张杰 作品数:22 被引量:70 H指数:5 供职机构: 石河子大学医学院第一附属医院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 高层次人才科研启动基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 更多>>
结核分枝杆菌PPE2的生物信息学分析 被引量:2 2022年 目的应用生物信息学软件预测分析结核分枝杆菌PPE2蛋白的结构与功能。方法从NCBI中获得PPE2序列及其编码基因序列,通过OFR Finder、ProtParam、ProtScaleon Expasy、TMHMM Sever v.2.0、SignalP 4.1 Sever、PSORT、NetPhos 3.1 Sever、BLAST、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI等工具预测分析PPE2编码蛋白的生物学结构与特性。结果PPE2蛋白由556个氨基酸组成,相对分子质量为56951.97×10~3,等电点4.78,为亲水性蛋白,无跨膜区域及信号肽;编码基因Rv0256c总长度为1671 bp,有10个开放阅读框架;PPE2蛋白有53个磷酸化位点,1个保守结构域;蛋白二级结构中α-螺旋占41.91%,β-折叠占11.33%,β-转角占3.96%,无规则卷曲占42.81%;有57个(得分>0.5)B细胞抗原表位和113个(得分>15)T细胞抗原表位。结论PPE2蛋白为亲水蛋白,具有潜在的T、B细胞抗原表位,可作为研发结核病疫苗的候选蛋白。 冯楠 柳小玲 张杰 董江涛 梁粟 王菊 张辉 丰启盈 邹炙臻 吴江东 章乐 吴芳 张万江关键词:结核分枝杆菌 生物信息学 结核分枝杆菌Hrp1蛋白的生物信息学分析 被引量:3 2021年 目的应用生物信息学预测分析Hrp1蛋白结构功能和生物学特性。方法生物信息学软件ORF Finder、SOSUI、Protpapram、ProtScale、Signal IP、Tmpred、TMHMM、NetNGlyc、NetPhos-3.1-Servera、PSORT、WoLF PSORT、TargetP-2.0-CBS、NLStradamus、SOMPA、SWISS-MODEL、IEDB、SYFPEITHI、RANKPEP、BLAST、DNAStar、STRING对Hrp1蛋白的理化性质、结构功能、生物学特性、抗原表位及蛋白相互作用进行预测分析。结果Hrp1蛋白原子总数2166,等电点4.96,不稳定性指数19.62,脂肪族氨基酸指数100.35,平均疏水性0.042,有跨膜区无信号肽,1个糖基化位点6个磷酸化位点,二级结构以α-螺旋为主。其亚细胞定位于细胞质,属于稳定的亲水性蛋白。经预测,Hrp1蛋白含有4个B细胞表位,多个T细胞表位,且其相互作用蛋白分别为Rv2627c、Rv2628、Rv1738、devR、Rv2624c、TB31.7、rip3、pfkB、guaA、hspX,并参与多种生物学过程。结论生物信息学分析Hrp1蛋白为稳定亲水性胞浆蛋白,具有良好的抗原表位,为结核病诊断及治疗的潜在候选因子,是探索结核分枝杆菌持久性感染机制的重要研究靶标,可作为抗结核多肽疫苗的候选蛋白。 刘静 吴芳 张杰 董江涛 柳小玲 梁粟 王菊 张春军 吴江东 章乐 赵海军 张万江关键词:结核分枝杆菌 生物信息学 基于网络药理学探究骆驼刺治疗脓毒症的作用机制及实验验证 2023年 目的采用网络药理学和分子对接技术及分子动力学技术,研究骆驼刺治疗脓毒症作用机制,并进行动物实验验证。方法首先筛选骆驼刺有效成分及其作用靶点,同时筛选治疗脓毒症的相关作用靶点,构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行拓扑学分析,绘制中药-疾病-靶点网络图。其次对网络图中核心靶点进行京都基因与基因组百科全书富集分析,同时进行基因本体功能富集分析;接着对核心靶点进行分子对接和分子动力学模拟实验验证。最后采用小鼠进行动物实验验证。结果筛选出骆驼刺活性成分30个,度值排名前5为(-)-儿茶素酸酯、金雀异黄酮、山奈酚、槲皮素、表没食子儿茶素,作用靶点196个;脓毒症疾病相关靶点2144个,骆驼刺-脓毒症交集靶点105个,核心靶点为TNF、IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、IL-1β等。涉及PI3K-Akt、TNF、HIF-1、AGE-RAGE、IL-17等信号通路,介导炎症反应、细胞凋亡等生物过程,发挥对脓毒症的治疗作用。分子对接结果显示,骆驼刺黄酮类化合物与各关键靶点结合性能均良好,其中结合能最低最稳定的构象为(-)-epigallocatechin gallate-IL-6和quercetin-IL-6,对两对复合物进行分子动力学模拟,结果表明,通过静电、范德华势能和氢键的共同作用,可以达到稳定结合的效果。动物实验证实骆驼刺可抑制脓毒症小鼠肺组织内PI3K/Akt信号通路的激活,降低Caspase-3、VEGF蛋白表达,减少外周血炎症因子TNF-α、IL-1β、IL-6的分泌,减轻组织及脏器炎性损伤。结论骆驼刺对脓毒症的治疗作用是通过多生物过程、多靶点、多通路来实现的。本研究为骆驼刺的临床应用以及脓毒症治疗提供了一定的理论依据。 邹炙臻 邓喜玲 王云来 张杰 董江涛 柳小玲 梁粟 王菊 张辉 吴江东 章乐 吴芳 张万江关键词:骆驼刺 脓毒症 网络药理学 分子对接 分子动力学 MTHFD2在口腔鳞状细胞癌中免疫浸润及表达的研究 被引量:3 2023年 目的:探讨亚甲基四氢叶酸脱氢酶2(methylenete trahydrofolate dehydrogenase 2,MTHFD2)在口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma, OSCC)中的生物学意义及其潜在治疗靶点。方法:通过生信分析和免疫组化共同分析MTHFD2的蛋白表达谱和预后价值。利用组织芯片进一步评估OSCC中MTHFD2的表达,并评估MTHFD2表达与总体生存期相关性,探讨MTHFD2在免疫浸润中的意义。结果:通过组织芯片验证MTHFD2在OSCC中表达显著升高(P<0.05),且与总体生存期存在相关性。生物信息分析MTHFD2在OSCC中与免疫细胞及免疫检查点具有相关性(P<0.05)。结论:MTHFD2的上调可能是OSCC潜在的致癌风险因子。MTHFD2可能促进OSCC肿瘤细胞免疫浸润。 郭超 张杰 黎昌学 代海涛 余芯乐 姜丹丹 周政关键词:头颈部鳞状细胞癌 肿瘤微环境 泛素样蛋白蛋白酶体系统对单耐异烟肼结核分枝杆菌耐药性机制研究 被引量:6 2017年 目的探讨泛素样蛋白蛋白酶体系统对单耐异烟肼结核分枝杆菌耐药性的影响及其机制。方法采用刃天青显色法,比较单耐异烟肼结核分枝杆菌(对照组)与4种基因(Pup、Dop、PafA、Mpa基因)分别过表达和缺失单耐异烟肼结核分枝杆菌菌株异烟肼最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)值的差异;比较加入改变细胞壁通透性试剂后,单耐异烟肼结核分枝杆菌(对照组)与4种基因分别过表达和缺失单耐异烟肼结核分枝杆菌菌株异烟肼MIC差值间的差异。结果 (1)与单耐异烟肼结核分枝杆菌相比,异烟肼的MIC值过表达PafA基因株增加1.03μg/ml,过表达Dop、Mpa基因株分别降低1.03μg/ml、0.68μg/ml,差异均无统计学意义(F=1.898,P>0.05);过表达Pup基因株异烟肼的MIC值增加8μg/ml,差异有统计学意义(t=2.185,P<0.05);缺失Pup、Dop、PafA、Mpa基因株异烟肼的MIC值分别降低4.82、4.98、4.99、4.9μg/ml,差异均有统计学意义(F=35.809,P<0.05)。(2)与加入改变细胞壁通透性试剂后单耐异烟肼结核分枝杆菌相比,异烟肼的MIC差值过表达Pup基因株增加7.78μg/ml,差异有统计学意义(t=2.173,P<0.05);缺失Pup、Dop、PafA、Mpa基因株分别降低4.58、4.73、4.75、4.68μg/ml,差异均有统计学意义(F=33.598,P<0.05);过表达Dop、Mpa基因株分别降低1μg/ml和0.7μg/ml,过表达PafA基因株增加0.97μg/ml,差异均无统计学意义(F=1.935,P>0.05)。结论结核分枝杆菌泛素样蛋白蛋白酶体系统可能通过调控单耐异烟肼结核分枝杆菌细胞壁的通透性影响其耐药性。 张帅 张舜文 吴芳 吴江东 章乐 张杰 董江涛 张玉清 柳小玲 梁粟 朱荟云 张大龙 武青青 张万江关键词:结核分枝杆菌 耐药性 异烟肼 涎腺黏液表皮样癌组织SEMA3A与SEMA3B及p53表达临床意义 被引量:3 2018年 目的信号素蛋白SEMA3A和SEMA3B是多种肿瘤的预后决定因素,但在黏液表皮样癌(mucoepidermoid carcinoma,MEC)中研究少见。本研究旨在探讨MEC组织SEMA3A、SEMA3B和p53的表达及与临床病理学特征的关系及其预后意义。方法收集1992-08-19-2016-11-07石河子大学医学院第一附属医院(52例)、新疆维吾尔自治区人民医院(19例)MEC石蜡组织标本71例和石河子大学医学院第一附属医院MEC癌旁正常涎腺组织(normal salivary gland,NSG)石蜡标本35例;采用免疫组化法检测SEMA3A、SEMA3B和p53蛋白表达,χ2检验分析其与临床病理学特征之间的相关性;生存分析采用Kaplan-Meier法,Cox比例风险回归模型分析影响患者无进展生存期(progression-free survival,PFS)的因素。结果MEC组织SEMA3A、SEMA3B和p53阳性表达率分别为33.80%(24/71)、28.17%(20/71)和57.75%(41/71),与NSG组织91.43%(32/35)、85.71%(30/35)和5.71%(2/35)比较,差异均有统计学意义,均P<0.01。MEC组织SEMA3A表达与年龄(χ2=4.589,P=0.032)、淋巴结转移(χ2=4.095,P=0.043)和临床分期(χ2=4.377,P=0.036)有关;SEMA3B表达与性别(χ2=7.848,P=0.005)、年龄(χ2=4.228,P=0.040)、肿瘤大小(χ2=11.146,P=0.001)、淋巴结转移(χ2=6.376,P=0.012)、T分期(χ2=12.138,P=0.007)、N分期(χ2=6.464,P=0.039)和临床分期(χ2=7.360,P=0.007)有关;p53表达与肿瘤大小(χ2=7.832,P=0.005)和临床分期(χ2=8.910,P=0.003)有关。相关性分析显示,MEC组织SEMA3A与p53表达呈负相关(P<0.01,r=-0.474),SEMA3B与p53表达无相关性,P>0.05。Kaplan-Meier单因素生存分析显示,SEMA3A、SEMA3B、p53表达(χ2=6.553,P=0.010;χ2=3.960,P=0.047;χ2=9.448,P=0.002)、性别(χ2=6.502,P=0.011)、淋巴转移(χ2=8.928,P=0.003)、肿瘤大小(χ2=8.524,P=0.004)、T分期(χ2=10.8,P=0.013)、N分期(χ2=11.771,P=0.003)和临床分期(χ2=10.667,P=0.001)是影响患者PFS的相关因素;Cox多因素回归分析显示,性别(HR=0.256,95%CI为0.08~0.813,P=0.021)和T分期(HR=2.051,95%CI为1.006~4.182,P=0.048)可作 李胜男 查小雨 张杰 陈晓涛 徐江关键词:涎腺黏液表皮样癌 SEMA3A SEMA3B P53 免疫组织化学 45例胰腺损伤的临床综合诊治分析 被引量:1 2016年 目的:总结创伤性胰腺外伤的诊断及治疗经验。方法:对本院2004年1月至2014年12月收治的45例胰腺外伤患者的临床资料进行回顾性分析。结果:根据美国创伤外科协会(American Association for the Surgery of Trauma,AAST)胰腺损伤分级,本组45例中,Ⅰ级损伤13例,Ⅱ级损伤12例,Ⅲ级损伤9例,Ⅳ级损伤6例,V级损伤5例。保守治疗9例,手术治疗36例。胰腺清创缝合引流16例,胰体尾切除9例,胰腺头断端包埋、远端胰腺空肠Roux-Y吻合术6例,十二指肠憩室化术3例,胰十二指肠切除术2例。治愈42例,死亡3例。并发胰漏6例,胰腺假性囊肿7例,并发炎性肠梗阻3例。结论:胰腺损伤的治疗要根据具体伤情来决定手术方式。对于严重的胰腺损伤,要遵循损伤控制性手术的原则,术后充分引流是预防术后并发症的关键。 吉南 欧阳军 张杰关键词:胰腺损伤 外科手术 结核病易感性相关基因-MBL基因的研究进展 被引量:1 2011年 结核病是人类最古老的传染病之一,是由结核分枝杆菌引起的一种世界性传染病,是人类健康的重要杀手。据2000年我国第四次全国结核病流行病学抽样调查结果表明:我国活动性肺结核病患病率、涂阳率和死亡率分别为367/10万,106/10万和9.8/10万,结核病疫情在我国仍较为严峻, 张杰 张万江关键词:结核病疫情 MBL基因 结核分枝杆菌 活动性肺结核 病患病率 灭活的新型结核病疫苗菌株(B/R菌株)对小鼠T淋巴细胞免疫记忆的影响 2023年 目的探讨灭活的新型结核病疫苗菌株(B/R菌株)对小鼠T淋巴细胞免疫记忆的影响。方法以PBS、BCG菌株、B/R菌株与灭活B/R菌株为分组方式,单次皮下接种免疫C57BL/6小鼠。于免疫后第9周、第12周和第15周,分别取各组小鼠脾脏,提取脾脏淋巴细胞。各组脾脏淋巴细胞半数直接检测,其余部分进行体外培养,并按实验设计以结核菌素纯蛋白衍生物(PPD)进行刺激,而后进行检测。应用流式细胞技术分别检测未经PPD刺激和经刺激的小鼠脾脏淋巴细胞内中央型记忆性T细胞(T_(CM))和效应型记忆性T细胞(T_(EM))数量。结果免疫后未经PPD刺激,第9周时,灭活B/R组、B/R组、BCG组诱导产生的CD_(4)^(+)T_(CM)(F=13.20,P<0.05)与CD_(4)^(+)T_(EM)(F=28.15,P<0.05)高于PBS组;诱导产生的CD_(8)^(+)T_(CM)(F=8.92,P<0.05)与CD_(8)^(+)T_(EM)(F=6.13,P<0.05)高于PBS组。第12周时,各组诱导产生的CD_(4)^(+)T_(CM)(F=15.97,P<0.05)与CD_(4)^(+)T_(EM)(F=13.60,P<0.05)高于PBS组;诱导产生的CD_(8)^(+)T_(CM)(F=5.52,P<0.05)与CD_(8)^(+)T_(EM)(F=20.15,P<0.05)高于PBS组。第15周时,各组诱导产生的CD_(4)^(+)T_(CM)(F=15.40,P<0.05)与CD_(4)^(+)T_(EM)(F=7.43,P<0.05)高于PBS组;诱导产生的CD_(8)^(+)T_(CM)(F=6.57,P<0.05)与CD_(8)^(+)T_(EM)(F=9.27,P<0.05)高于PBS组。免疫后经结核特异性抗原PPD刺激,在第9周时,灭活B/R组、B/R组、BCG组诱导产生的CD_(4)^(+)T_(CM)(F=9.66,P<0.05)与CD_(4)^(+)T_(EM)(F=11.20,P<0.05)高于PBS组;诱导产生的CD_(8)^(+)T_(CM)(F=7.24,P<0.05)与CD_(8)^(+)T_(EM)(F=9.30,P<0.05)高于PBS组。第12周时,各组诱导产生的CD_(4)^(+)T_(CM)(F=9.33,P<0.05)与CD_(4)^(+)T_(EM)(F=6.94,P<0.05)高于PBS组;诱导产生的CD_(8)^(+)T_(CM)(F=67.71,P<0.05)与CD_(8)^(+)T_(EM)(F=10.86,P<0.05)高于PBS组。第15周时,各组诱导产生的CD_(4)^(+)T_(CM)(F=39.88,P<0.05)与CD_(4)^(+)T_(EM)(F=11.93,P<0.05)高于PBS组;诱导产生的CD_(8)^(+)T_(CM)(F=138.80,P<0.05)与CD_(8)^(+)T_(EM)(F=38.47,P<0.05)高于PBS组。值得注意的是,在第15� 丰启盈 邓喜玲 张杰 董江涛 柳小玲 梁粟 王菊 张辉 吴江东 章乐 吴芳 张万江关键词:灭活疫苗 T淋巴细胞 免疫记忆 MBL基因H/L、P/Q位点多态性与新疆维吾尔族结核病的相关性研究 被引量:3 2011年 目的探讨MBL基因H/L、P/Q位点的多态性是否与新疆维吾尔族人群结核病发病相关。方法通过使用引物序列特异性PCR(PCR-SSP)的方法分别对226例新疆维吾尔族活动性肺结核患者及231例有结核分枝杆菌接触史的新疆维吾尔族健康者研究MBL基因的H/L、P/Q多态性位点与新疆维吾尔族人群结核病易感性的关系。结果新疆维吾尔族结核病例组中MBL-H/L突变基因型频率与新疆维吾尔族健康对照组突变基因型频率分别为25.66%、18.18%,差异无统计学意义(OR=1.600,95%CI:1.020~2.511,P=0.040,Pc=0.052〉0.05)。新疆维吾尔族结核病例组中MBL-P/Q突变基因型频率与新疆维吾尔族健康对照组突变基因型频率分别为10.62%、10.82%,差异无统计学意义(OR=0.979,95%CI:0.541~1.797,P=0.050,Pc=0.994〉0.05)。MBL-AB等位基因型与MBL-HL等位基因在病例组的相交系数为0.018,P值为0.006〈0.05。新疆维吾尔族人群MBL-A/B,H/L,P/Q之间测出4个单倍体型:HPA,LPA,LPB,LQA。结论新疆维吾尔族人群中MBL基因H/L、P/Q多态性与结核病易感性无明显相关性。新疆维吾尔族人群MBL-A/B,H/L,P/Q等位基因型之间存在连锁不平衡,MBL-A/B等位基因型与MBL-H/L等位基因有正向交互作用。 周江 邓喜玲 王霞 吴芳 张杰 李宇 张万江关键词:维吾尔族人群 结核病 MBL基因