秦圆方
- 作品数：45 被引量：344H指数：9
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- G Ⅱ.17[P17]型诺如病毒基因系统发育聚类特征分析
- 2024年
- 目的了解GⅡ.17[P17]型诺如病毒不同基因的发育聚类特征,为GⅡ.17[P17]序列的准确聚类提供依据.方法收集2023年3月至5月聚集性疫情中的GⅡ.17[P17]阳性标本,二代测序获得全基因组序列,与GenBank下载的参考株序列共同构建进化树,分别对各基因(Nterm、NTP、P22、VPg、Pro、RdRp、VP1和VP2)序列进行系统发育聚类分析及熵值分析.结果16个GⅡ.17[P17]阳性标本中共14个获得了全基因组序列,测序深度及覆盖度均较高.首先构建RdRp及VP1基因的系统发育进化树,发育聚类均为6个簇(ClusterⅠ~Ⅵ),其中ClusterⅠ~Ⅳ聚类相同,Cluster V~Ⅵ聚类有少量差异.2023年的标本株序列位于Cluster V.以RdRp聚类为基准,对病毒的8个基因片段进行聚类分析,发现NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好,6个簇均未形成新的分支.此外,这三个基因的熵值位点构成比也处于较低水平.结论诺如病毒GⅡ.17[P17]型别不同基因的系统发育聚类有一定差异,其中NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好.
- 李楚楚艾静秦圆方朱立国胡建利鲍倡俊付建光
- 关键词：诺如病毒基因系统发育聚类
- 江苏省肠道病毒71型分离株的分子遗传演化特征被引量：3
- 2011年
- 肠道病毒71型（EV71）是小RNA病毒科肠道病毒属成员,其感染主要引起患者手足口病（handfoot-mouth disease,HFMD）,个别患者可引起无菌性脑膜脑炎等并发症.自1998年EV71在中国台湾暴发以来,EV71病毒在亚洲的流行呈上升趋势.流行病学资料表明,不同地区不同症状的EV71病毒性疾病的暴发可能与毒株间的差异等因素有关[1].为了解EV71病毒的遗传和变异特征,本实验室对2009年在江苏手足口病流行地区分离到的一株EV71型病毒株（Jiangsu01,GenBank：FJ600325.1）的基因组核苷酸序列进行了遗传进化分析,从分子水平为EV71病毒的流行以及所致疾病的防控提供理论基础.
- 吴斌闫强汤奋扬李亮徐飞海葛胜祥崔仑标王慎骄付建光田华秦圆方邓斐祁贤朱凤才羊海涛汪华
- 关键词：肠道病毒71型分子遗传分离株EV71病毒小RNA病毒科无菌性脑膜脑炎
- 甲型H1N1(2009)流感流行后流感样病例呼吸道病原检测分析被引量：3
- 2011年
- 目的:了解甲型H1N1(2009)流感流行后的流感样病例(ILI)中,除流感病毒外的相关病原分布,为ILI患者临床治疗、流行病学调查提供参考。方法:收集流感监测哨点医院393份ILI咽拭子标本提取核酸,应用实时荧光PCR方法进行20种相关病原比对检测,分析各病原的阳性率与构成比。结果:检测出阳性咽拭子标本51例,分属13种共计64株病原体,其中阳性率较高的为肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、冠状病毒。另有13例为两种病原体混合感染,占阳性标本数的25.49%。结论:ILI的病原构成比较复杂,且存在混合感染,临床治疗与流行病学调查均应引起重视。
- 单云峰葛以跃崔仑标赵康辰单军戚宇华崔岚秦圆方祁贤霍翔
- 关键词：流感样病例病原体实时荧光PCR
- 2014-2017年江苏省赣榆县肾综合征出血热鼠类宿主监测被引量：5
- 2019年
- 目的对江苏省赣榆县肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)鼠类宿主带毒情况进行监测,为疾病预防控制提供依据。方法2014-2017年采集HFRS鼠类宿主心、肺标本,采用ELISA检测鼠心血HFRS抗体、PCR检测鼠肺HFRS核酸,并进行年份、季节、地域与鼠种分类比较。结果共采集鼠标本1 272份,ELISA检测HFRS抗体阳性225份(19.79%),秋季采集的标本抗体水平明显高于春季,黑线姬鼠与褐家鼠标本抗体水平高于小家鼠与句青,2014年标本抗体水平较高,之后鼠类宿主感染率明显下降,以上差异均有统计学意义(P值均<0.05);居民区与野外鼠类抗体水平差异无统计学意义(P>0.05)。PCR检测HFRS核酸阳性9例(1.17%),不同年份、季节、地域与鼠种阳性率差异均无统计学意义(P值均>0.05)。结论江苏省赣榆县肾综合征出血热季节流行差异明显,黑线姬鼠与褐家鼠是当地优势鼠种。2014年后鼠类宿主感染率明显下降。
- 秦圆方王笑辰李志锋祁贤田华周明浩胡建利鲍倡俊
- 关键词：肾综合征出血热宿主动物流行病学特征
- 南京市儿童医院门诊儿童隐孢子虫病的流行病学调查被引量：7
- 2009年
- 目的调查南京市儿童医院门诊儿童隐孢子虫病的流行情况,进而了解2008年夏秋季节南京及周边地区儿童人群中隐孢子虫病的流行情况。方法收集2008年7～8月份和9～10月份两个时间段南京市儿童医院门诊儿童粪样,用改良抗酸染色和金胺酚-改良抗酸复合染色法,检查粪样中的隐孢子虫卵囊。同时,随机收集部分门诊儿童的血样,通过分子生物学技术纯化特异性隐孢子虫重组蛋白SA35,用微粒子免疫检测法检测血清中抗SA35IgG抗体水平。结果共收集儿童医院门诊儿童的粪样2268份,血样207份。粪样隐孢子虫检出率为0.97%,血检结果阳性率为29.95%,经卡方检验,粪检和血检的阳性率在性别之间差异无统计学意义(P>0.05);但血检阳性率1岁以上的儿童比1岁以内的儿童明显增高(P<0.05)。结论南京及周边地区门诊儿童在夏秋季仍然存在隐孢子虫感染,需要进一步加强血检以监控隐孢子虫病的传播。
- 杜学利戈建军秦圆方孟睿刘云储凯侯敏杨萍灿吴海玮
- 关键词：门诊儿童隐孢子虫病粪检流行率
- 2017年江苏省H3N2流感病毒血凝素与神经氨酸酶分子特征及耐药性分析被引量：9
- 2019年
- 目的流行性感冒(简称流感)耐药性监测目前已成为流感防控中的一项重要组成部分。文中旨在分析江苏省2017年H3N2亚型流感病毒基因变异及耐药性情况。方法从江苏省13个流感监测点流感毒株中选取17株H3N2亚型毒株,其中12株为2017年夏季高峰期分离株,4株为非高峰期分离株,1株为2016年度分离株(作为1株参考株)。采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对H3N2亚型流感毒株进行序列测定,从全球共享流感序列网站GISAID下载构建甲型H3N2亚型流感毒株HA(血凝素)系统进化树的骨架参考序列,使用MAGE7.0软件进行序列比对和系统进化分析。通过神经氨酸酶(NA)抑制试验,分析病毒耐药情况。结果16株病毒HA和NA基因核苷酸相似性分别为98.9%~99.6%、99.2%~99.3%,同源性较高。HA进化树分析显示,16株分离株中15株位于3C.2a分支,13株病毒3个C3.2a1分支关键位点(N171K、I406V和G484E)未发生变化,另外3株毒株关键位点发生变异,1株毒株发生该标志性氨基酸变异,1株毒株发生(N121K、T135K)的免疫相关突变。与2017-2018年度疫苗株推荐株A/HongKong/4801/2014相比,16株分离株抗原位点突变包括:A138S 1株,R142K 2株,R142K、R261Q 9株,R142KS144R、R261Q 1株,R142K、S144K、R261Q 1株。16株病毒的NA片段分析未发现NA耐药位点。基因型和表型分析表明,16株H3N2亚型流感毒株对抗流感药物奥司他韦及扎那米韦均敏感,均发现与M2基因耐药有关A30T、S31N分子位点的改变。结论2017年江苏H3N2亚型流行株HA和NA基因表现出异质性特点及发生基因重配现象,随着H3N2流感病毒变异持续发生,应密切监测病毒遗传进化和耐药基因的变化情况。
- 王慎骄祁贤邓斐彭杰夫余慧燕秦圆方戴启刚鲍倡俊
- 关键词：流感病毒H3N2亚型血凝素神经氨酸酶基因特性耐药性分析
- 江苏省新甲型H1N1流感疫苗免疫后抗体水平变化趋势研究
- 2011年
- 目的了解新甲型H1N1流感疫苗免疫前后人群抗体水平动态变化情况。方法随机选取部分疫苗接种人群为受试者,微量半加敏血凝抑制实验检测免疫前、免疫后1个月与免疫后3个月的血清抗体水平,计算抗体阳性率与抗体几何平均滴度（GMT）,并进行统计学分析。结果免疫前、免疫后1个月与3个月抗体阳性率分别为13.64%（9.58%-18.61%）、83.63%（78.15%-88.20%）、77.06%（71.09%-82.32%）,GMT分别为9.36（8.30-10.56）、122.53（100.29-149.70）、96.07（77.85-118.54）。免疫前与免疫后1个月、3个月后相比,抗体阳性率与GMT差异均有统计学意义。免疫后1个月与免疫后3个月两者差异均无统计学意义。结论本研究所用甲型H1N1流感病毒裂解疫苗免疫后抗体水平明显升高,且维持时间较长。
- 秦圆方祁贤李亮祖荣强吴斌付建光王慎骄田华嵇红霍翔汤奋扬朱凤才汪华
- 关键词：流感疫苗抗体
- 2011年苏州地区诺如病毒GⅡ组变异株的分子特征研究被引量：7
- 2013年
- 目的了解苏州地区诺如病毒的感染状况及其变异株的分子特征。方法收集苏州市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本419例，采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别，并对部分阳性标本测序分析。结果419份粪便标本中，GⅡ组诺如病毒为122例，阳性率为29％，未检测出GI组诺如病毒，对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序，A区（RdRp区）测序的25份GII标本中25株均为G11．4型；C区（N-s区）测序的26份G11标本中17株为GII．4型，8株为GⅡ．3型，1株为G11．2型；D区（P区）测序的25份GII标本中16株为G1I．4型，9株为GⅡ．3型。结论诺如病毒是本地区婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体，以诺如病毒GII．4-2006b亚型为主，此外发现有Gtl．4-2010亚型（GII．4NewOrleans株）的流行，这是国内首次对该亚型毒株进行报道，同时还检测到部分重组毒株，提示诺如病毒在本地区的遗传变异日趋复杂。
- 付建光嵇红单军王慎骄李志锋靳淼刘成秦圆方田华鲍倡俊朱叶飞汤奋扬祁贤
- 关键词：诺如病毒分子特征
- PCR技术用于日本血吸虫感染检测研究
- 目前,血吸虫病仍是一种严重危害人类健康与阻碍疫区社会经济发展的寄生虫病,影响范围涉及亚非拉数十个国家和地区。近年来,随着我国血吸虫病防治工作的不断扩展和强度的不断加大,疫区人群血吸虫感染率与感染度显著降低,但感染者仍逾百...
- 秦圆方
- 关键词：日本血吸虫
- 文献传递
- 江苏省2014年肾综合征出血热流行病学分析被引量：17
- 2015年
- 目的 分析江苏省肾综合征出血热（HFRS）流行病学特征,为防控疾病提供对策和建议.方法 收集2014年HFRS疫情监测资料,对其进行描述性流行病学分析.结果 2014年HFRS年发病率为0.44/10万,病死率为1.14％.疫情主要集中在连云港、盐城、南京、常州等地;有秋冬季（10月至翌年1月）和春夏季（4-7月）2个发病高峰;男女发病比为1∶0.31,35～ 70岁年龄组人群发病数较高,职业以农民为主（占82.62％）.春季优势鼠种为黑线姬鼠和小家鼠（密度分别为1.50％和0.83％）,秋季优势鼠种为臭鼰鼱和黑线姬鼠（密度分别为1.50％和1.33％）.全年仅秋季1例黑线姬鼠检测到带毒,其带病毒鼠指数为0.01.结论 近年来,江苏省HFRS疫情逐渐上升,需持续加强疫情高发地区的监测、开展防鼠灭鼠工作、推广疫苗接种等综合性防治措施.
- 王笑辰胡建利周伟忠秦圆方鲍倡俊朱叶飞汤奋扬
- 关键词：肾综合征出血热流行病学特征
