杨达
- 作品数：8 被引量：22H指数：3
- 供职机构：哈尔滨医科大学生物信息学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金黑龙江省自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 安佳欣胶囊对抑郁症模型大鼠基因功能类表达影响的初步研究被引量：12
- 2007年
- 目的研究安佳欣胶囊对抑郁症模型大鼠基因功能类表达的影响。方法分析抑郁症大鼠模型组和安佳欣胶囊组各8例样本的基因表达谱数据,筛选差异表达基因。利用基因功能分类体系Gene Ontology中的生物学过程子树和细胞组分子树,寻找和分析显著聚集差异表达基因的复合功能类,从分子水平和基因功能模块水平探索安佳欣胶囊对抑郁症模型大鼠基因表达谱的影响。结果筛选出330个差异表达基因,并进一步识别了8个差异表达基因功能模块,主要涉及糖代谢、蛋白转运、谷氨酰胺代谢、凋亡诱导和神经发生。通过文献证实进一步发现了差异功能模块中7个可能与抑郁症发病相关的基因(Pfkm、Gpx1、Stx1a、Ninj2、Plp、Evl、Nrn1)在两组动物中差异表达。结论安佳欣胶囊可能增加抑郁症模型大鼠的单胺递质合成和释放,改善神经保护和神经发生功能,这些改变可能与安佳欣胶囊的抗抑郁作用有关。
- 钟国才李强柯尊洪吕莹丽郝晓峰李崇前杨达王海敏王栋郭政
- 关键词：抑郁症基因表达谱GENEONTOLOGY基因功能
- 利用亚细胞位置特异的基因功能模块与表达调控网络识别疾病特征基因被引量：3
- 2006年
- 利用GeneOntology中的生物过程(biologicalprocess)及细胞组分(cellularcomponent)两种分类体系,选择显著聚集差异表达基因的复合功能模块,识别其中能够有效分类疾病样本的特征功能模块,以特征功能模块中的差异表达基因作为特征并分析它们与疾病的相关性.对前列腺癌、胃癌和白血病数据的分析结果表明,基于特征功能模块的特征基因选择方法可以识别与疾病高度相关的功能一致的特征基因.进一步的分析显示,根据特征功能模块和基因表达调控信息构建基因表达调控网络,可以从中挖掘可能的疾病关键特征基因,并提示对复杂疾病同时应答的多功能模块间协同作用关系机理研究的重要线索.同时,本研究结合基因功能分类的疾病特征基因选择方法提示了一种高准确度的疾病分类方法,分类结果有明确的生物学意义,对复杂疾病的分子病理学研究亦有重要的意义.
- 张敏朱晶郭政李霞杨达王磊饶绍奇
- 关键词：基因表达谱ONTOLOGY特征基因基因调控网络
- 利用基因芯片观察抑郁症大鼠模型基因表达的变化
- 2006年
- 目的:采用高通量基因芯片观察大鼠抑郁症模型基因表达的变化,结合基因功能分类体系探讨抑郁症的发病机制。方法:实验于2004-04/2005-10在成都康弘集团实验动物中心和哈尔滨医科大学完成。采用Willner法对32只雄性SD大鼠构造大鼠抑郁症模型,应激刺激造模结束后将大鼠分为模型组和正常组,每组各8只。由基因芯片检测8只模型组和8只正常组大鼠的基因表达谱,识别差异表达基因并注释于GO基因功能分类体系,分析差异表达基因与疾病的相关性。结果:实验纳入大鼠数量为16只,实验中无意外死亡、丢失及补充,进入结果分析大鼠数量为16只。对模型组和正常组,通过t检验筛选得到207个差异表达基因,涉及神经肽激素活性、信号传导通路、核糖体生成以及蛋白质转运与降解。具有钙调蛋白依赖的蛋白激酶活性基因钙调蛋白依赖的蛋白激酶1、钙调蛋白依赖的蛋白激酶2G、钙调蛋白依赖的蛋白激酶2抑制物α、具有囊泡介导转运功能的基因突触蛋白表达下调也表明这些通路在大鼠抑郁症模型中可能被抑制;有神经肽激素活性的精氨酸加压素表达下调,验证了情感性精神障碍的精氨酸加压素的假说,即抑郁症患者精氨酸加压素功能降低,在躁狂症患者则升高。进一步验证了抑郁症的病理机制所涉及的可能是神经传递功能的多个环节。结论:单胺递质的释放、信号传导以及神经肽调节的表达变化涉及抑郁症的发病机制,提示多种功能通路与抑郁症的发病机制相关。
- 王栋李强杨达郝晓峰李崇前吕莹丽钟国才王海敏郭政
- 关键词：抑郁症基因表达基因
- 基于基因功能模块挖掘前列腺癌相关的基因表达调控网络
- 从模块角度分析前列腺癌基因表达谱数据,将模块信息用于疾病样本分类可以得到高准确度的分类结果.本文提出了基于基因功能模块挖掘基因表达调控网络的方法,按Gene Ontology(GO)基因功能分类体系,将基因模块化地组织到...
- 张敏朱晶郭政王磊杨达
- 关键词：基因表达谱特征基因前列腺癌
- 文献传递
- 采用基于Gene Ontology的聚类方法研究白血病的遗传异质性被引量：3
- 2008年
- 采用基因表达谱可以研究基因功能模块与疾病异质性之间的关系。根据两套白血病基因表达谱数据,将富集高变异基因的Gene Ontology基因功能模块作为特征功能模块,将疾病样本聚为两类。通过对比原始多类标签,采用聚类评估指标来分析两类化聚类结果的效果,并探讨特征功能模块与疾病异质性之间的关系。实验结果显示:在两套不同的白血病基因表达谱数据中得到的特征功能模块类似,它们对白血病亚型有较强的分型能力。
- 肖国华李永进郭政彭春方王栋朱晶杨达姚晨王靖
- 关键词：基因表达谱GENEONTOLOGY遗传异质性
- 通过蛋白质互作网络预测已知部分功能的蛋白质的精细功能被引量：2
- 2007年
- 基于高通量数据,研究人员已经设计了许多算法用于寻找功能完全未知蛋白质的功能.然而,这些算法的效率受到一些根本因素的制约,包括:(ⅰ)功能完全未知的蛋白质参与一个精细功能的先验概率低;(ⅱ)高通量互作数据中有大量的假阳性互作;(ⅲ)蛋白质互作数据对功能类的覆盖不完全;(ⅳ)训练算法的大量阴性样本数据是异质的;(ⅴ)训练算法的蛋白质的精细功能知识不足.因此,本研究提出一种新的方法对已知部分功能的蛋白质进行功能预测,即利用功能特异的蛋白质互作子网或者基因表达模式信息来寻找蛋白质更为精细的功能.该方法能够通过恰当地定义预测范围和过滤假阳性数据减少上述提到的问题,因此可以高效地发现蛋白质的新功能.对于几千个已知部分功能的酵母与人类蛋白质,该方法能够以超过90%的精确率找到它们更为精细的功能.预测的精细功能对于指导随后的湿实验和提供必要的功能知识来学习其他蛋白质的功能都具有重要的意义.
- 李彦辉郭政马文财杨达王栋张敏朱晶钟国才李永进姚晨王靖
- 关键词：GENEONTOLOGY基因功能
- 根据基因表达谱与基因功能模块研究大鼠抑郁症发病的分子机制
- 2007年
- 用Willner法构造大鼠抑郁症模型,由基因芯片检测8例模型和8例正常大鼠的基因表达谱,识别差异表达基因,寻找差异表达基因功能模块并构建基因表达相关网络,研究大鼠抑郁症模型的分子病理机制。在基因本体（GO）功能体系中寻找显著富集差异表达基因的疾病相关功能模块,提取疾病相关功能模块中的基因构造表达相关网络,从中选择显著多地与其它基因共表达的基因定义为HUB基因,并进一步研究其与疾病的关系。筛选得到207个差异表达基因及13个差异表达基因功能模块,主要涉及神经肽激素活性、信号传导通路、核糖体生成以及蛋白质转运与降解。在共表达相关网络中进一步识别了4个差异表达的HUB基因。利用基因功能模块和表达相关网络研究疾病机制的结果显示,抑郁症的发病可能涉及单胺递质的释放、信号传导以及神经肽激素调节等通路协同作用。
- 杨达钟国才李崇前吕莹丽张敏王栋王海敏李强郝晓峰郭政
- 关键词：抑郁症基因本体基因表达谱
- 根据基因功能表达谱研究抑郁症模型及安佳欣胶囊的抗抑郁症机制被引量：2
- 2008年
- 由基因芯片检测正常大鼠、模型大鼠和服用安佳欣胶囊进行治疗后的大鼠各8例的基因表达谱,在正常组和模型组之间,筛选得到207个差异表达基因和25个差异表达基因功能模块,在模型组和给药组之间,筛选得到860个差异表达基因和24个差异表达基因功能模块。比较两次结果,得到信号传导通路、蛋白质转运等价相同的功能模块,预测此功能模块可能为安佳欣胶囊发挥抗抑郁作用的一部分靶点。在这9个模块中寻找在模型组出现差异表达而在给药组表达趋于正常水平的基因,从基因水平分析药物的治疗机制。
- 赵丽娜肖会郝晓峰李强马国才李崇前钟国才杨达王晨光郭政
- 关键词：抑郁症基因表达谱功能模块
