付晓腾 作品数:8 被引量:1 H指数:1 供职机构: 中国海洋大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家重点基础研究发展计划 国家高技术研究发展计划 更多>> 相关领域: 农业科学 更多>>
基于454测序的栉孔扇贝(Chlamys farreri)基因和SNP筛查 高通量的新一代测序技术在基因表达、注释和突变筛查等方面显示了强大的功能。本文应用454公司的高通量测序系统GS FLX Titanium对栉孔扇贝的转录本进行了测序分析,首次将新一代测序技术应用于贝类的基因和突变筛查。分... 王珊 包振民 胡晓丽 苏海林 贺艳 张月月 李艳 付晓腾关键词:栉孔扇贝 转录本 SNPS 文献传递 栉孔扇贝(Chlamys farreri)高密度图谱构建和基因组框架图谱绘制 栉孔扇贝Chlamys farreri(Jones et Preston1904)作为双壳类的一种,是我国极具商业价值的重要经济种。本研究借助二代测序平台,建立了栉孔扇贝高通量SNP开发与分型技术,构建了高精度图谱,进行... 付晓腾关键词:栉孔扇贝 生长繁殖 经济性状 文献传递 测序错误和重复序列对无参照基因组单核苷酸多态性分型的影响 2013年 单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism—SNP)被认为是揭示遗传变异理想的分子标记,近几年来一系列针对高通量测序平台的技术如RAD,GBS,RRLs,2b-RAD等成为非模式生物尤其是水生动物的de novo SNP标记规模开发和大样本群体遗传研究的有利途径。本文从理论上讨论了测序错误和重复序列因素对de novo SNP分型的影响,并利用模式生物拟南芥RAD模拟数据对理论分析进行了验证。通过理论推导和模拟验证发现测序数据量在15~20X左右时单拷贝区域内SNP被检测的概率大于95%,等位基因的支持度不小于2时能够有效屏蔽掉测序错误对SNP分型的影响(假阳性低于2%),这些为实际数据的de novo SNP分型提供了理论上的指导。 窦锦壮 赵熙强 付晓腾 焦文倩 王南南 张玲玲 胡晓丽 王师 包振民关键词:DE SNP分型 一种大量样本同时分型的方法 本发明提供一种大量样本同时分型的方法,能够通用于多种测序平台的SNP筛查和分型。本发明选用II B型限制性内切酶对提取的基因组DNA进行酶切,并在酶切片段的两端加上接头,且其中一个接头从5'至3'端包括有测序平台的通用测... 王师 焦文倩 包振民 吕佳 付晓腾 张玲玲 胡晓丽文献传递 一种用于大规模、高通量基因分型的贝类DNA快速提取方法 本发明提供了一种用于大规模、高通量基因分型的贝类DNA快速提取方法,首先选取少量鳃丝组织作为取样组织,然后进行蛋白消化裂解细胞释放DNA,仅需离心吸取上清弃除沉淀,上清溶液稀释后即可用于后续分子标记分型工作,省略了常规D... 包振民 毛俊霞 王师 苗艳 张玲玲 胡晓丽 付晓腾文献传递 一种大规模筛查扇贝SNP的方法 本发明属于扇贝DNA分子遗传标记技术领域的一种大规模筛查扇贝SNP标记的方法,先用溶液D和酚氯仿提取多个栉孔扇贝RNA,按比例混匀后紫外分光光度计测定其浓度备用;再构建扇贝全长cDNA样品,包括cDNA第一链合成和cDN... 包振民 王珊 胡景杰 胡晓丽 李纪勤 侯睿 付晓腾 陆维文献传递 一种用于大规模、高通量基因分型的贝类DNA快速提取方法 本发明提供了一种用于大规模、高通量基因分型的贝类DNA快速提取方法,首先选取少量鳃丝组织作为取样组织,然后进行蛋白消化裂解细胞释放DNA,仅需离心吸取上清弃除沉淀,上清溶液稀释后即可用于后续分子标记分型工作,省略了常规D... 包振民 毛俊霞 王师 苗艳 张玲玲 胡晓丽 付晓腾栉孔扇贝(Chlamys farreri)高密度图谱构建和基因组框架图绘制 栉孔扇贝Chlamys farreri (Jones et Preston1904)作为双壳类的一种,是我国极具商业价值的重要经济种。本研究借助二代测序平台,建立了栉孔扇贝高通量SNP开发与分型技术,构建了高精度图谱,进... 付晓腾关键词:栉孔扇贝 SNP QTL 基因组测序