谈承杰
- 作品数：6 被引量：10H指数：2
- 供职机构：江南大学理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金环境保护公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：理学生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 外来入侵物种的基因签名及其遗传多样性聚类分析被引量：2
- 2013年
- 密码子的使用频率分布能够反映一定的生物特性,因而可作为一种基因签名。本文使用CGR方法来研究外来入侵物种不同组织序列的基因签名及遗传多样性聚类分析,首先得出了刺花莲子草(Alternanthera pungens),紫茎泽兰(Ageratinaadenophora),水葫芦(Eichhornia crassipes),微甘菊(Mikania micrantha),土荆芥(Chenopodium ambrosioides),一枝黄花(Solidagocanadensis)等6种外来入侵植物的31条序列核苷酸字串长k=1到k=6的情况,并选取k=3,即基因序列的密码子,作为生物特性的一个重要表达。并且构造序列间的CGR欧式距离,进而对外来入侵植物序列遗传多样性进行了聚类分析。通过对所获得的6种外来入侵植物的31条序列的基因签名,得出如下结果:CGR是一种简便且计算量小的方法,且基于CGR方法的基因签名,具有典型的生物特性;入侵植物的基因序列在密码子的使用上是非均衡的,且物种亲缘关系近的,则基因签名相似越高;而且基因签名也揭示出了密码子的第三位碱基偏好使用碱基T的现象,与一般物种密码子第三位碱基偏好G/C情况有强烈反差。此外,从获得的6个物种的31条序列聚类谱系图可以直观看出,入侵植物间存在着一定的亲缘关系,遗传多样性较丰富。由于我们所建立的基于CGR方法的基因签名,不仅能够反映植物特性和进化关系,而且能揭示序列中密码子和碱基的偏好使用情况,因而该方法有利于对外来入侵物种的遗传多样性分析、风险评估及预防控制等提供科学依据。
- 谈承杰朱平
- 关键词：外来入侵物种聚类分析
- 基于H~距离对P53肿瘤抑癌基因的研究与应用（英文）
- 2016年
- 为了更深入的研究P53肿瘤抑癌基因,首先我们基于扩展的碱基表C={D,A,C,O,G,T,P}分别获得了加法运算和乘法运算,然后根据密码子集C^3={XYZ},定义了汉明距离d_H,继而通过加权和改进的汉明距离提出了H~*距离.进一步地,我们定义了密码子的外积和H~*内积.此外,也获得了DNA序列间的H~*距离d_(H~*)和H~*内积,当氮基酸的第一位或第三位碱基突变时,值都大于0;而当氮基酸第二位碱基突变时,-2≤≤4,但其中65.22%都小于或等于0,且氨基酸的理化性质都发生了变化.同时,我们也可认为当
- 谈承杰闫艳艳朱平
- 关键词：汉明距离
- 基于碱基三周期性研究P53家族基因的特征被引量：2
- 2013年
- 为了进一步研究P53抑癌基因的性质,采用信号处理和分析的方法,在Voss数值映射下,利用离散傅里叶变换,结合出现最大功率谱位置的频率与1/3的差值(d)及信噪比(R)两个指标,来讨论P53家族基因的碱基三周期性。选取人类P53家族(P53、P63和P73)DNA序列及家鼠P53家族DNA序列的外显子,讨论了其三周期性与外显子长度、碱基成分及碱基分布的关系,在三周期性的前提下分析了P53基因密码子的偏好性。结果表明:P53家族基因的短外显子(N<100)碱基三周期性不显著,P53家族基因的较长外显子(100≤N<1000)碱基三周期性较显著;具有三周期性的外显子GC、GC3含量较高,且GC含量和功率谱峰值显著相关,说明三周期性与碱基成分及分布相关;具有三周期性的外显子频谱最大值处为G或C的可能性高,且GC3含量高,R值与最优密码子使用频率正相关,说明功率谱峰值与P53家族基因密码子偏好性具有相关性。该研究结果对P53家族基因的进一步研究具有重要的理论和现实意义。
- 王其强谈承杰晏寒冰朱平
- 关键词：功率谱信噪比
- 各地区人类嗜T细胞病毒Ⅰ型的聚类分析
- 2012年
- 已有相关文献表明人类嗜T细胞病毒Ⅰ型(Human T-lymphotropic virus 1,记为HTLV-Ⅰ)的分布具有区域性,本文旨在提出不同的分析区域性的方法。首先从GenBank中选取来自亚洲、南美洲、非洲的共20条核苷酸序列,用分子生物学软件Vector NTI Suite分析各地区序列样本内部的同源性,然后以各序列的氨基酸含量为对象,定义一个全新的公式进行同源性分析,将该结果与其他研究者采用实验的方法的分析结果比较。结果发现不同的分析方法所得的结论均是一致的。这表明:HTLV-Ⅰ病毒的分布有明显的区域性,文章采用的研究方法对其他流行病学的研究是同样可行的。
- 吴艳谈承杰朱平
- 关键词：同源性分析氨基酸核苷酸序列
- 抑癌基因p53密码子偏好性分析及其突变致癌预测被引量：4
- 2012年
- p53是人类恶性肿瘤中最常见的突变基因,与人类肿瘤的发生相关性最高,也是基因研究中热度最高的基因之一。为深入研究人类p53基因突变机理,选取了6条人类p53基因mRNA序列。首先,利用基于RSCU方法下的多重变量分析软件CodonW对影响密码子使用的各项参数进行计算和统计分析,分析可得,密码子适应指数(CAI)与最优密码子使用频率(FOP)、密码子偏爱指数(CBI)均呈极显著正相关(p<0.01);有效密码子数(ENC)与密码子偏爱指数(CBI)、GC含量、GC3s、最优密码子使用频率(FOP)、第三位碱基G3s、密码子适应指数(CAI)均呈极显著负相关(p<0.01)。然后,再利用QRSCU编码方法,对p53密码子偏好性间距进行了分析设计,得出了基于拟氨基酸编码的方法能充分体现p53密码子对同义密码子的一致偏好性的结论,且p53基因更偏好使用以c或g结尾的同义密码子。以上各项参数也充分验证了拟氨基酸编码方法与p53密码子偏好性研究结果的紧密关联性。最后,结合前人对抑癌基因p53突变致癌的研究,对该6条基因序列作了病变预测,从而为人类恶性肿瘤的预防和预测提供重要的理论依据。
- 谈承杰朱平
- 关键词：抑癌基因P53同义密码子突变
- P53基因三周期性与密码子偏好性的相关性被引量：2
- 2014年
- 为了进一步研究分析P53抑癌基因的性质,对P53基因的蛋白质编码区以及对应的mRNA的三周期性进行比较分析.通过同义密码子相对使用度和拟同义密码子相对使用度方法对其分别进行计算,分析了蛋白质编码区密码子的偏好性以及mRNA密码子的偏好性.结果表明:P53蛋白质编码区具有很强的三周期性,而对应的mRNA不具有三周期性;P53蛋白质编码区的密码子偏好G或C结尾的密码子程度强于对应的mRNA.说明P53基因密码子的偏好性与三周期性紧密相关,密码子的偏好程度影响着三周期性.进一步从生物角度诠释了P53蛋白质编码区和对应mRNA三周期性的异同.结合P53基因这一特性,有助于提高其基因识别的正确率,对P53基因的深入研究具有重要的意义.
- 王其强谈承杰朱平
- 关键词：P53基因
