赵洁苑
- 作品数:3 被引量:0H指数:0
- 供职机构:上海大学理学院更多>>
- 发文基金:上海市教育委员会重点学科基金国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域:理学生物学自动化与计算机技术更多>>
- MiRfilter:一个预测病毒microRNA的计算工具
- 2010年
- 采用生物信息学方法开发了一个预测病毒miRNA的计算机程序MiRfilter,通过提取已知的病毒miRNA的生物学特征,规定参数及参数范围,并以此为筛选标准,预测潜在的病毒miRNA.用EBV和RLCV两种病毒的正负样本对MiRfilter的预测精度进行检测.MiRfilter从39个EBV已知的miRNA中正确识别了30个,从116个负数据中检测到9个假阳性数据;从20个RLCV的miRNA中正确识别了15个,从108个负数据中检测到2个假阳性数据.用取自果蝇和线虫预测区域的186个负数据检测MiRfilter的特异性,在186个负数据中没有预测出假阳性序列.
- 张玉滨赵洁苑龚云路王翼飞
- 关键词:生物基因组发夹结构生物学特征
- 基于MiRfilter系统的毛果杨miRNA预测
- 2010年
- 从参数训练、参数范围训练、候选成熟体打分等方面改进miRNA预测系统MiRfilter,使其适应拥有更长前体的植物miRNA的预测.预测毛果杨基因组上的miRNA,并对系统进行精度检验.利用MiRfilter系统共预测出3 860条候选miRNA;在110个正样本中,正确识别91条前体和80条成熟体,前体预测精度为82.73%,成熟体预测精度为72.73%;在毛果杨第4号染色体(LG_Ⅳ)上得到的1 968个负样本中,有12个数据可认为是miRNA,假阳性率为0.61%.
- 赵洁苑龚云路王翼飞
- 关键词:植物MIRNA
- 植物microRNA预测方法研究及计算机实现
- 由于miRNA对生命体具有非常重要的调控功能,因此寻找新的miRNA是生命科学领域的一大热点。寻找miRNA基因的方法有计算识别方法和实验检测方法,两种方法结合使用,才能准确地找到miRNA基因。根据计算识别方法的本质可...
- 赵洁苑
- 关键词:植物MIRNA生物学特征
- 文献传递