞对麻疹病毒进行分离培养,对获得的麻疹毒株扩增其H基因序列,并对获得的基因片段进行核苷酸序列的测定,再与Gengbank上麻疹各基因型别的参考序列进行比对,分析其亲缘关系、同源性等变异情况。结果2013-2016年获得75株麻疹毒株,均为H1a基因型。75个毒株H基因之间的核苷酸同源性为97.86%~100%,与疫苗株Shanghai-191 H基因的核苷酸同源94.23%~94.71%,与H1a基因型代表株CHN/93/2(AF045196)H基因的核苷酸同源性为98.41%~99.02%;进化树显示,2013-2014年出现过11株小的分支流行但很快消失了。结论目前江西省麻疹病毒优势流行株的基因型别为H1a基因型。
- 张艳妮龚甜李健雄施勇徐刚
- 关键词：麻疹病毒基因型
