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2011-2016年昆明市手足口病病原学特征分析被引量：15: 2019年; 目的阐明2011-2016年昆明市手足口病病原学特征,为手足口病防控提供参考依据。方法收集2011年1月-2016年12月昆明市手足口病临床诊断病例标本,使用实时定量荧光PCR(real-time PCR)方法检测手足口病病毒核酸。用SPSS 20.0软件分析计数结果。结果2011-2016年检测粪便、肛拭子及咽拭子等标本共计6373份,其中人肠道病毒通用型(human enterovirus universal, EV-U)阳性4679份,阳性率73.42%。昆明市手足口病病原由肠道病毒71型(enterovirus A71, EV-A71)、柯萨奇A组16型(coxsackievirus A16, CV-A16)及其他肠道病毒组成,其优势病原不断变化,2011-2016年优势病原依次为EV-A71型、CV-A16型、其他肠道病毒、CV-A16型、其他肠道病毒、CV-A16型;病原构成差异有统计学意义(χ^2=967.591,P<0.001)。粪便标本阳性率(81.84%)较肛拭子(60.65%)及咽拭子(32.40%)高(χ^2=836.895,P<0.001),重症手足口病标本的EV-A71型检出最多,占重症阳性标本的50.53%(431/853)。发病高峰在 4-7月,占病例标本总数的53.68%(3 421/6 373),由单峰分布演变为双峰变化。主城区的官渡、西山、五华、盘龙病例较多,不同地区手足口病病例标本的阳性率差异有统计学意义(χ^2=1 090.546,P<0.001)。发病年龄集中在6岁以下,其中1~3岁年龄段的病例最多;男、女发病比例为1.46∶1,男女病原构成比差异无统计学意义(χ^2=3.367,P=0.186)。结论昆明市手足口病呈现明显季节性、年龄特征及一定的地区分布规律;病原以EV-A71型和CV-A16型为主,其他肠道病毒的构成比逐渐上升;EV-A71型是引起重症病例的主要病原,应重点防控。; 李文龙刘艳艳简千棋马丽波刘如锦侯敏李旭; 关键词：手足口病 REAL-TIME PCR 肠道病毒病原学监测

一种病毒冷藏转运装置: 一种病毒冷藏转运装置，包括转运箱；密封盖，所述密封盖铰接安装在所述转运箱的顶部；连接杆，所述连接杆设置在所述密封盖上；螺纹安装块，所述螺纹安装块固定安装在所述连接杆的底端；螺纹凹槽，所述螺纹凹槽开设在所述转运箱的顶部；横...; 简千棋李文龙马丽波朱心杨瑶刘如锦刘艳艳; 文献传递

2014-2018年昆明市重症手足口病病原柯萨奇病毒A6型的流行与遗传变异特点被引量：9: 2021年; 目的了解2014-2018年昆明市重症手足口病患者感染的柯萨奇病毒A6(Coxsackievirus A6,CV-A6)型流行情况及其全长VP1区基因特征。方法收集2014-2018年昆明市重症手足口病病例资料及标本1064份,采用Real Time RT-PCR方法进行肠道病毒核酸检测,分析其流行特征。利用随机数表随机选取63例重症CV-A6阳性标本,对其进行完整VP1区基因序列测定,使用Mega6.0软件进行序列分析并构建系统进化树,并比较其核苷酸、氨基酸同源性及氨基酸变异情况。结果2014-2018年昆明市重症手足口病例中共检出肠道病毒阳性标本666份,其中CV-A6阳性195份。5年中重症手足口病例报告数呈下降趋势,但每年均有重症CV-A6病例报告,发病高峰期在4~7月,呈单峰模式,6月达最高峰。感染病例中男女性别比为2.55∶1,≤2岁儿童居多(73.33%),且重点集中在官渡和西山两区。63个CV-A6毒株均位于D3基因亚型D3a进化分支,与国内多地区CV-A6处于共循环状态。该分支分为3个进化小分支,D3a.1包含2014-2016年的所有毒株及少量2017年、2018年毒株;D3a.2包含绝大多数2017年及2018年毒株,D3a.3只有1株2014年昆明株。VP1区氨基酸在多个位点上与原型株存在特异突变,氨基酸变异已呈现年度间规律性。结论CV-A6是引起昆明市重症手足口病主要抗原之一,持续开展CV-A6分子流行病学检测,对昆明市手足口病的防控具有重要意义。; 刘艳艳向以斌李文龙简千棋马丽波刘如锦杨瑶朱心侯敏; 关键词：重症手足口病流行病学

单核细胞增生李斯特菌三种检测方法的比较被引量：3: 2013年; 目的：通过比较国标法、real—timePcR法和LAMP方法，得到适合基层实验室快速检测单核细胞增生李斯特菌的方法。方法：分别用国标法、real-timePcR法和环介导的等温扩增（100p—mediated isothermal amplification，LAMP）法检测李斯特菌，并进行方法比较。结果：三种方法对单增李斯特菌的检测结果一致．国标法整个检测过程需5～7d；real—timePCR法实验条件要求高，成本高，检测需1．5～2．5d；LAMP法实验条件低，成本低，检测时限与real—timePCR相同。结论：LAMP~检测单增李斯特菌灵敏度高、特异性强、快速高效和低成本，适合基层实验室应急检测和现场监测使用。; 张烜榕颜军李文龙侯敏蒋玉佳卜舒李桂满; 关键词：国标法 LAMP PCR

2021年昆明市手足口病流行病学和肠道病毒病原谱特征被引量：2: 2023年; 目的了解昆明市手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)流行病学和肠道病毒(Enterovirus,EV)病原谱特征。方法通过中国传染病报告信息管理系统收集2021年昆明市HFMD病例信息进行描述性流行病学分析;采集部分HFMD病例标本,采用荧光定量PCR检测肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus A16,CVA16)、CVA6和其他EV,采用一步法RT-PCR对其他EV进行扩增和基因型鉴定;构建各基因型EV与参考株的VP1区全基因序列系统进化树,分析亲缘性。结果2021年昆明市HFMD报告发病率为103.72/10万(8804例),其中0-4岁、5-9岁、10-14岁、≥15岁分别为8724.75/10万、1649.25/10万、29.08/10万、9.35/10万,主城区、郊县分别为524.10/10万、965.68/10万。HFMD病例标本的EV检测阳性率为63.15%(538/852);在538株EV中,CVA16、CVA6、EV71、CVA4、CVA2、CVA10、埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)、CVA9、E30、CVA5、CVA12、E21、未分型EV分别占38.66%(208株)、30.86%(166株)、2.97%(16株)、2.97%(16株)、1.30%(7株)、1.12%(6株)、0.74%(4株)、0.37%(2株)、0.37%(2株)、0.19%(1株)、0.19%(1株)、0.19%(1株)、20.07%(108株)。CVA16、CVA6、EV71和CVA4的优势亚型分别为B1a、D3a、C4a和C2亚型,其中CVA16 B1a亚型、EV71与东南亚国家流行株的亲缘关系密切,CVA6、CVA4与中国其他地区流行株的亲缘关系密切。结论2021年昆明市<5岁儿童和郊县HFMD发病率高;HFMD的EV病原谱呈多样性,优势基因型从既往的EV71转变为CVA16、CVA6和CVA4。; 刘艳艳姜黎黎李文龙简千棋马丽波刘如锦杨瑶朱心伏晓庆侯敏; 关键词：手足口病流行病学病原谱基因特征

云南省2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒分子特征分析被引量：2: 2022年; 目的回顾性分析云南省2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒(Eurasian avian-like H1N1 swine influenza viruses,EAH1N1 SIVs)分子特征及遗传进化特征,为流行性感冒(流感)防控提供科学依据。方法对2015年云南省流感监测网络实验室从流感样病例标本中分离到的2株EAH1N1 SIVs毒株进行全基因组测序,使用DNAStar、MEGA6.0等软件进行分子特征分析和系统进化树构建。结果云南省2015年2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒株EAH1N1 SIVs A/Yunnan-Wuhua/SWL1869/2015(H1N1)和A/Yunnan-Longyang/SWL1982/2015(H1N1)均与湖南株A/Hunan/42443/2015同源性较高,同源性分别为97.6%~99.1%和97.9%~99.4%,是EAH1N1 SIVs与A(H1N1)pdm09重配病毒,为G5基因型。受体结合位点分析表明,2株病毒结合α-2,6半乳糖苷唾液酸人受体,为低致病性流感病毒。糖基化位点分析结果显示,2株病毒在HA上有7个潜在的糖基化位点,可能影响与疫苗株抗原的匹配性。耐药性分析表明2株病毒对神经氨酸酶抑制剂药物敏感,但对烷胺类药物耐药。结论 EAH1N1 SIVs对人类健康威胁较大,加强流感监测工作,密切追踪流感病毒的变异情况,能及早发现EAH1N1 SIVs及其他致病性和传播力增强的流感病毒。; 李多李多伏晓庆罗春蕊赵晓南徐闻; 关键词：受体耐药性遗传进化分析

云南省昆明地区2021年柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析: 2024年; 目的对云南省昆明地区2021年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便样本中提取的柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CVA10)VP1区基因特征进行分析。方法从2021年昆明地区各县市区送检的手足口病患儿粪便标本中直接提取病毒RNA,先用肠道病毒EV U/EV-A71/CVA16三重核酸检测试剂盒和CVA6/CVA10病毒双通道核酸检测试剂盒进行核酸检测,检出的CVA10病毒再用486/488和487/489引物分两段扩增CVA10 VP1区全序并测序,用Sequencher 4.8软件对序列进行拼接和编辑,得到CVA10 VP1区全序列。将测得的序列与文献中的序列进行比对,用Mega 5.2软件构建系统进化树,进行基因特征及分子流行病学分析。结果2021年从852份手足口病患儿粪便标本中共检测到331株肠道病毒(enterovirus,EV),总阳性检出率为38.85%(331/852),其中,23株(6.95%,23/331)为CVA10。VP1区基因分析结果表明,23株CVA10病毒株均为基因型E,是昆明地区特有的基因型,为国内首次报道。CVA10病毒VP1区共有894个碱基,编码298个氨基酸。与原型株Kowalik进行氨基酸变异分析,结果表明,298个氨基酸位点中,昆明株分别有30~32个位点发生变化。结论云南省昆明地区2021年手足口病病原中的CVA10毒株均为基因型E,是中国新发现的基因型,应进一步加强对CVA10的基因检测和分子流行病学分析。; 李桂满刘艳艳李文龙简千棋马丽波刘如锦杨瑶朱心侯敏田炳均; 关键词：手足口病 VP1区分子流行病学分析

2020年昆明市6起手足口病聚集性疫情病原学监测及CV-A6分子特征分析: 2022年; 目的了解云南省昆明市手足口病的病原学特征,分析主要病原柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)的流行特征。方法采集昆明市2020年6起手足口病聚集性疫情中19个病例的粪便样本,用实时荧光RT-PCR法检测肠道病毒并测定VP1基因序列,比较核苷酸、氨基酸序列同源性,并进行氨基酸位点变异及基因进化分析。结果19份粪便样本中有18份检出肠道病毒核酸,其中14份为CV-A6阳性,测序成功13份,均为D3基因亚型D3a进化分支。13株CV-A6之间核苷酸同源性为97.2%~100.0%,氨基酸同源性为98.7%~100.0%,12株与2020年曲靖株(LC626198、LC626200)亲缘关系较近,1株与2019年眉山株(MW178716)亲缘关系较近。测序成功的13株CV-A6VP1区氨基酸变异主要在S97N、A128V、E129G、F130S、T131P和S139R等位点,未出现V174I变异。结论2020年昆明市手足口病聚集性疫情的主要病原是CV-A6,属于D3基因亚型D3a进化分支。; 刘艳艳易忠仁刘如锦李文龙简千棋马丽波杨瑶朱心颜军; 关键词：手足口病聚集性疫情

SARS-CoV-2 Omicron变异株TaqMan探针法荧光定量RT-PCR的建立及应用: 2023年; 目的开发和评估一种快速、简单和经济的替代测序的Omicron变异株荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)。方法针对SARS-CoV-2 ORF1ab保守区域、Omicron变异株S基因高频共同突变位点设计引物和TaqMan探针, 建立Omicron株RT-qPCR检测方法, 用经全基因组测序确定型别的样本进行验证, 并对该方法的特异度和敏感度进行评估。结果本研究建立的RT-qPCR分型法可以将Omicron变异株与包括早期A型流行株、Alpha和Delta变异株在内的SARS-CoV-2毒株进行区分, 结果与全基因组测序结果一致, 符合率为100.00%(28/28);与其他6种呼吸道病毒及柯萨奇病毒A组16型无交叉反应;该方法RNA标准品在109~103拷贝/μl之间呈良好的线性关系, 相关系数R2均大于0.99, 检测敏感度为103拷贝/μl。结论本研究设计的针对Omicron变异株的RT-qPCR敏感度高且特异度好, 在任何可以进行PCR检测的实验室中都容易开展, 可极大地促进对Omicron变异株的传播监测。; 孙艳红李文龙陈瑶瑶伏晓庆赵晓南李多; 关键词：RT-QPCR

昆明市东川区突发皮肤炭疽的实验室检测分析被引量：5: 2016年; 目的通过对2015年昆明市东川区突发皮肤炭疽疫情的处理和实验室检测,提供处置此类事件的一种科学准确的方法和依据,以提供借鉴。方法用WS 283—2008炭疽诊断标准进行病原菌分离培养,用real-time PCR方法进行炭疽芽胞杆菌染色体编码的rpo B基因及质粒pXO1上pag A基因、pXO2上cap基因的检测及单核苷酸多态性(SNP)测定,用毛细管电泳进行多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)。结果从4例疑似皮肤炭疽患者的疱疹液中分离得到2株炭疽芽胞杆菌,且此2株菌的rpo B基因、pagA基因和cap基因均为阳性,对照分类表为A.Br.001/002亚群。结论此次皮肤炭疽疫情是由当地村民宰杀携带炭疽芽胞杆菌强毒株的病牛引起,与云南地区曾经存在的炭疽芽胞杆菌类型一致。; 李桂满张烜榕王慧雯颜军李文龙侯敏; 关键词：皮肤炭疽实时荧光定量PCR 毒力基因单核苷酸多态性

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李文龙

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