王新新
- 作品数：5 被引量：30H指数：3
- 供职机构：天津大学环境科学与工程学院更多>>
- 相关领域：环境科学与工程农业科学更多>>
- 茎瘤固氮根瘤菌Azorhizobium caulinodans ORS571基因组分泌蛋白的生物信息学分析被引量：7
- 2012年
- 为了获取茎瘤固氮根瘤菌(Azorhizobium caulinodans ORS571)的分泌蛋白,以便更深入地了解该菌的共生固氮作用,本研究采用SignalP、TMHMM、PSORTb、TargetP、LipoP、TatP和SecretomeP软件对该菌全部4717个蛋白序列进行分析预测。结果共识别了653个分泌蛋白,其中具有分泌型信号肽的蛋白54个,具有RR-motif型信号肽的蛋白1个,具有脂蛋白信号肽的蛋白2个和非经典分泌蛋白596个。该菌含信号肽分泌蛋白仅占全部蛋白的1.2%,低于其它固氮菌。在分泌蛋白中识别了核酸内切酶和核糖核酸酶等6个核酸酶。它们可能参与宿主植物遗传物质的降解,干扰宿主遗传代谢,进一步在宿主植物侵染过程中起到重要作用。此外还识别了超氧化物歧化酶、过氧化氢酶和谷胱甘肽S-转移酶等4个抗氧化酶。它们可能参与活性氧的清除以保护固氮酶,是该菌固氮过程的重要参与者。
- 王新新吴亮朱生凤李广茹赵林吕妍李飞雪陈宇
- 关键词：基因组分泌蛋白核酸酶抗氧化酶
- 多环芳烃降解菌基因组学研究进展
- 多环芳烃降解菌可以通过其生物降解作用去除环境中的多环芳烃污染,因而受到各国研究人员的广泛重视.然而,传统基因组测序分析方法因其耗时长成本高的缺陷,限制了对这类微生物基因组的认识,特别是阻碍了对其降解基因和降解机制的理解....
- 王新新吴亮周平安伟朱生凤陈宇赵林
- 关键词：多环芳烃污染降解菌基因组测序
- 文献传递
- 多环芳烃降解菌基因组学研究进展
- 多环芳烃降解菌可以通过其生物降解作用去除环境中的多环芳烃污染,因而受到各国研究人员的广泛重视。然而,传统基因组测序分析方法因其耗时长成本高的缺陷,限制了对这类微生物基因组的认识,特别是阻碍了对其降解基因和降解机制的理解。...
- 王新新吴亮周平安伟朱生凤陈宇赵林
- 关键词：多环芳烃基因组降解菌降解基因
- 文献传递
- 茎瘤固氮根瘤菌Azorhizobium caulinodans ORS571基因组密码子使用偏好性分析被引量：3
- 2013年
- 目前对于自生固氮菌和共生固氮菌的密码子使用特征已有较深入的了解,然而对于既可以进行自生固氮又可以共生固氮的固氮菌的认识仍十分有限。本研究采用对应分析、相关分析和卡方检验等方法对具有这一特征的茎瘤固氮根瘤菌ORS571基因组密码子进行分析,以期深入了解该类固氮菌密码子使用特征。以有效密码子数量(ENC)和密码子第3位GC含量(GC3s)分别为x、y轴绘制ENC-plot图谱,同时绘制描述仅受基因组碱基组成影响条件下的ENC和GC3s关系的期望曲线。结果发现,部分基因位于期望曲线上,说明该菌密码子偏好性受到了基因组碱基组成影响。对应分析和相关分析表明,包括固氮相关基因在内的全部基因在对应分析第1向量轴上的坐标值均与密码子适应指数和GC3s呈显著负相关(P<0.05),说明该菌码子偏好性还受基因表达水平和GC3s的影响。22个密码子的使用频率在高表达基因中显著增多,确定为最优密码子。其中21个密码子以G/C结尾,说明最优密码子有强烈的GC3s偏好。
- 王新新吴亮朱生凤赵林安伟陈宇
- 关键词：卡方检验固氮
- 镉胁迫对碱蓬种子萌发及幼苗生长的影响被引量：20
- 2013年
- 为探究镉(Cd)污染对盐碱湿地植被的毒性效应,以盐碱湿地典型植物碱蓬为供试植物,采用溶液培养方法研究了0～300mg·L-1镉胁迫下碱蓬种子萌发特征及幼苗生长特征。结果表明,3mg·L-1镉胁迫显著提高发芽势、发芽指数、根冠比、幼茎直径、根系直径并降低根系长度(P<0.05),10mg·L-1镉胁迫显著提高活力指数、幼茎重量、根系重量并降低根系活力(P<0.05),30mg·L-1镉胁迫显著提高发芽率和幼茎长度(P<0.05)。主成分分析结果表明,在第一主成分上碱蓬种子发芽势具有最高的载荷,说明发芽势可以很好地反映镉胁迫下碱蓬的生长状态。碱蓬种子发芽势可以作为一种潜在的生物标志物,在盐碱湿地镉污染监测或表征中具有较大的应用潜力。
- 王新新吴亮朱生凤赵林安伟陈宇
- 关键词：发芽势生物标志物
