顾万君
- 作品数：16 被引量：92H指数：5
- 供职机构：东南大学生物科学与医学工程学院生物电子学国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生电子电信水利工程更多>>
- 不同折叠类型蛋白编码基因的密码子使用被引量：10
- 2002年
- 对 1 95个编码不同折叠类型蛋白 (5 0种全α结构蛋白 ,6 6种全 β结构蛋白 ,3 7种α +β结构蛋白 ,42种α/β结构蛋白 )基因的密码子使用偏性的方差分析研究表明 ,不同折叠类型蛋白的密码子使用偏性有着显著的区别 .特定折叠类型的蛋白有着特定的编码基因的密码子使用模式 .这一结果表明 ,在蛋白质折叠类型和蛋白质二级结构的预测过程中 ,编码基因的密码子使用偏性可以作为蛋白质一级结构以外的一项重要的预测标准 .
- 顾万君马建民周童孙啸陆祖宏
- 关键词：编码基因密码子折叠类型方差分析
- 基因密码子使用和蛋白质结构的生物信息学分析
- 随着人类基因组计划和模式生物基因组计划的完成,公共数据库中生物数据的增长速度越来越快.如何从海量的生物数据中解读、提取和获得有用的生物信息,已成为基因组计划下一步亟待解决的问题.本文中,我们利用生物信息学的方法对基因的同...
- 顾万君
- 关键词：生物信息学同义密码子使用蛋白质二级结构预测单倍体
- 文献传递
- Selection on Nucleotide Sequences and Synonymous Codons for mRNA Secondary Structure Characteristics near Translation Termination Sites
- Background: Both experimental and computational studies recently suggest that secondary structure of mRNA sequ...
- 许育铭顾万君
- 关键词：SECONDARYTRANSLATIONTERMINATIONCODONSELECTION
- SARS及其他几种冠状病毒密码子使用偏性的位点差异(英文)
- 2005年
- 分析了SARS冠状病毒以及其他5种冠状病毒基因编码起始区与终止区的密码子使用偏性.结果表明,冠状病毒基因组的稀有密码子倾向于出现在编码起始区和终止区附近.起始区的这种倾向性对冠状病毒基因的表达具有负性调控作用,可以用稀有密码子调控假说解释.终止区的这种倾向性表明,这些出现在终止区的稀有密码子对基因的表达也有负性调节作用.研究结果同时暗示了稀有密码子调控假说不仅适用于细菌,而且还适用于某些病毒基因组.
- 周童顾万君马建民孙啸陆祖宏
- 关键词：密码子使用偏性SARS冠状病毒基因表达
- 乳腺癌影像基因组学研究进展被引量：7
- 2018年
- 近年来,我国乳腺癌发病率不断升高,并呈年轻化趋势[1],对乳腺癌的早期预防、精确诊疗和预后分析能力迫切需要提高。分子生物学与免疫学的快速发展为乳腺癌早期诊断、分型、预防警示及预后判断奠定了基础。最初,乳腺癌按照基因表达谱差异分为4类分子亚型,但这种分型方式受到基因分析的成本、设备和技术要求等的限制,很难对每一位患者进行分类[2]。因此,临床上通常借助免疫组化法替代基因分析,但免疫组化法预测乳腺癌预后的鲁棒性较差,且其分类结果与基因分析结果的一致性也较差[3]。因此,需要一种新的分类方法,以实现乳腺癌的精准分类[4]。
- 明文龙袁少勋谢建明刘宏德顾万君孙啸
- 关键词：乳腺肿瘤磁共振成像乳房X线摄影术基因组学
- A empirical-mechanical codon model for detecting selection at RNA structure
- Background: A basic problem of molecular evolution is to describe the natural selection on DNA sequence.So-cal...
- 李沐升顾万君
- 关键词：NATURALSELECTIONCODONRNASECONDARY
- 影像组学辅助磨玻璃结节诊断的研究进展被引量：6
- 2019年
- 磨玻璃结节的良恶性判定对肺癌的早期发现、早期诊断、早期治疗具有重要意义。影像组学可以通过无创技术,利用结节的特征性表现实现对磨玻璃结节良恶性的早期诊断。本文就CT影像组学在辅助磨玻璃结节的诊断方面的最新研究进展进行综述。
- 李洪韩路李响虞梁袁梅顾万君陈亮王俊
- 关键词：CT
- 基于序列特征的环状RNA识别被引量：1
- 2018年
- 环状RNA是新发现的一类具有重要生物学功能的RNA。现有的环状RNA识别工具依赖高通量测序数据,因数据本身和识别方式的弊端而普遍存在准确性不足、不同方法间重复性低以及假阳性率/假阴性率高等缺点。为了解决该问题,我们搭建模型来实现不依赖于测序数据而根据序列的内在特征的环状RNA从头预测。本文选取了包括剪接位点上下游内含子的长度、A-to-I密度和Alu重复序列等100个与RNA成环相关的序列特征,建立了机器学习模型,并识别了人类基因组中的环状RNA,比较了两种机器学习方法随机森林法(RF)和支持向量机(SVM)的分类效果。结果表明,所选序列特征能有效地鉴别RNA能否成环,同时,不同序列特征对模型的分类预测能力的贡献也不同。相比于SVM方法,RF分类的效果更好。
- 周晶谢雪英顾万君
- 关键词：支持向量机
- 不同折叠类型蛋白中基于密码子的二级结构偏向性分析被引量：1
- 2004年
- 在传统的Chou Fasman蛋白质二级结构预测方法的基础上引入同义密码子使用的信息 ,计算了 2 0 0个蛋白 ( 4 9种全α结构蛋白 ,69种全β结构蛋白 ,38种α + β结构蛋白 ,44种α/β结构蛋白 )中不同密码子对应的氨基酸形成不同二级结构 (α :螺旋 ,β :折叠 ,C :卷曲 )的偏向性参数 .通过对这些密码子对应氨基酸二级结构偏向性的分析 ,得到了氨基酸二级结构偏向性分析中所忽略的同义密码子的蛋白结构信息 .
- 顾万君周童马建民孙啸陆祖宏
- 关键词：同义密码子使用蛋白质二级结构预测
- 哺乳动物MHC密码子使用概率的聚类分析被引量：24
- 2001年
- 利用系统聚类分析方法对随机选取的 3种哺乳动物的 60个主要组织相容性复合体(MHCⅠ类和Ⅱ类 )基因的mRNA序列进行了同义密码子使用概率偏性研究 .结果发现 ,不同物种的MHC基因群中类型相同的基因具有相近的同义密码子使用偏性 ,而对于同一类型的基因由物种引起的同义密码子使用偏性的差异较小 .即功能和类型决定密码子使用模式的大的分类 ,而物种决定该大类中进一步的差异 .基因密码子偏向性的研究对于大幅度增加目标蛋白的产量具有重要的意义 .该结果也为基因分类和基因功能的预测提供了新的生物信息学方法 .
- 周童马建民顾万君孙啸陆祖宏
- 关键词：同义密码子密码子偏性MHC聚类分析哺乳动物
