章林溪
- 作品数：54 被引量：78H指数：5
- 供职机构：浙江大学物理系物理学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省自然科学基金教育部“新世纪优秀人才支持计划”更多>>
- 相关领域：理学一般工业技术生物学自动化与计算机技术更多>>
- 类蛋白质分子形成紧密接触对的速率研究
- 2005年
- 采用Kolinski等建立的类蛋白质分子的格点模型,通过计算类蛋白质分子的末端距分布函数P(r)来研究类蛋白质分子形成紧密接触对的速率k .发现不同的氨基酸序列,其分布函数P(r)不同.对于序列(H) x和(P) x,分布函数P(r)有二个峰值;而对于序列(HP) x,分布函数P(r)只有一个峰值.对于类蛋白质分子形成紧密接触对的速率k ,当链长N <11,随着N的增加而增加;当N >11,形成紧密接触对的速率k随着N的增加而减少,这个趋势与实验结果一致,并存在关系k～N-α(N >11) ,系数α与氨基酸序列有关.这些研究能够帮助我们加深对蛋白质结构形成的了解.
- 成军章林溪
- 关键词：蛋白质分子速率氨基酸序列分布函数格点模型末端距
- 熵驱动下柱状高分子刷螺旋结构的研究被引量：1
- 2014年
- 自然界中广泛存在螺旋结构,在特定情形下熵能驱动高分子链形成螺旋结构.本文采用分子动力学方法研究柱状高分子刷吸附在无限长圆柱表面时的构象行为.发现其构象与嫁接支链条数、柱状高分子刷与圆柱表面之间的吸附能密切相关.在较弱的吸附能下,具有较多支链条数的柱状高分子刷能形成完整的螺旋结构,其本质就是熵驱动下形成的螺旋结构.该研究有助于加深对生物大分子螺旋结构的理解.
- 邓真渝翁乐纯张冬何林李章林溪
- 关键词：分子动力学
- 拉伸分子动力学方法研究聚乙烯单链的力学行为被引量：8
- 2008年
- 采用拉伸分子动力学方法(steered molecular dynamics,SMD)研究一端固定的聚乙烯单链(singlepolyethylene chain)在被拉伸过程中的力学性质.在拉伸过程中发现平均拉力〈f〉受拉伸速度v的影响,当v<0.05 nm/ps时,〈f〉在250 pN附近会出现一个拉力平台.聚乙烯单链各部分的形状因子在拉伸过程中表现出一定的规律性,总是头部和尾部的形状因子〈δh〉、〈tδ〉先增加然后才是中间部分〈δm〉增加.如果按顺序再释放被拉开的聚乙烯单链,就会出现力学回滞现象,这与Kellermayer等的力学回滞曲线实验是一致的.力学回滞曲线面积表示耗散能〈Ed〉,与速度v满足方程〈Ed〉=a+b×e-cv,而且在v<0.005 nm/ps和v>0.005 nm/ps两个速度区域有不同的特性.〈Ed〉在不同的分子热运动温度区域,也表现出不同的规律性,当温度T>220 K时,〈Ed〉随着温度T的升高而减小,这与Pegoretti等的实验一致,当T<220 K时〈Ed〉随着温度T的升高而增加.
- 马定洋章林溪
- 关键词：力学性质
- POEE链的热力学性质及其排斥体积效应
- 1991年
- 本文采用旋转异构态模型计算了无扰polyoxyethylene Diethyl Ethers(POEE)链体系的配分函数、熵和自由能,同时采用Monte Carlo方法计算了POEE链在良溶液的排斥体积效应。发现配分函数的对数与x(结构单位数)有很好的线性关系,logz=a·(x-1) (x>10)其中a=1.88+0.90σ-0.70σ'^(1/2)+σW-σ'W同时,随着温度的增加。
- 章林溪夏阿根许健民
- 关键词：高分子
- 球状蛋白质分子中氨基酸紧密接触对性质的研究被引量：5
- 2003年
- 采用CSU软件 (Contactsofstructuralunits) ,对 61种球状蛋白质分子中氨基酸紧密接触对 (Residue residuecontact)进行了研究 .重点研究了不同氨基酸在形成远程紧密接触对 (Long rangecontact)和近程紧密接触对 (Short rangecontact)时的不同能力 .发现氨基酸Leu,Val,Ile,Met,Phe,Tyr,Cys,Trp(疏性氨基酸 ,H)比较容易形成远程紧密接触对 ,氨基酸Glu,Gln ,Asp ,Asn,Lys,Ser,Arg,Pro(亲水氨基酸 ,P)比较难形成远程紧密接触对 ,而氨基酸Ala,Gly,Thr,His(中性氨基酸 ,N)在形成远程紧密接触对时能力一般 .它们平均每个氨基酸可形成 6 0 3 ,3 64和 4 43个远程紧密接触对 .同时它们在形成近程紧密接触对时能力非常接近 ,平均每个氨基酸可形成的近程紧密接触对数目在 2 3 4～ 2 85变化 ,差别非常小 .亲水氨基酸 (P) ,中性氨基酸 (N)和疏水性氨基酸 (H)
- 陈进李靖章林溪姜舟婷夏阿根叶高翔赵得禄
- 关键词：氨基酸折叠稳定性
- 弹性竿模型下超螺旋DNA分子的构象研究被引量：2
- 2003年
- 采用弹性竿模型 (Elasticrodmodel) ,用MonteCarlo方法对DNA分子的构象进行研究 .通过计算发现 ,DNA分子的能量是由弯曲势能EB 和扭转势能ET 两部分组成 ,通常EB 比ET 大一至两个数量级 .同时给出了均方回转半径与链长之间的关系为〈R2g〉 =1 1 69 5 -3 5×n +0 0 2 5×n2 ,它体现了DNA分子结构的特点 .验证了公式Lk=Wr+Tw ,得出Lk与Wr比较接近的结论 ,考虑DNA分子的构型 ,意味着DNA分子容易被弯曲而不易被扭转 ,但随着连接系数的增加 ,DNA被扭转的几率也在增加 .
- 姜舟婷章林溪陈进夏阿根叶高翔赵得禄
- 关键词：DNA分子构象超螺旋结构MONTECARLO模拟
- 聚环氧乙烷链的微观构象研究被引量：1
- 2000年
- 研究了聚环氧乙烷链在三级旋转异构态模型中的微观构象及其三级相互作用对聚环氧乙烷链的持久矢量的影响．计算了聚环氧乙烷链在三级旋转异构态模型中的键段的先验几率．这种方法能计算重复单元极复杂的对称高分子链的先验几率，还能研究不对称高分子链的微观构象，同时导出了三级旋转异构态模型中的持久矢量计算公式．
- 夏阿根章林溪许健民赵得禄
- 关键词：聚环氧乙烷高分子链
- 溶液中高分子链尺寸的研究
- 1990年
- 在高分子构象统计中,表征分子尺寸的参数有和。对于无规行走链,_0/_0值仅与P有关,与高分子链本身的结构无关。对于自避无规行走链,采用Monte Carlo模拟方法计算了/值,发现/也仅与P有关,并可用经验公式/
- 许健民章林溪
- 关键词：高分子链尺寸
- 受约高分子链构型的统计性质
- 1999年
- 本文采用旋转异构体模型（ｒｏｔａｔｉｏｎａｌ－ｉｓｏｍｅｒｉｃｓｔａｔｅｍｏｄｅｌ），将多链聚二甲基硅氧烷体系链等效地约束在圆柱体内，计算了聚二甲基硅氧烷链的构象，得出受约有限长度高分子链的配分函数表达式和构象能量Ｅ及熵Ｓ的表达式．
- 王向红章林溪林振成郑亦庄
- 关键词：构型高分子链统计性质PDMS
- 有限二维复式晶格电子结构的尺度效应被引量：1
- 2003年
- 以二维复式晶格作为有限系统的集团模型 ,利用紧束缚近似 ,在考虑链间耦合及链端效应的情况下 ,计算了格点数分别为 16、32、6 4、12 8时π电子在最近邻及次近邻跳跃集团的能谱和态密度。讨论了不同格点数和结构参数对态密度及带宽的影响。
- 杨慧章林溪童国平吕岿杨建荣
- 关键词：电子结构紧束缚近似结构参数态密度带宽
