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谷氨酸甲基化修饰的基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱分析被引量：1: 2013年; 利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)高置信度地鉴定了枯草芽孢杆菌中的蛋白酶抑制剂和杆菌肽F两种蛋白及其翻译后修饰,发现在这两种蛋白质中共有5个肽段发生谷氨酸甲基化,其中肽段FELVVYDSEHK存在FE(Methylation)LVVYDSEHK和FELVVYDSE(Methylation)HK两种形式。结果表明,MALDI-TOF/TOF高能CID所提供的丰富断裂信息和全质量范围扫描对提高分析结果的确定性具有重要作用。此外,这5个甲基化肽段都可以检测到相对含量更高的非甲基化肽段,这为降低分析结果的假阳性提供了辅助判据。在低质量区检测到甲基化赖氨酸的亚胺相关离子m/z 98和143,说明发生了赖氨酸的甲基化;检测到m/z 116则提示发生了谷氨酸甲基化。; 王勇李水明何曼文冯里茹韩庆国; 关键词：枯草芽孢杆菌

溶菌酶基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱分析中的不常见修饰及脱水反应被引量：6: 2013年; 利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)分析了溶菌酶标准蛋白,在常规搜库条件下鉴定到6个独立肽段,Mascot得分420,鉴定覆盖率为54%。此外,经人工解析发现,肽段IVSDG-DGMNAWVAWR(98→112)在样品处理过程中发生了天冬酰胺脱氨化、天冬酰胺脱氨化+甲硫氨酸氧化、天冬酰胺脱氨化+甲硫氨酸氧化+色氨酸氧化等修饰,在激光解吸电离过程中发生脱水反应,脱水位点是脱氨后形成的第103位天冬氨酸。此外,还发现了部分肽段的丙酰胺化修饰。本研究表明,选择一级质谱中的极低丰度离子进行串联质谱分析和利用人工解析方法分析数据库未匹配数据,有可能发现一些特殊的蛋白质修饰,可增加数据利用度和分析结果的确定性。; 王勇李水明何曼文; 关键词：溶菌酶

过表达白鳍鲨硒结合蛋白1对HL-7702细胞镉胁迫的解毒作用被引量：1: 2014年; 硒结合蛋白1(Selenium-binding protein 1,SBP1)与肿瘤相关,并可以与重金属镉直接结合。该研究构建了白鳍鲨SBP1重组质粒Myc-SBP1并转染人HL-7702细胞,利用CCK-8和CFDA SE检测Cd胁迫下的细胞增殖情况,利用流式细胞仪检测细胞内ROS的水平。结果显示,过表达白鳍鲨SBP1可拮抗Cd对HL-7702细胞的毒害作用。在100μmol/L的CdCl2应激下,表达SBP1组存活率为76.4%,约为对照组存活率的2倍,实验组的细胞增殖指数和分裂能力也略高于对照组。一级结构分析表明,白鳍鲨SBP1具有两个CXXC区域,为抗氧化位点,具有2个H×D和3个HXXH保守区域,它们为推测的Cd结合位点,为在HL-7702细胞中表达白鳍鲨SBP1蛋白能拮抗Cd的结构基础。此外,ROS检测实验表明白鳍鲨SBP1蛋白能显著降低胞内ROS水平,提示硒结合蛋白除通过直接与Cd结合降低毒性外,降低重金属引起的氧化胁迫也可能发挥一定解毒作用。; 王勇何曼文孙艳梅刘琼; 关键词：CD胁迫

串联飞行时间质谱中亚胺离子的断裂特征及其在肽段鉴定中的作用被引量：2: 2014年; 基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)产生的亚胺离子可以提供丰富的肽段组成信息,该方法通常用于基于数据库搜索的蛋白质鉴定,或者结合化学衍生法用于从头测序,因而在一定程度上限制了对亚胺离子的认识及应用。本研究利用239个串联质谱探索MALDI-TOF/TOF中亚胺离子的断裂特征以及它们在肽段鉴定中的应用,发现在高能碰撞诱导解离条件下组氨酸等14种氨基酸可产生较强的亚胺离子信号(>50%阳性率),氨基酸的化学结构、位置效应和氨基酸残基个数是影响碎片离子强度的主要因素。此外,探讨了亚胺离子应用过程中的假阳性问题,提出亚胺离子相对强度的比较可以降低假阳性和提高肽段鉴定确定度,有助于完善目前的数据库搜索算法和辅助从头测序分析。; 王勇李水明何曼文; 关键词：蛋白质鉴定

人工解析提高串联质谱鉴定肽段的数据利用度: 2013年; 为降低蛋白质鉴定的假阴性,利用标准蛋白和实际样品,探讨影响基质辅助激光解吸电离–串联飞行时间质谱数据利用度的原因.发现误差设置偏小、翻译后修饰、异常酶解和氨基酸突变等是导致蛋白质数据库检索不匹配目标肽段的主要原因.实验表明,典型情况下一级和二级质谱误差可设定在0.3Da.对未与数据库匹配的串联质谱进行亚胺离子辅助的人工解析发现,色氨酸双氧化、丝氨酸乙酰胺化和半胱氨酸丙酰胺化等不常见修饰,酪氨酸与苯丙氨酸、天冬氨酸与谷氨酸两两之间的突变和非特异性酶解等现象,该研究可提高质谱鉴定的数据利用度.; 王勇李水明何曼文冯里茹; 关键词：蛋白质组学数据库搜索

蛋白质胰蛋白酶水解过程双位点漏切肽段的质谱鉴定被引量：4: 2013年; 为说明胰蛋白酶漏切位点数目设置对蛋白质搜库结果的影响,采用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)高置信度地鉴定了细胞色素C和大豆脱落胁迫成熟蛋白。在细胞色素C和大豆脱落胁迫成熟蛋白的胰酶水解液中分别发现了2个和4个双胰酶漏切位点肽段,确认了文献中报道的当赖氨酸和赖氨酸相邻或赖氨酸、精氨酸各自与天冬氨酸或者谷氨酸相邻时,会引起胰蛋白酶的漏切。此外,还发现组氨酸-赖氨酸-异亮氨酸/丙氨酸结构也有此现象。本研究中检测出漏切肽段并没有明显提高序列覆盖率,但显著增加了蛋白质鉴定结果的确定性。在实际样品分析中如将漏切数设置为1有可能产生肽段鉴定的假阴性。; 王勇李水明何曼文邹永东; 关键词：胰蛋白酶

亚胺及其相关离子在区分赖氨酸和谷氨酰胺残基中的应用被引量：1: 2014年; 完全从头测序要求区分肽段中的同量异序氨基酸谷氨酰胺和赖氨酸,而这通常需要借助高分辨质谱。谷氨酰胺和赖氨酸都可以产生m/z 101亚胺离子和m/z 84亚胺相关离子,尽管已知赖氨酸亚胺离子m/z101有时强度较弱,以及m/z84离子可预示赖氨酸的存在,但该特征能否用于区分赖氨酸和谷氨酰胺仍存在争议。本工作以合成肽段和蛋白质胰酶水解肽段为研究体系,利用基质辅助激光解吸电离的高能碰撞诱导解离模式产生的亚胺及其相关离子的相对强度区分这两种氨基酸。结果表明:谷氨酰胺更易产生m/z101离子,而赖氨酸更易产生m/z84和m/z129离子。对于不同时含有赖氨酸和谷氨酰胺的肽段,使用m/z84离子与亚胺离子m/z101的相对强度比值,而非它们的绝对强度,以及m/z101离子的测量值,可以直接判断序列中存在的是赖氨酸还是谷氨酰胺。对于含有谷氨酰胺,并以赖氨酸结尾或含有漏切赖氨酸的肽段,该强度比可为序列中谷氨酰胺的个数和位置提供参考。因此,低质量区提供的亚胺及其相关离子信息有助于区分赖氨酸和谷氨酰胺。; 李水明何曼文王勇; 关键词：赖氨酸谷氨酰胺

基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱鉴定鲨鱼硒结合蛋白被引量：2: 2013年; 利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)高置信度地鉴定了原核表达的白鳍鲨硒结合蛋白。实验表明,硒结合蛋白肽段之一被错误指认为胰酶自水解峰和混合谱是影响其未进行串联质谱分析或不能被数据库搜索匹配的主要原因,同时还发现,虽然赖氨酸结尾肽段在MALDI源中信号强度普遍很低,但对它们进行串联质谱分析也可获得较好的谱图质量,部分数据可用于从头测序。考虑以上因素后,硒结合蛋白鉴定覆盖率由35%增至51%。; 王勇李水明何曼文; 关键词：蛋白质鉴定

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