目的探讨重复经颅磁刺激(repetitive transcranial magnetic stimulation,rTMS)治疗急性脑梗死后吞咽障碍中功能磁共振成像(functional magnetic resonance imaging,fMRI)相关指标的变化及关系。方法选取2018年6月至2019年6月于我院神经内科住院的急性脑梗死后吞咽障碍的患者共40例,随机分为2组,分别为rTMS组和假刺激组,分析两组患者干预前和干预后的低频振幅(amplitude of low frequency fluctuation,ALFF)值的变化,采用临床吞咽困难量表(clinical dysphagia scale,CDS)、吞咽困难预后和严重程度量表(dysphagia prognosis and severity scale,DOSS)评估其吞咽功能变化,同时分析CDS和DOSS评分与ALFF值变化的关系。结果两组患者干预前的CDS和DOSS评分对比差异无统计学意义(P>0.05),干预后rTMS组的CDS评分低于假刺激组,且DOSS评分高于假刺激组,差异有统计学意义(P<0.05)。干预后rTMS组较假刺激组患者ALFF增强的脑区包括双侧尾状核、双侧豆状核和双侧额上回(P<0.05),且双侧尾状核、豆状核和额上回的ALFF变化与CDS评分和DOSS评分变化存在相关性(P<0.05)。结论rTMS治疗急性脑梗死吞咽障碍的患者可以促进大脑双侧尾状核、豆状核和额上回连接功能增强和激活。