潘永龙
- 作品数：6 被引量：23H指数：2
- 供职机构：华中农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学轻工技术与工程化学工程更多>>
- 两个水稻参考基因组序列组装质量的评估和基于混合池进行全基因组测序的方法研究
- 参考序列作为一种公有的资源给大家提供参考，因此必须是高质量的序列。随着全基因组鸟枪法(WGS)—新一代测序(NGS)等测序方法的发展，在最近几年已经产生了很多复杂高等植物的基因组序列，它们通常被认为是参考序列。然而，这些...
- 潘永龙
- 关键词：水稻基因组物理图谱
- 基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法
- 本发明公开了一种基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法。该方法首先构建BAC文库并构建BAC克隆DNA混合池，对混合池DNA进行双末端的高通量测序；解析克隆的特征序列集合与k-mer集合，利用克隆的特征序列构建克隆重叠群...
- 罗美中潘永龙
- 文献传递
- 基于生理生态过程的大麦顶端发育和物候期模拟模型检验被引量：8
- 2009年
- 为测试研究I模型BarleyGrow,采用4个生态区(南京、扬州、武汉、昆明)、10个大麦品种在不同播期下的顶端发育和物候期资料,对BarleyGrow、YDmodel和SUCROS模型进行对比检验和评价。利用遗传-模拟退火算法确定各品种的遗传参数,提高了应用程序求算参数的精度。从模型的整体预测效果来看,BarleyGrow对不同地区、不同播期、不同品种的各顶端发育和物候期预测准确而稳定,均方差RMSE在1.06～7.94d之间,而YDmodel为6.26～13.35d,SUCROS为11.22～20.28d。各参试品种对BarleyGrow中灌浆期基点温度、生理春化时间、临界日长、最短苗穗期4参数反应敏感。经改进的生理发育时间(PDT)模拟模型(BarleyGrow)对中国广大地区不同温光条件下的大麦顶端发育和物候发育均具有较好的预测效果,尤其对药隔期、二裂期、毛状期、抽穗期、灌浆期、成熟期的模拟精度高而稳定,表现出较强的机理性以及较好的预测性。
- 邹薇刘铁梅姚娟潘永龙蔡剑庄恒扬郭华春曹卫星
- 关键词：大麦阶段发育生理发育时间
- 基于生理生态过程的大麦顶端发育和物候期模拟模型被引量：15
- 2009年
- 为改进已有的大麦生理发育时间模拟模型(YDmodel),以扬州地区5个品种春播条件下的顶端发育和物候发育观测资料和历史资料为依据,构建了基于生理发育时间的顶端发育和物候期机理模型。模型量化了热效应、光周期、春化效应对发育的影响,引入了7个遗传参数,分别为播种到出苗所需的有效积温、灌浆期发育基点温度、生理春化时间、临界日长、光周期反应起始点、最短苗穗期、最短灌浆期。本模型在YDmodel基础上的改进主要有3点:(1)将每日生理发育时间的增量乘以水肥丰缺因子,改为除以水肥丰缺因子表现水肥对大麦发育的影响,客观体现了大麦在水肥丰缺条件下的发育延迟或提早现象;(2)将三段线性函数改为非线性函数表达春化效应和相对热效应,确立了不同品种相对春化效应和相对热效应的曲线族;(3)将线性函数改为正弦函数表达不同品种光周期效应。经测算,各大麦品种到达单棱期、二棱期、雌雄蕊分化期、药隔形成期、雌蕊柱头二裂分叉期、雌蕊柱头毛状突起期等顶端发育阶段的生理发育时间分别为2.6、5.6、11.3、13.1、15.3、18.2、28.7d,到达出苗期、拔节期、抽穗期、灌浆期和成熟期等主要物候期的生理发育时间为0、13.1、28.7、32.8、51.5d,形成了不同大麦品种在不同气候和栽培条件下统一的衡量发育的定量尺度。
- 邹薇刘铁梅潘永龙姚娟蔡剑庄恒扬郭华春曹卫星
- 关键词：大麦顶端发育生理发育时间
- 基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法
- 本发明公开了一种基于克隆DNA混合池的全基因组测序方法。该方法首先构建BAC文库并构建BAC克隆DNA混合池，再对混合池DNA进行高能量测序；解析出克隆的特征序列集合与k-mer集合，利用克隆的特征序列构建出克隆重叠群，...
- 罗美中潘永龙
- 文献传递
- PAN(pooling-based assembly of NGS):一种全基因组测序新方法
- 全基因组序列犹如解析各物种生物学功能的词典，其完整性和准确性至关重要。没有物理图谱作框架的第二代全基因组序列拼装非常困难，然而，原有物理图谱构建方法非常昂贵。我们发明了一种方法，称为PAN(Pooling-based A...
- 潘永龙王晓明刘琳王皓罗美中
- 关键词：PANNGSBAC物理图谱
