刘海军
- 作品数：5 被引量：6H指数：2
- 供职机构：江苏大学生命科学研究院更多>>
- 发文基金：江苏省高校自然科学研究项目国家重点基础研究发展计划转基因生物新品种培育专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学自然科学总论更多>>
- 基于动态权重匹配的RNA折叠算法被引量：1
- 2008年
- 本文在最大权重匹配(Maximum Weighted Matching,MWM)算法的基础上引入与茎区长度相关的动态权重,采用一种递归算法逐步寻找具有最大权重和的茎区,从而最终确定RNA的二级结构.该算法避开了繁杂的自由能计算,同样也能达到较高的预测精确度并且还能预测到大多数类型的潜在假结(pseudoknots).
- 陆健刘海军姚勤王勇陈克平
- 关键词：RNA二级结构
- 利用EST序列构建Mascot本地数据库被引量：1
- 2012年
- 对蛋白质质谱数据进行数据库比对和鉴定是蛋白质组学研究技术中的一个重要步骤。由于公共数据库蛋白质数据信息不全,有些蛋白质质谱数据无法得到有效的鉴定。而利用相关物种的EST序列构建专门的质谱数据库则可以增加鉴定未知蛋白的几率。本文介绍了利用EST序列构建Mascot本地数据库的具体方法和步骤,扩展了Mascot检索引擎对蛋白质质谱数据的鉴定范围,从数据库层面提高了对未知蛋白的鉴别几率,为蛋白质组学研究提供了一种较为实用的生物信息学分析技术。
- 刘海军陈克平
- 关键词：蛋白质组学EST序列MASCOT
- 河豚鱼骨骼肌蛋白组分析被引量：2
- 2009年
- 为了建立一套对河豚骨骼肌总蛋白进行蛋白组分析的技术体系,采用高分辨率的双向电泳技术对河豚骨骼肌总蛋白进行分离,银染后用IMAGEMASTERTM软件分析2D凝胶图谱,共检测出112种以上的蛋白。利用基质辅助质量飞行时间质谱(MALDITOFMS)对分离较好的33个蛋白点进行肽质量指纹图谱分析,并用MASCOT在线软件通过检索NCBInr,MSDB及UniProtKB/TrEMBL等数据库,鉴定其中的21个蛋白点,包括原肌球蛋白等结构蛋白以及各种与代谢相关的酶、与信号传导和细胞凋亡相关的蛋白等。该体系为动态监测河豚鱼骨骼肌在不同水环境及饲料的不当添加等情况下蛋白表达谱的变化提供了新的方法。
- 陆健郑建洲刘海军李军陈克平
- 关键词：河豚骨骼肌双向电泳蛋白质组学
- 基于Make2D-DB Ⅱ构建水稻二维电泳-质谱联动数据库
- 2013年
- 基于Make2D-DB Ⅱ软件包构建了一个水稻二维电泳-质谱联动数据库Rice2DDB,介绍了该数据库的构建方法和步骤,为快速发展的水稻蛋白质组学研究提供了数据管理和交流的平台,对其他物种的蛋白质组学研究也具有参考价值。
- 刘海军朱克明杨艳华邱旭华陈克平
- 关键词：水稻二维电泳数据库II
- 利用Mascot程序与家蚕EST数据对质谱数据进行鉴定被引量：2
- 2010年
- 【目的】研究和检验利用Mascot程序与家蚕EST数据解析质谱分析的结果,鉴定目标蛋白的方法。【方法】将家蚕5龄起蚕中肠总蛋白进行二维电泳分离,并运用质谱对80个蛋白点进行肽指纹图谱分析,利用Mascot程序和经自主编制软件Transeq翻译的EST序列数据库对所得质谱数据进行鉴定。【结果】鉴定出其中41个蛋白,并利用EST电子克隆在其余39个蛋白中得到19个蛋白的全长或较长cDNA。【结论】本文提出的利用家蚕EST数据来解析家蚕蛋白质谱结果的方法,能够鉴定仅利用公共数据不能鉴定的蛋白,并能鉴别基因可变剪接后产生蛋白异形体的问题。
- 刘晓勇刘海军陈克平姚勤
- 关键词：家蚕中肠质谱表达序列标签肽指纹图谱
