徐琳
- 作品数：8 被引量：15H指数：3
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学院知识创新工程重要方向项目更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学生物学电子电信更多>>
- 曙光4000H生物信息处理专用计算机的高性能算法研究被引量：5
- 2005年
- 曙光4000H生物信息处理专用计算机基于现代计算机体系结构和可重构计算器件,分别通过IO延迟隐藏、细粒度并行以及并行流水等技巧优化设计了BLAST、动态规划、RNA二级结构预测等有代表性的3类算法,并开发C模拟器进行了性能评价,结果表明,上述算法大幅度提高了计算机处理能力.
- 冯圣中谭光明徐琳孙凝晖徐志伟
- 关键词：可重构计算生物信息学
- 基于曙光4000A的BLAST并行算法被引量：4
- 2006年
- 对BLAST启发式算法的实现做了优化:引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表,实现了I/O延迟掩藏,提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存消耗。优化的算法有利于并行化的实现:在并行系统中,将库文件广播到各个计算节点,由节点在局部分别建立哈希表。然后将查询文件分割发送到各个计算节点并行比对,计算结果可以在节点直接输出,不需要主结点收集,减少了通信开销。
- 谭光明徐琳周幼英冯圣中孙凝晖
- 关键词：BLAST批处理集群曙光4000A
- 基于SSE2的高性能串匹配算法研究
- 字符串的模式匹配性能的提高会给众多相关领域带来巨大的影响。本文选取最常应用的字符串模式匹配算法--朴素串匹配算法进行基于SSE2的优化。结果表明,基于SSE2的模式匹配算法性能明显好于C语言提供的strstr()函数。如...
- 戴正华徐琳冯圣中
- 关键词：并行计算程序语言
- 文献传递
- 基于SSE2的Smith-Waterman算法被引量：3
- 2006年
- Smith-Waterman动态规划算法是生物信息学使用最广泛的序列匹配算法,由于存在严重的数据依赖关系,该算法的细粒度数据并行性开发受到了很大限制。文章从简化数据依赖关系出发,采用前驱计算思想,提出了基于X86处理器多媒体指令集SSE2的Smith-Waterman细粒度并行算法SWSSE2,在相似性显著的情况下比普通的SW算法性能提高5倍,且与测试集无关。一般相似性不显著的情形下,同目前最好的动态规划细粒度并行算法SWMMX相比可以获得1.5倍的加速比。
- 戴正华张庆丹徐琳谭光明冯圣中
- 关键词：SIMDSSE2
- ICT-BLAST算法优化与并行算法设计研究
- 本文对ICT-BLAST算法优化与并行算法设计进行了研究。ICT-BLAST对BLAST启发式算法的实现做了优化，引入批处理的概念、并对整个库文件建立哈希表，实现了I/O延迟掩藏，提高了整个比对过程的速度,同时降低了内存...
- 谭光明冯高峰徐琳冯圣中孙凝晖
- 关键词：电信数学并行计算
- 文献传递
- 基因序列比对的Smith-Waterman多级并行算法研究
- 在基因测序和粗略的序列相似性比对中,广泛采用以BLAST为代表的启示性算法，但该算法损失了敏感性,以Smith-Waterman为代表的动态规划算法是提高序列相似性的有效途径，其时间复杂度为O(N2),其中N为序列的长度...
- 徐琳谭光明戴正华冯高峰冯圣中孙凝晖
- 关键词：基因测序并行计算计算机群
- 文献传递
- 基于核心结构的蛋白质结构预测算法研究
- 蛋白质组学的目标是'认识细胞内蛋白质种类、定量地测定细胞内蛋白质表达量以及认识蛋白质的生化功能'.众所周知,蛋白质功能与其空间结构有着密切关系,因此,测定或者推测蛋白质结构是实现蛋白质组学目标的重要手段.然而由于蛋白质结...
- 徐琳
- 关键词：蛋白质结构域同源建模动态规划聚类分析
- 文献传递
- 面向FPGA的RNA二级结构预测并行算法研究被引量：4
- 2006年
- 动态规划是RNA二级结构预测最主要的算法,文中提出一种对动态规划矩阵采用分块技术的细粒度并行算法,通过对数据依赖关系的分析,引入了流水的策略,提高了算法的效率.在时钟模拟器上验证了算法的正确性,获得了一系列关于并行加速比、空泡率、存储访问带宽等问题的模拟结果,确定了FPGA PE阵列设计中的基本参数,为FPGA成功实现奠定了基础.
- 徐琳李晓民谭光明刘新春卜东波冯圣中孙凝晖
- 关键词：RNA二级结构预测FPGA
