左光宏
- 作品数：9 被引量：7H指数：2
- 供职机构：复旦大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划全球变化研究国家重大科学研究计划国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术理学农业科学更多>>
- nPME对GROMACS软件并行计算性能的影响分析被引量：1
- 2014年
- 在分子动力学并行计算的过程中,正确地处理好并行规模与PME(Particle-Mesh Ewald)方法的任务分配,对于提高分子动力学的并行效率具有非常重要的影响。以常用的分子动力学软件Gromacs[1-3]为例,利用上海超级计算中心"魔方"超级计算平台,就不同并行规模与不同PME任务分配方式下的计算性能进行测试。发现并行能在一定的范围内显著的提高Gromacs的计算效率,但是当并行规模超过一定值后,计算效率反而下降。另一方面,当并行规模较小时,不设置PME专属节点的计算效率较高;但当并行规模较大时,合理的设置PME专属节点,能显著地提高计算的效率。这一结果能对从事分子动力学模拟的研究人员合理分配并行资源提供帮助。
- 寇大治左光宏
- 关键词：并行计算分子动力学GROMACSPME
- 纳米颗粒与环境水结构对蛋白质构象影响的分子动力学模拟研究
- 蛋白质是生命活动的基本单元。活体细胞的每一项功能的实现都离不开蛋白质。而蛋白质的这些丰富功能基本上由其结构决定。对于蛋白质结构的研究,能极大的促进我们对于生物细胞功能的实现过程的了解,对于人类的医疗健康、生产生活都具有重...
- 左光宏
- 关键词：蛋白质构象蛋白质折叠NANOTUBES蛋白质结构蛋白质分子
- 文献传递
- 基因组时代的计算微生物学被引量：2
- 2017年
- 微生物基因组和RNA序列构成生物学数据的重要部分.从基因组出发而且不用序列联配的CVTree和基于16S rRNA序列联配的LVTree,是两套原始数据和计算过程相互独立的构建原核生物亲缘树和分类系统的途径.这两套途径的自动化,使亲缘关系和分类系统成为大数据分析的副产品,可以帮助后继乏人的分类学摆脱困境.特别是基于基因组的CVTree,既提供了大范围研究的工具,又在种以下具有16SrRNA序列分析所不能企及的高分辨力,可以提出和解决一批新问题,开辟若干新方向.本文是相关研究工作的扼要综述.
- 左光宏郝柏林
- 关键词：原核生物
- 蛋白质折叠的简化模型研究
- 蛋白质是生命现象中最重要的物质基础之一，它不仅是生物结构的重要组成部分，还参与了生物体内许多重要功能。考察蛋白质分子在适宜的环境中如何从一个无规的初始结构折叠形成特定的功能三维结构，是蛋白质研究中的核心问题之一。无论是埘...
- 左光宏
- 关键词：蛋白质折叠玻璃相
- 文献传递
- 基于全基因组的微生物亲缘关系与分类系统研究工具——CVTree
- 2015年
- 组分矢量构树(CVTree)方法是基于全基因组的、不用序列联配的物种亲缘关系研究方法。CVTree3是我们最新开发的CVTree网络服务器,它基于并行化的核心程序,以适应当前基因组数据的海量增加;它自动对比物种亲缘关系与分类系统,并在网页上以交互作用形式显示,从而使研究更加直观。使用CVTree3网络服务器,用户可以快速的对未知的全基因组序列进行亲缘关系分析,并对其分类地位进行初步鉴定。由于合理利用全基因组信息,CVTree方法能对种以下的亲缘关系与分类具有高分辨力。随着CVTree方法的深入与完善,希望其能成为阐明原核生物亲缘关系与分类系统的定义性的工具。
- 左光宏郝柏林
- 关键词：原核生物全基因组
- 基于万种基因组的CVTree原核物种的分类与亲缘关系研究
- CVTree 方法是郝柏林院士于2004 年提出的原核生物亲缘关系与分类研究方法.它基于全基因组且无需序列比对,能高效准确的处理大量物种的进化与亲缘关系.近些年来,我们致力于该方法的深化研究,开发了基于该方法的网络服务器...
- 左光宏郝柏林
- 关键词：全基因组亲缘关系原核生物
- 分子动力学模拟方法研究蛋白质与纳米颗粒的相互作用被引量：2
- 2011年
- 分子动力学方法是基于分子力场,通过数值求解牛顿动力学方程来模拟原子与分子运动的计算机模拟方法。利用分子动力学能模拟分子系统与时间相关演化轨迹,研究分子系统的热力学与动力学性质。随着计算机技术的高速发展,分子动力学模拟被广泛的应用于生物分子与纳米材料研究。本文以单壁碳纳米管与WW蛋白结构域为例,介绍如何使用分子动力学模拟研究蛋白质与纳米颗粒之间的相互作用。研究发现,单壁碳纳米管能够插入到蛋白质的核心中,且正好阻挡了YAP65WW蛋白结构域的功能位点,从而可能导致YAP65WW蛋白结构域功能的丧失。结果表明,分子动力学模拟提供了一种全新的从分子层次上研究纳米颗粒毒性机制的方法。
- 左光宏
- 关键词：蛋白质分子动力学
- 原核生物亲缘关系和分类系统的大范围考察
- 原核生物分类研究一向针对具体物种,很少涉及整体性和大范围问题.然而,现在客观条件发生了变化.第一,《原核生物第Ⅳ版》(The Prokaryotes Ⅳ,2013-2014)和《伯杰古菌和细菌分类系统》电子版(Berge...
- 郝柏林左光宏
- 从完全基因组出发建立原核生物亲缘关系和分类系统时遇到的数学问题被引量：2
- 2014年
- 我们课题组近10年所发展的组分矢量(CVTree)方法,已经成为从完全基因组出发而不使用序列联配来构建细菌亲缘关系的有效手段.在整个生物分类学日益后继乏人的背景下,组分矢量(CVTree)方法伴随着基因组时代的发展,成为人人可以方便使用的微生物分类的定义性工具.本综述不讨论CVTree的生物学结果,而着重从非线性科学的角度,介绍我们在研究过程中所提出和解决的数学问题.这将涉及组合学、图论、形式语言学等离散数学的篇章.我们特别希望,本文所列举的一些尚未解决的数学问题能引发新的研究工作,使CVTree方法的理论基础更为坚实.
- 李强左光宏左光宏
- 关键词：原核生物组合学
