朱明珠
- 作品数：14 被引量：12H指数：2
- 供职机构：首都医科大学生物医学工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市教育委员会科技发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 结合蛋白质互作与基因表达谱信息大范围预测蛋白质的精细功能被引量：8
- 2006年
- GESTs(gene expression similarity and taxonomy similarity)是结合基因表达相似性和基因功能分类体系Gene Ontology(GO)中的功能概念相似性测度进行功能预测的新方法.将此预测算法推广应用于蛋白质互相作用数据,并提出了几种在蛋白质互作网络中为功能待测蛋白质筛选邻居的方法.与已有的其它蛋白质功能预测方法不同,新方法在学习过程中自动地从功能分类体系中的各个功能类中选择最合适的尽可能具体细致的功能类,利用注释于其相近功能类中的互作邻居蛋白质支持对此具体功能类的预测.使用MIPS提供的酵母蛋白质互作信息与一套基因表达谱数据,利用特别针对GO体系结构层次特点设计的3种测度,评价对GO知识体系中的生物过程分支进行蛋白质功能预测的效果.结果显示,利用文中的方法,可以大范围预测蛋白质的精细功能.此外,还利用此方法对2004年底Gene Ontology上未知功能的蛋白质进行预测,其中部分预测结果在2006年4月发布的SGD注释数据中已经得到了证实.
- 高磊李霞郭政朱明珠李彦辉饶绍奇
- 关键词：基因表达谱GENEONTOLOGY蛋白质功能
- 酵母基因表达相关性与蛋白质互作网络距离分析
- 随着基因芯片技术和蛋白质互作检测技术的发展,对基因表达相关性与蛋白质互作关系的研究已受到越来越多的关注,本文以研究相对比较完善的酵母物种作为研究对象,对2467个酵母基因表达谱数据和MIPS提供的15660条蛋白质互作数...
- 朱明珠高磊李霞
- 关键词：基因表达谱相关系数
- 文献传递
- 结合表达谱信息进行基因功能预测中样本不平衡处理
- 应用机器学习进行分类是基因功能预测的一种重要手段.但许多预测集中的阳性样本过少,会降低功能预测的效果.针对此问题本文对结合支持向量机(SVM)算法的几种常用非平衡数据分类方法进行实验比较.在此基础上提出通过加权修正投票的...
- 朱明珠郭政李彦辉李霞高磊刘帅
- 关键词：支持向量机基因表达谱
- 文献传递
- 根据基因表达谱筛选间接互作蛋白质进行蛋白质功能预测
- 2006年
- 利用基因表达谱数据,通过计算互作蛋白质的表达相关系数,来筛选、优化蛋白质互作网络。结果显示,利用经过筛选的互作数据,根据邻居计数法和卡方法进行功能预测的预测效果明显提高,距离待测蛋白质较远的邻居也包含着与待测蛋白质功能一致的信息。
- 高磊朱明珠郭政李霞
- 关键词：基因表达谱基因功能
- 蛋白质功能位点和结构域与人类蛋白质互作关联分析
- 蛋白质是实现生命活动的基本单位,蛋白质间的相互作用对于实现生物功能极其重要。功能位点和结构域作为蛋白质上的特征结构,具有重要的生物学意义。我们的工作是基于蛋白质功能位点和结构域数据,对蛋白质进行分类,并检验每个类别中存在...
- 王靖李霞高磊朱明珠杨德武
- 关键词：蛋白质功能位点结构域
- 文献传递
- 结合基因表达相似性与蛋白质互作数据的基因功能预测
- 蛋白质互作是蛋白质行使功能的方式,通过蛋白质互作信息预测基因功能是目前较为常用的方法.本文引入基因表达谱信息,利用表达相似性水平对蛋白质互作数据进行筛选,重新构建互作网络,结合我们提出的基于基因表达相似性和基因功能类的概...
- 高磊郭政朱明珠
- 关键词：基因表达谱基因功能
- 文献传递
- 基因功能预测问题中的样本不平衡处理被引量：5
- 2006年
- 应用机器学习进行分类是基因功能预测的一种重要手段。但是许多预测集中的阳性样本过少,会降低功能预测的效果。针对此问题,本研究对结合支持向量机(SVM)算法的几种常用非平衡数据分类方法进行实验比较,包括投票整合分类器和移动分类面等。在此基础上提出通过加权修正投票的整合策略,以提高预测效果。实验结果显示,结合多数类样本限数取样及整合思想的投票整合法预测效果优于移动分类面法,而在投票整合法基础上的加权修正整合方法在所有方法中获得更好更稳定的结果。
- 朱明珠郭政李霞刘帅李彦辉高磊
- 关键词：支持向量机基因表达谱不平衡
- 基于蛋白质互作网络的蛋白质功能预测及药物靶点识别研究
- 随着结构基因组计划的基本完成，基因组研究逐渐进入到后基因组时代。如何利用已有的高通量生物学数据对药物作用机制进行研究具有重大意义。由于蛋白质很少孤立的发挥作用，往往通过网络中彼此间相互作用来共同行使功能。因此网络生物学分...
- 朱明珠
- 关键词：药物靶点蛋白质药理学
- 结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能
- 2009年
- 当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系(GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点。为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白质准确地预测到更具体的功能类中。针对GO中的每个候选预测空间来构建分类器,并选用功能类分离性指标对候选预测空间进行评价,选出该指标大于一定阈值的候选预测空间,再将父节点中的蛋白质预测到子节点中。通过扩展深化预测的范围,可将预测空间一直上溯到根节点,对蛋白质功能进行深层预测,得到很好的预测结果。以上溯两层的预测空间为例,平均真阳性率和覆盖率分别达到94.02%和95.82%。
- 朱明珠高磊李彦辉马文才朱晶张敏郭政李霞
- 离子通道基因表达谱及其亚型一致性的研究
- 本文从离子通道表达谱数据出发,采用了除噪、标准化、主成分分析等方法对此套数据进行分析,再用模糊C-均值算法对预处理后的数据进行分类,研究此分类与其生物学亚型之间的一致性。结果进一步证实了可以通过基因表达谱的分析实现对离子...
- 杨德武李霞朱明珠王靖肖雪
- 关键词：离子通道基因表达谱一致性
- 文献传递
