为将新型分子标记—靶位区域扩增多态性(target region amplified polymorphism,TRAP)应用到遗传棉花多样性研究中,分析了不同浓度梯度的模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq酶与引物浓度对TRAP-PCR扩增结果的影响。确立了稳定性强、重复性好的棉花TRAP-PCR最佳反应体系:在15μL的TRAP-PCR反应体系中,含10×buffer 1.5μL,25 mM MgCl21.5μL,2.5 mM dNTPs 2.0μL,20 mM固定引物0.75μL,20 mM随机引物0.15μL,100 ng/μL DNA 0.5μL,Tap酶0.2μL。结果表明优化后的TRAP-PCR反应体系可应用于棉花遗传多样性分析研究中。