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高贝: 作品数：14 被引量：46H指数：4; 供职机构：香港中文大学更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划新疆维吾尔自治区重大科技专项更多>>; 相关领域：生物学医药卫生农业科学更多>>

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PDTC对MG63细胞中β-catenin和周期蛋白D1表达的影响: 目的与背景: 牙齿缺失后牙槽骨发生进行性改建，颌骨的改变主要是牙槽嵴的吸收，骨改建受成骨细胞和破骨细胞的控制，它们共同控制骨的新陈代谢，在骨的新陈代谢中成骨细胞起着骨生成的作用，有研究发现成骨细胞分化和骨形成过程受...; 高贝; 关键词：二硫代氨基甲酸吡咯烷 MG63细胞周期蛋白D1; 文献传递

三维有限元法分析分裂桩冠与分裂桩核冠修复下颌第一磨牙残根的应力分布特点被引量：7: 2013年; 目的:通过三维有限元法对比分析分裂桩冠和分裂桩核冠2种桩核系统修复下颌第一磨牙低牙合龈距离残根的应力分布特点,为其临床应用提供客观参数。方法:选取离体下颌第一磨牙,获取其残根及修复体的CT影像。借助逆向工程软件MIMICS及模型修复软件MAGICS,通过CT影像建立起分裂桩冠及分裂桩核冠2种修复方案的有限元模型。装配好的模型在大型通用有限元软件ABAQUS中设置材料属性、接触关系、约束、载荷等信息后进行应力分析。结果:应力分析结果,垂直载荷下,分裂桩冠根管内部及根管口处所受应力明显高于分裂桩核冠(P<0.05);侧向载荷下,分裂桩冠根管内部及根管口处所受应力也明显高于分裂桩核冠(P<0.05)。外冠位移分析结果,在垂直载荷过程中,2种修复系统牙冠的最大位移均约为0.01mm,组间比较差异无统计学意义(P>0.05);在侧向载荷过程中,分裂桩核冠牙冠的最大位移明显大于分裂桩冠,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:在选用分裂桩冠修复时,应采用多种措施加强根管口处根管壁的抗力性能,加强根管口处的抗力性,降低残根所受牙合力,从而保证最终的修复效果。; 何立辉高尚高贝陈一夫刘志辉; 关键词：三维有限元

基于HMM的齿肋赤藓VOZ转录因子的预测与分析被引量：6: 2014年; VOZ(Vascular plant One Zinc finger protein)作为与植物的进化与发育密切相关的基因,在极端耐旱荒漠苔藓植物齿肋赤藓(Syntrichia caninervis)中对VOZ基因进行挖掘和分析有利于更好的揭示VOZ基因的进化关系,且可作为抗逆基因进行更为深入的分子生物学研究。在VOZ转录因子蛋白中VOZ-domain是一个保守的DNA结合结构功能域,利用VOZ-domain多序列联配构建隐马尔可夫模型序列谱能够很好的进行家族成员的识别和预测。利用拟南芥、小立碗藓和水稻等植物已知的转录因子序列信息构建HMM序列谱模型,对荒漠苔藓齿肋赤藓转录组进行比对搜索。最终得到一条新的齿肋赤藓VOZ转录因子ScVOZ1(NCBI/EBI检索号:HG764415),序列长度为1 495 bp,具有完整的VOZ-domain结构域。生物信息学分析表明其具有转录调控功能和核定位潜能。多序列比对、进化和保守基序分析表明,ScVOZ1蛋白序列与小立碗藓VOZ家族和拟南芥AtVOZ1相似度较高。本研究为进一步研究ScVOZ1基因的功能以及其进化起源奠定了基础。; 高贝李小双张道远; 关键词：生物信息学

齿肋赤藓早期光诱导蛋白ELIPs的生物信息学分析被引量：4: 2014年; 从齿肋赤藓转录组数据库出发,共得到39条注释的早期光诱导蛋白Sc ELIPs unigene,其中2条(Sc ELIP1与Sc ELIP2)具有完整ORF。利用多种生物信息学分析工具,对这2条Sc ELIPs序列的同源性、理化性质、保守域、信号肽、疏水性、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构、三维结构、活性位点等方面进行分析。结果表明:2条Sc ELIPs序列的ORF全长分别为711 bp和624 bp,分别编码236和207个氨基酸,二者都具有完整的Chloroa_b-bind功能域,定位于叶绿体类囊体膜,含有3个跨膜α螺旋,第1、3螺旋通过Glu和Arg残基形成双重对称结构,且具有至少4个叶绿素结合活性位点。通过对得到的2条Sc ELIPs进行氨基酸序列比对及基因树分析,得出Sc ELIP1与小立碗藓、山墙藓及盐生杜氏藻聚为一支,而Sc ELIP2与高等植物聚为一支,表现出ELIP从低等到高等植物的进化特征。本研究为Sc ELIPs基因后续的克隆和功能研究奠定了基础。; 周雅高贝张道远; 关键词：生物信息学

不同粘接剂对后牙分裂桩冠修复应力分布影响的有限元分析被引量：7: 2013年; 目的建立下颌第一磨牙残根分裂桩冠修复的三维有限元模型,分析不同粘接剂粘接时残根应力分布特点,从而得到在不同情况下与分裂桩冠修复相匹配的最佳粘接剂。方法选取健康的下颌第一磨牙离体牙,沿釉牙骨质界将冠部去除,对处理后的残根进行CT扫描。将CT影像导入逆向工程软件,重建下颌后牙残根的三维有限元模型;制作与残根相匹配的纯钛分裂桩冠修复体,同样进行CT扫描,在MIMICS中重建出修复体的模型,并进行装配,对比分析不同粘接系统在垂直载荷及侧向载荷下对根管内部及残根断面应力的分布特点。结果建立了下颌第一磨牙残根的三维有限元模型及分裂桩冠有限元模型,并进行匹配安装。随着粘接剂弹性模量的增加,根管内的最大应力也在增加,磷酸锌的弹性模量最大,根管内承受的应力最大;Superbond C&B的弹性模量最小,根管内承受的应力最小,且侧向载荷的应力要远大于垂直载荷。在垂直载荷下,对于不同粘接剂,施加在残根断面的载荷比较平均。在侧向载荷下最大应力要远大于垂直工况。使用磷酸锌粘接剂时残根断面的应力最小,使用SuperbondC&B时残根断面应力最大。结论在分裂桩冠修复后牙残根时,不同的粘接剂对牙体组织的应力保护作用有很大区别。当根管口处牙体组织较为薄弱时,为避免其发生劈裂,建议采用弹性模量较大的粘接剂,如磷酸锌;当根管口处牙体组织抗力形较好而牙根较细或根管壁薄弱时,建议采用弹性模量较小的粘接剂,如Superbond C&B。; 何立辉刘立杰高贝高尚陈一夫刘志辉; 关键词：粘接剂三维有限元

准噶尔无叶豆中转录因子基因EsDREB2B基因的克隆及功能分析: 脱水响应元件结合蛋白(DREB)在植物响应外界环境胁迫和抗逆信号转导通路上起到重要的作用。其中,DREB2类转录因子主要响应干旱,高盐和热胁迫。目前已从多种植物中分离和鉴定出DREB2类转录组因子,并利用这些基因得到了抗...; 李小双杨红兰李海燕高贝张道远; 关键词：准噶尔无叶豆转基因烟草

基于RNA-Seq数据筛选的银叶真藓耐干相关基因表达模式研究被引量：1: 2017年; 本文以前期获得的银叶真藓在干旱-复水过程中的转录组数据为基础,选择了9个在干旱-复水条件下基因表达差异明显的相关耐干响应基因,并利用荧光定量PCR技术研究其在干旱-复水、ABA诱导胁迫及盐胁迫下的表达模式。研究结果表明,RT-q PCR实验获得的9个基因在干旱-复水下的表达趋势与RNA-Seq基因表达谱中基因表达规律基本一致,因此较好地验证了RNA-Seq数据的可靠性。在干旱-复水过程中,9个基因均不同程度受到干旱和复水诱导表达,但复水阶段基因诱导表达更为强烈,且大多数基因表达量在复水2 h达到高峰,如ERF、Dehydrin(DHN)和HSF3基因等。在ABA和盐胁迫处理下,9个耐干相关基因中有8个同时受ABA和盐诱导上调表达,其中ERF、DHN和LEA基因受ABA和盐胁迫上调表达最为显著。综上,ERF、DHN和LEA等基因同时受干旱-复水,ABA和高盐强烈诱导表达,可作为将来重点研究的抗逆基因。; 梁玉青李小双高贝杨红兰张道远管开云; 关键词：RT-QPCR

齿肋赤藓热激蛋白60基因的电子克隆和生物信息学分析被引量：2: 2013年; 用电子克隆方法获得耐旱苔藓齿肋赤藓的热激蛋白60基因,采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、结构保守域、理化性质、信号肽、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域、二级结构、功能域、活性位点、及同源性等方面进行了预测和分析。结果表明:齿肋赤藓热激蛋白60基因全长1 841bp,开放阅读框1 581bp,编码526个氨基酸残基;编码蛋白含有GroEL保守域,是chaperon-like superfamily家族;亚细胞定位分析显示,编码蛋白位于内质网中;活性化位点分析表明,编码蛋白存在6类活性位点;同源性分析表明,齿肋赤藓热激蛋白60与小立碗藓预测的HSP60同源性最高,达到92%,与卷柏的HSP60次之,同源性达88.83%。研究结果为该基因的实验克隆奠定基础。; 蔡明高贝张道远; 关键词：电子克隆生物信息学分析

植物抗逆相关转录因子基因DREB的研究展望被引量：16: 2017年; DREB转录因子(Dehydration Responsive Element Binding Protein),属于植物AP2/ERF转录因子超家族。DREB转录因子广泛参与干旱、高盐、冷、热等多种胁迫应答反应,是近年来研究最为广泛,在植物抗性提高方面颇具潜力的转录因子之一。本研究综述了DREB基因家族的分类法、基因结构特征,重点指出了DREB基因的复杂性及其研究的局限性,并对以后DREB基因的研究方向进行了展望。; 李小双梁玉青高贝杨红兰张道远; 关键词：DREB 转录因子非生物胁迫转基因植物

2个银叶真藓HSP70序列的生物信息学相关分析被引量：1: 2015年; 从银叶真藓(Bryum argenteum)转录组数据库出发,使用Pfam数据库提供的HMM模型共得到33条长度大于200aa,注释的热休克蛋白Ba HSP70;其中2条(Ba HSP70-1,Ba HSP70-2)具有完整ORF,NCBI核酸数据库登录号为KP087877和KP087878。使用生物信息学在线分析工具和软件,对真藓HSP70的两条蛋白质序列从氨基酸组成、保守结构域、理化性质、疏水性/亲水性、信号肽、蛋白质结构、模体的识别及同源性分析等方面进行了预测和分析。结果表明:2条Ba HSP70s基因序列ORF全长分别为2 396 bp和2 356 bp,分别编码649aa和650aa。序列模体分析表明Ba HSP70s和其它报道的植物HSP70均含有4个相同的模体,并且各模体在蛋白质序列上顺序一致。通过对2条Ba HSP70s进行氨基酸多序列比对及基因树分析,发现Ba HSP70-1和Ba HSP70-2雪莲相似度最高,分别是91.2%和86.6%。本研究为进一步研究HSP70基因的克隆和功能验证奠定了基础。; 王明强高贝张道远; 关键词：真藓热激蛋白70 RNA-SEQ 生物信息学

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