陶伟杰
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
- 供职机构：上海海事大学信息工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市教育委员会创新基金上海市青年科技启明星计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 基于非负矩阵分解的大脑不同区域基因表达数据分析被引量：1
- 2012年
- 基因之间存在多种多样的表达调控活动,一般认为这些调控关系隐含在基因表达谱中。针对阿尔茨海默症(AD)起病隐匿、诊断难、发病机理复杂以及基因信号传导通路和调控关系难以重建等特征,利用非平滑非负矩阵分解(nsNMF)方法提取AD致病基因,聚类过程中利用共表型相关性系数(CCC)选取聚类数k的值,得到最优的聚类数目。针对基因表达数据噪声高、信息变量隐藏难分析的困难,考虑AD的发生发展与许多大脑功能区域密切相关的特性,提出将nsNMF分别应用于AD患者的大脑海马区、内嗅区皮质、颞中回及视觉皮层区的基因表达数据中,共提取3 800个显著基因,其中包括确定与AD致病机理有关联的10个致病基因,并进行了生物学分析,得到了AD相关的细胞凋亡、代谢及炎症反应等生物过程,显示nsNMF方法及大脑多区域数据集的联合分析能更全面地探寻AD信号传导关系及基因调控方式。
- 孔薇陶伟杰牟晓阳
- 关键词：非负矩阵分解阿尔茨海默病
- 基于NMF技术探寻早期AD基因表达调控网络被引量：3
- 2012年
- 利用非负矩阵分解(NMF)技术,依据加强算法的稀疏性对患早期阿尔茨海默症(AD)样本的基因表达数据进行分析,提取对疾病早期诊断具有重要意义的显著基因,样本分类实验结果证明了算法的有效性.在此基础上,结合与炎症反应有重要关系的NF-κB等基因初步建立了与早期AD密切相关的基因表达调控网络结构图,为AD致病机理的探询、早期诊断与治疗等提供了有益的途径和方法.
- 陶伟杰孔薇
- 关键词：非负矩阵分解阿尔茨海默症
