姜黎黎 作品数:68 被引量:344 H指数:10 供职机构: 云南省疾病预防控制中心 更多>> 发文基金: 国家科技重大专项 艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项 国家自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 农业科学 更多>>
2009-2015年云南省手足病流行特征聚类分析 被引量:10 2017年 目的分析2009-2015年云南省手足口病流行特征。方法用聚类分析方法对手足口病的发病时间、地区、人群和病原特征进行分析。结果手足口病发病集中在4~7月,EV71和CVA16发病高峰在5~6月,其他肠道病毒高峰在5月,发病率较高地区为滇西北和西双版纳,EV71和CVA16高发地区为昆明,其他肠道病毒高发地区为红;手足口病高发年龄段在1~4岁,EV71和CVA16高发年龄为1~3岁,其他肠道病毒高发年龄为1岁。结论云南省不同手足口病病毒分型存在时间、地区和人群间差异性。 杨傲然 伏晓磬 寸建萍 周晓芳 向以斌 姜黎黎 徐闻关键词:手足口病 病毒分型 流行病学 聚类分析 云南省手足口病流行特征、影响因素及防控策略研究与应用 徐闻 姜黎黎 寸建萍 伏晓庆 周晓芳 向以斌 田炳 手足口病(Hand-foot-mouth Disease,HFMD)是由多种肠道病毒(EV)引起的一种儿童常见急性肠道传染病,病原以肠道病毒71型(EV-A71)和肠道病毒柯萨奇病毒A组16型(CV-A16)较为常见。自...关键词:关键词:手足口病 肠道传染病 2018—2020年丽江市手足口病持续流行及2020年EV-A71分离株VP1区基因特征分析 2023年 目的明确2018—2020年丽江市手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的流行情况及2020年EV-A71分离株的基因特征。方法对收集到的2018—2020年丽江市HFMD患者粪便标本进行核酸检测,结果为EV-A71阳性的标本进行病毒分离,扩增其VP1区,获得的序列与参考株构建系统进化树。结果2018—2019年,丽江市HFMD报告病例以≤5岁儿童为主。历年男性病例数均高于女性,但男女性病例阳性检出率差异无统计学意义。构成丽江市HFMD主要病原的是EV-A71、CV-A16和其他EV。其中EV-A71阳性病例2018年1份(0.48%,1/210),2019年未检出,2020年159份(66.53%,159/239)。系统进化分析显示丽江市EV-A71分离株均处于C4a分支,分离株间核苷酸和氨基酸同源性分别是99.44%~100%和99.65%~100%,与攀枝花参考株核苷酸和氨基酸同源性分别是99.10%~100%和98.99%~100%。所有丽江分离株在中国内地EV-A71常见的氨基酸变异位点均发生了S283T和A293S突变,在B细胞抗原中和表位中的氨基酸序列均未发生改变。结论其他EV、CV-A16和EV-A71作为丽江市2018—2020年的HFMD流行的优势病原交替出现。2020年丽江市流行的EV-A71均为C4a亚型,与攀枝花参考株亲缘关系最近,考虑为攀枝花市输入传播。 李楠 姜黎黎 周晓芳 曹亿会 杨溪 寸建萍关键词:手足口病 肠道病毒 VP1区 2021年昆明市手足口病流行病学和肠道病毒病原谱特征 被引量:5 2023年 目的了解昆明市手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)流行病学和肠道病毒(Enterovirus,EV)病原谱特征。方法通过中国传染病报告信息管理系统收集2021年昆明市HFMD病例信息进行描述性流行病学分析;采集部分HFMD病例标本,采用荧光定量PCR检测肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)、柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus A16,CVA16)、CVA6和其他EV,采用一步法RT-PCR对其他EV进行扩增和基因型鉴定;构建各基因型EV与参考株的VP1区全基因序列系统进化树,分析亲缘性。结果2021年昆明市HFMD报告发病率为103.72/10万(8804例),其中0-4岁、5-9岁、10-14岁、≥15岁分别为8724.75/10万、1649.25/10万、29.08/10万、9.35/10万,主城区、郊县分别为524.10/10万、965.68/10万。HFMD病例标本的EV检测阳性率为63.15%(538/852);在538株EV中,CVA16、CVA6、EV71、CVA4、CVA2、CVA10、埃可病毒18型(Echovirus 18,E18)、CVA9、E30、CVA5、CVA12、E21、未分型EV分别占38.66%(208株)、30.86%(166株)、2.97%(16株)、2.97%(16株)、1.30%(7株)、1.12%(6株)、0.74%(4株)、0.37%(2株)、0.37%(2株)、0.19%(1株)、0.19%(1株)、0.19%(1株)、20.07%(108株)。CVA16、CVA6、EV71和CVA4的优势亚型分别为B1a、D3a、C4a和C2亚型,其中CVA16 B1a亚型、EV71与东南亚国家流行株的亲缘关系密切,CVA6、CVA4与中国其他地区流行株的亲缘关系密切。结论2021年昆明市<5岁儿童和郊县HFMD发病率高;HFMD的EV病原谱呈多样性,优势基因型从既往的EV71转变为CVA16、CVA6和CVA4。 刘艳艳 姜黎黎 李文龙 简千棋 马丽波 刘如锦 杨瑶 朱心 伏晓庆 侯敏关键词:手足口病 流行病学 病原谱 基因特征 2014-2018年云南省文山州手足口病病原学监测及柯萨奇病毒A6型的基因特征分析 被引量:6 2021年 目的对2014-2018年云南省文山州手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例进行病原分析,并对其中分离的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CV-A6)进行分子流行病学分析。方法用RD细胞和Hep-2细胞从HFMD病例粪便标本中分离病毒,提取病毒RNA,先用MD91/OL68-1引物对病毒VP4/VP2结合区基因进行RT-PCR和测序,确定病毒型别,再用各型病毒的相关引物扩增肠道病毒(enterovirus,EV)VP1区全序并测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒完整VP1区基因参考序列,用MEGA5.2软件构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果5年间共从2848份标本中分离到581株EV,病毒分离率为20.40%(581/2848)。581株病毒中CV-A674份,占阳性总数的12.74%(74/581),CV-A16124份,占21.34%(124/581),EV-A71374份,占64.37%(374/581)。其他病毒9份,占1.55%(9/581)。用MEGA5.2软件对74株CV-A6病毒的VP1基因完整序列(915 bp)作基因进化树,排除序列完全一样的序列后共对22株具有代表性的CV-A6病毒和52株参考株序列共74株病毒作基因进化分析,文山州所有22株均为D3a亚型,其中21株为分支1(cluster 1),1株为分支2(cluster 2)。结论2014-2018年云南省文山州HFMD流行以EV-A71(占64.37%)、CV-A16(占21.34%)和CV-A6(占12.74%)为主。基因特征分析表明,跟往年全国的情况一样,云南省文山州2014-2018年流行的CV-A6为D3a基因亚型,其中进化分支1(cluster 1)是主要的流行分支。 周雪花 周永明 姜黎黎 李楠 周晓芳 寸建萍 伏晓庆 田炳均关键词:手足口病 病原分析 VP1基因 分子流行病学 云南省2株柯萨奇病毒A12型VP1区基因特征分析 2021年 目的:了解云南省手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)监测中分离到的2株柯萨奇病毒A12型(Coxsackievirus A12,CV-A12)VP1区基因序列特征。方法:对HFMD监测中获得的临床标本开展RD细胞上的病毒分离培养,通过荧光定量PCR和测序方法鉴定为CV-A12的毒株,进一步对其VP1区进行序列测定,并搜集GenBank中CV-A12其他型别的参考株,共同构建系统进化树,分析CV-A12的VP1区基因特征。结果:获得2株CV-A12分离株的VP1区序列(888 bp),与2018年的云南参考株毒株同源性最高,其VP1区氨基酸在多个位点上与其他云南参考株存在特异突变。结论:云南省HFMD标本中发现的CV-A12已经发生地区特异性VP1基因变异。 周晓芳 寸建萍 姜黎黎 田炳均 李楠 伏晓庆 曹亿会关键词:手足口病 VP1基因 云南省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析 被引量:2 2016年 目的分析云南省2012年引起手足口病(hand-foot—and—mouth disease,HFMD)流行的柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的基因特征,为今后开展CV-A16的分子流行病学研究和疾病防控提供数据。方法对从云南省2012年HFMD患者样本中分离到的CV—A16,采用逆转录-聚合酶链反应扩增VP1基因片段全长,并对扩增产物进行测序。根据VP1基因核苷酸序列结果,从中选取20株与其他CV-A16毒株序列(来源于基因库)构建亲缘性关系树,并且进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果从云南省2012年HFMD患者样本中共分离到112株CV—A16,均为B1基因型,其中102株为Blb亚型,10株为Bla亚型,选取所有的Bla和10株Bib进行分析,核苷酸和氨基酸的同源性分别为89.10%~97.87%和98.91%~100.00%。结论引起2012年云南省HFMD流行的CV-A16毒株属于B1基因型的两大进化分支Bla和Blb,两个进化分支在云南共同进化和流行。 寸建萍 尹洁 姜黎黎 周晓芳 田炳均 徐闻 伏晓庆 张勇关键词:手足口病 柯萨奇病毒A组16型 基因型 分子流行病学 2012-2013年昆明和曲靖两地肠道病毒71型VP1基因分析 被引量:1 2016年 目的分析2012-2013年间,云南省昆明、曲靖两地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患者中肠道病毒71型(enterovirus 71,EV-A71)的基因特征。方法对收集的病例粪便样本进行病毒分离培养和real-time RT-PCR鉴定,并对鉴定为EV-A71型的毒株进行VP1区的核酸序列测定,构建遗传进化树进行基因型别分析。结果两地两年间共收集了538份样本,其中EV-A71型分离株105份,105份EV-A71型分离株均属于C4a亚型,105株EV-A71型分离株在遗传进化树明显聚集为三簇,提示在两地存在多种病毒传播链的可能。结论 2012-2013年昆明、曲靖两地由EV-A71引起的手足口病均属C4a亚型,但其存在多条传播链的流行趋势。 周晓芳 尹洁 寸建萍 姜黎黎 徐闻关键词:肠道病毒71型 手足口病 VP1基因 基于VP4/VP2结合区基因序列对手足口病病原分型的初步研究 被引量:9 2021年 目的评估基于VP4/VP2结合区基因序列对手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原分型方法的准确性,建立快速简易的手足口病病原分型方法。方法用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)对2020年云南省曲靖市送检的49株已用VP1区基因序列分型的肠道病毒进行VP4/VP2结合区基因扩增并测序,获得VP4/VP2结合区分型结果。将VP4/VP2结合区基因分型结果与VP1区分型结果进行一致性评价,利用Mega 5.2软件对毒株基因组序列进行分析。结果49株肠道病毒经VP4/VP2结合区基因序列分型,共分出5个型别,包括肠道病毒(enterovirus,EV)-A组48株4个型别,EV-B组1株1个型别,未分离到EV-C、EV-D。与VP1区分型结果比较,EV-A、EV-B组病毒分型符合率100%,但EV-B组病毒只检测到1株。结论基于VP4/VP2结合区的手足口病病原分型方法对EV-A组病毒能准确分型,对EV-B、EV-C和EV-D组病毒的分型准确率有待积累更多病毒型别进一步研究。 李桂满 罗春蕊 刘艳艳 姜黎黎 周晓芳 寸建萍 田炳均关键词:手足口病 测序分型 柯萨奇病毒 2016—2021年云南省手足口病CVA9型肠道病毒VP1区基因分子进化特征分析 2024年 目的探讨2016—2021年云南省手足口病CVA9型肠道病毒VP1区基因分子进化特征,为手足口病的预防和控制提供科学依据。方法对云南省2016—2021年各州市采集的手足口病核酸检测阳性的病例标本进行病原分型分析,通过细胞培养,富集病毒后进行VP1区基因测序,采用DNA/Star软件进行核苷酸及氨基酸序列比对和基因进化特征分析。用Mega 5.2软件邻位相接法和Kimura 2参数法构建CVA9的基因进化树。结果云南省共分离到6株CVA9病毒株;CVA9毒株分布在4个州市,阳性病例均表现为轻症,年龄分布在7岁及以下年龄段,发病时间段主要集中在1—2月份。其中VP1区基因在11、12、18、84、132等位点氨基酸变化活跃。CVA9的10个基因组(A~J)之间的核苷酸差异率均大于15%,云南省分离的6株CVA9毒株分布在B基因组的G亚型。各CVA9株之间核苷酸、氨基酸差异率分别为15.75%~24.72%、1.39%~2.16%。云南省分离的6株CVA9毒株和国内云南、山东、浙江参考株遗传距离较近。结论2016—2021年引起手足口病的CVA9病毒散在流行,与国内部分省市引起手足口病的毒株共进化、共循环。 姜黎黎 乔恩发 杨溪 寸建萍 周晓芳 曹亿会关键词:手足口病