喻辉
- 作品数：8 被引量：16H指数：2
- 供职机构：哈尔滨医科大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划黑龙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub
- 2005年
- 介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?
- 郭政张田文李霞屠康喻辉徐建震王辰光
- 关键词：基因芯片基因表达基因功能数据库
- GO功能类与基因差异表达的关联规则挖掘算法被引量：7
- 2004年
- 针对基因功能分类体系GeneOntology的层次结构特点 ,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发“挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合”软件 (RuleGO) .RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入 ,输出组合特征功能类与基因差异表达现象的关联规则 ,有助于解释基因差异表达现象的本质原因 ,如疾病发病机制、药物作用机理等 .将RuleGO和OntoExpress应用在结肠癌和腺癌表达谱数据集上 ,结果显示 ,RuleGO比OntoExpress能发现更多的与差异表达现象关联的特征功能类 ,更能看到在OntoExpress上不能发现的组合特征功能类 .另外 ,结果显示 ,将规则的置信度和支持度要求设置较高时 ,一般只有组合功能类才能满足要求 ,这提示在基因表达谱分析中不宜采用单个角度的单个功能分类单元 。
- 屠康喻辉郭政李霞
- 关键词：基因表达谱关联规则ONTOLOGY基因芯片技术
- 从巨量基因数据中提取有效信息的研究
- 目的：探讨从巨量微阵列基因数据中提取有效信息的方法。
方法：以人肿瘤cDNA微阵列1.2分析并获得间变性星形细胞瘤和正常脑组织的差异表达基因数据,进行CityBlock距离和平均距离法的聚类分析,然后将所获得的...
- 江荣才浦佩玉喻辉屠康郭政李霞
- 关键词：聚类分析CDNA微阵列间变性星形细胞瘤
- 文献传递
- 基因表达谱实验条件相关基因功能类挖掘与基因功能预测
- 高通量基因芯片技术的应用,使得我们可以从以往对单个基因的局部、片面性研究,上升到对整个基因组的全局、系统性的研究层面.针对基因表达谱信息分析领域内实验条件相关的基因功能类挖掘和基因功能预测两个问题,我们设计了若干新的分析...
- 喻辉
- 关键词：基因表达谱基因功能
- 文献传递
- 与实验条件相关的基因功能模块聚类分析方法被引量：5
- 2004年
- 针对细胞内基因功能模块化的现象,定义了“基因功能模块”和“特征功能模块”两个概念,并基于这两个概念提出一种“与实验条件相关的基因功能模块聚类算法”。该算法综合利用基因功能知识与基因表达谱信息,将基因聚类为与实验条件相关的基因功能模块。向基因表达谱中加入水平逐渐升高的数据噪音,根据基因功能模块对数据噪音的抵抗力,确定最稳定的基因功能模块,即特征功能模块。加噪音实验显示,在基因芯片技术可能发生的噪音范围内,该算法对噪音的稳健性优于层次聚类和模糊C均值聚类。将模块聚类算法应用在NCI60数据集上,发现了8个与实验条件高度相关的特征功能模块。
- 喻辉郭政李霞屠康
- 关键词：基因芯片技术聚类分析基因表达谱
- 应用聚类分析和GO数据库分析间变性星形细胞瘤的微阵列数据被引量：1
- 2004年
- 目的 探讨从巨量的微阵列基因数据中挖掘肿瘤相关分子机理及功能信息 ;方法 以人肿瘤cDNA微阵列1 2分析并获得间变性星形细胞瘤和正常脑组织的差异表达基因数据 ,进行基于CityBlock距离和平均距离法的聚类分析 ,应用超几何分布的概率模型计算聚类分析所得的各基因类与GO数据库注释的各基因功能类之间的随机关联概率 ,给各基因类标以显著关联的GO数据库的功能类标签。结果 从数以千计的基因数据中获得了 12 1个差异显示基因并分成 6类 ,这 6类基因的生物学功能基本与该肿瘤的生物学特点符合。GO数据库中 6个基因通路功能类分别与该分类相关度最大。结论 应用聚类分析方法和GO数据库对微阵列研究获得的基因信息进行进一步分析 ,有利于提取巨量基因数据中的有效信息 ,可能提供进一步研究的有价值线索。
- 江荣才喻辉浦佩玉屠康郭政李霞焦宝华于士柱申长虹
- 关键词：星形细胞瘤微阵列数据聚类分析
- 基于GO与基因表达谱挖掘特征基因功能类被引量：2
- 2003年
- 我们研制了基于Gene Ontology与基因表达谱挖掘与实验条件相关的特征基因功能类的算法OntoFexed,它的特点是分别采用信息增益方法和Rand Index评价单个基因功能类与一组基因功能类鉴别差异表达基因与不差异表达基因的能力。算法的优点是充分利用了GO的结构信息来搜索特征功能类,并能给出各个抽象层次上的特征功能类。我们将OntoFexed应用于腺癌数据集和NCI60数据集,发现OntoFexed确能发掘与实验条件相关的功能类,且算法对主要的参数有较高的稳健性。
- 喻辉郭政李霞
- 关键词：基因表达谱GENEONTOLOGY
- 互作蛋白质与复合物亚基的基因表达相关性比较分析被引量：1
- 2004年
- 利用在多种应激条件下酵母的基因表达谱数据 ,分别计算互作蛋白质及复合物亚基编码基因的表达相关性。结果发现 ,相对于随机对照组 ,互作蛋白质的编码基因与蛋白质复合物的编码基因表达相关性均显著 (P <0 .0 1) ,即互作蛋白质及复合物亚基有共表达的倾向。通过比较 ,进一步发现蛋白质复合物亚基的基因表达相关性显著高于互作蛋白质的基因表达相关性 (P <0 .0 1) ,这与复合物亚基之间功能联系强于定义不甚确切的互作蛋白之间功能联系现象吻合。
- 王磊郭政李霞屠康喻辉李雪森王辰光
- 关键词：蛋白质复合物
