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一种新的度量生物复杂网络模块性的方法: 2010年; 在生命科学领域,生物网络的概念也被大量引入,用以系统地表示复杂的生物过程。模块性是很多复杂网络都具有的特征,因此生物网络模块性的研究成为系统生物学一个重要的研究方向。为了更加深入地了解生物系统的组成和机理,本文提出了一种度量网络模块性的新方法,并将该序列指标应用于酵母转录因子调控网络和多个物种的代谢网络,结果发现酵母转录因子调控网络并不具有模块性而代谢网络具有显著的模块性。在应用中,代谢网络的功能模块度与平均聚类系数的相关性还说明我们的指标比平均聚类系数更适合刻画网络的功能模块性。另外,该指标的提出使得各种不同物种网络模块性的比较或者各种不同模块划分(或识别)方法的评价成为可能。; 刘齐军王正华郭昊孙汉昌刘万霖朱云平; 关键词：复杂网络生物网络模块性内聚性耦合性

基因调控网络的模块化组织研究被引量：4: 2008年; 基因调控网络表现的是大量基因受到转录因子的调控而最终转录翻译为蛋白质进而实现生物功能的复杂信息,是人们理解生物过程和基因功能的重要内容。为了理解基因调控网络中的调控机理,网络的拓扑结构及其组织方式是极其重要的研究内容之一。它不仅能说明网络的局部特征,并且能揭示调控网络的构造方法,同时还能对调控信号通路进行全面系统的分析。调控网络可分为4层结构:调控元件、Motif、模块和整个网络。当前,这种层次结构受到人们越来越多的认可。文中重点讨论motif和模块两层,比较分析了近年来对网络组织结构的多方面研究内容,阐述了各个研究结果与结论具有的生物学意义,并指出了其中存在的问题。在此基础上,文中还针对这些问题提出了可能存在的研究方向,并展望了基因调控网络模块化组织的研究前景。; 王正华刘齐军朱云平; 关键词：基因调控网络网络模块模块化组织

蛋白质相互作用信息的文本挖掘研究进展被引量：2: 2010年; 蛋白质相互作用是生命活动中一种极其重要的生物分子关系,对此领域的研究不仅具有理论意义,还具有较强的应用价值.近年来,随着研究的深入,各种蛋白质相互作用的生物医学文献激增,挖掘其中的蛋白质相互作用关系成为人们面临的一大挑战.当前,已提出了多种文本挖掘方法,对分散于生物医学文献中的蛋白质相互作用信息进行结构化或半结构化处理.对这些工作进行分析,总结出基于生物文本挖掘蛋白质相互作用信息的一般流程,从蛋白质命名实体的识别、蛋白质相互作用关系的提取和蛋白质相互作用注释信息的提取3个子任务进行阐述,同时介绍了生物文本挖掘领域的评测会议和一些挖掘蛋白质相互作用相关信息的工具.最后,对该领域存在的一些重要问题进行分析,并预测了未来可能的发展方向,以期对该领域相关研究提供一定的参考.; 李满生刘齐军李栋刘培磊朱云平; 关键词：蛋白质相互作用文本挖掘命名实体识别

生物医学命名实体识别的研究与进展被引量：26: 2010年; 为直接高效地获取文献中的知识,命名实体识别用来识别文本中具有特定意义的实体。这是应用文本挖掘技术自动获取知识的关键的第一步,因此受到日益广泛的关注。主要从评测方法、特征选择、机器学习方法和后期处理等方面介绍了近年来生物医学命名实体识别方面的主要研究方法及成果,并对目前各方面存在的问题进行了分析和讨论,最后对该领域的研究前景进行了展望。; 郑强刘齐军王正华朱云平; 关键词：命名实体识别文本挖掘

Liverbase:人类肝脏蛋白质组数据库应用系统的研发: 2010年; 目的人类肝脏蛋白质组计划(HLPP)的顺利实施产出了大量的肝脏蛋白质组数据,这也是迄今最大的人类组织器官的蛋白质组数据。为帮助科学家方便有效地利用这些数据,我们开发了人类肝脏蛋白质组数据库Liverbase。方法 Liverbase基于MySQL、JSP、JavaBean和JDBC等技术而开发。主要针对数据库系统结构、数据处理及注释、数据库系统功能及使用三方面展开并进行详细的阐述。结果 Liverbase的主要功能是展示、管理和检索人类肝脏蛋白质组计划鉴定到的蛋白质及其功能注释信息。对每个鉴定到的蛋白质提供了全面的注释信息,整合了mRNA/蛋白质丰度信息。结论 Liverbase具有简捷实用、易于查询和访问、可扩展性好以及便于维护等特点。数据库的访问地址是http://liverbase.hupo.org.cn。; 王雪刘齐军朱云平; 关键词：肝脏数据库蛋白质组转录组

一种基于基因表达模型识别酵母细胞周期条件特异调控子网的方法(英文)被引量：1: 2010年; 由高通量微阵列技术产生的数据集可以用于解释生物系统基因调控的未知机制.生物过程是动态的,所以很有必要关注某些条件下特异的基因调控子网络.细胞周期是一个基本的细胞过程,识别酵母的细胞周期特异调控子网是理解细胞周期过程的基础,并且有助于揭示其他细胞条件的基因调控机理.使用一个基因表达微分方程模型(GEDEM),从静态网络中识别了动态的细胞周期相关调控关系.与已经报道的细胞周期相关调控相互作用相比,该方法识别了更多的真实存在的条件特异调控关系,取得了比当前的方法更好的性能.在大数据集上,GEDEM 识别了具有高敏感性和特异性的调控子网.组合调控的深入分析显示,条件特异调控子网的转录因子之间的相关性呈现出比静态网络中转录因子相关性更强,这说明条件特异网络比静态网络更加接近真实情况.另外,GEDEM 方法还识别更多潜在的共调控转录因子.; 刘齐军王正华刘万霖李栋贺福初朱云平; 关键词：基因调控网络细胞周期微分方程模型

生物学网络的功能模块性分析与模块识别方法研究: 近年来高通量技术产生的海量数据促使系统生物学研究日益成为人们研究的热点。生物学网络作为生物系统的抽象表示,在揭示生物过程(或功能)实现机制方面起到至关重要的作用。而分析其组织方式则是了解网络结构与功能间关系最直接的方式。...; 刘齐军; 关键词：系统生物学内聚性耦合性进化距离; 文献传递

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刘齐军