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基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释被引量：5: 2012年; 前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体,采用Illumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)2种统计分析方法共同检测到35个显著SNPs位点。本研究旨在基于该GWAS结果进一步对产奶性状基因进行鉴定及功能注释。基于牛基因组序列草图(Btau4.2),采用生物信息学和比较基因组学方法进行显著SNPs位置候选基因筛查和功能预测。分析发现,12个SNPs位点位于基因内部,23个位于基因侧翼,最终鉴定到28个位置候选基因,并确定了其物理位置、基因类型及潜在功能。基因功能可归纳为6种类型:调节机体营养成分代谢和平衡、细胞骨架或基质成分、调节细胞增殖和周期及凋亡、参与细胞信号转导和盐离子通道构成、具有激酶活性、参与mRNA转录调控或翻译调控。该研究为进一步鉴定中国荷斯坦牛产奶性状主效基因及功能验证打下了基础。; 齐超谢岩吴晓平姜力刘剑锋孙东晓张勤张沅; 关键词：中国荷斯坦牛全基因组关联分析产奶性状功能注释

中国荷斯坦公牛CN和DUMPS遗传缺陷检测及系谱分析被引量：5: 2012年; 旨在研究中国荷斯坦牛中瓜氨酸血症(Citrullinemia,CN)和尿苷酸核酶缺乏症(Deficiency of uridinemonophosphate synthase,DUMPS)2种遗传缺陷的携带者比率及系谱来源,并构建更简便的检测方法。本研究通过PCR-RFLP方法对参加我国联合青年公牛后裔测定和良种补贴项目的591头荷斯坦公牛进行了大规模CN和DUMPS的遗传缺陷检测,并构建了奶牛CN隐性有害基因的AS-PCR检测技术。结果,共发现2头CN和1头DUMPS隐性有害基因携带者公牛,携带者比例分别为0.34%和0.17%。经过系谱追溯,2头CN携带者公牛均为澳大利亚公牛Linmack Kriss King-CN后代,DUMPS携带者公牛为美国公牛Skokie sensation Ned后代。基于此,我国有必要尽快建立荷斯坦牛隐性遗传缺陷监控体系并进行系谱标注,通过青年公牛预选和选种选配,避免携带者公牛进入后裔测定和良种补贴项目,以逐步降低我国奶牛群体中隐性有害等位基因频率。; 谢岩范学华吴晓平张毅刘林公维嘉陈绍祜孙东晓张胜利张沅; 关键词：中国荷斯坦牛 CN

中国荷斯坦牛乳腺组织中EEF1D基因可变剪接体鉴定与表达分析: 谢岩杨少华王鹏崔晓钢李聪吴晓平张毅张胜利孙东晓; 关键词：中国荷斯坦牛可变剪接表达谱分析

基于SNP芯片和全测序数据的奶牛全基因组关联分析和基因组选择研究: 全基因组关联分析(GWAS)和基因组选择是当前畜禽重要经济性状基因鉴定和遗传改良的重要方法。本研究旨在利用不同密度的SNP标记对奶牛重要性状进行了全基因组关联分析,并对不同基因组选择方法和模型对基因组预测准确性的影响进行...; 吴晓平; 关键词：全基因组关联分析可靠性

拷贝数变异及其在奶牛育种中的研究现状被引量：3: 2012年; 拷贝数变异(copy number variation,CNV)作为结构变异的一种新形式,在品种多样性、生物进化和疾病相关性等研究中起着重要作用。本文主要介绍了CNV的相关概念、分类、作用机制等,并对近年来的研究进行了总结;简单介绍了目前检测CNV的常用技术和CNV在奶牛育种中的研究现状;阐述了当前CNV研究进展缓慢的部分原因,并对其与疾病、生物进化和物种多样性相关性研究的前景进行了一些展望。; 吴晓平刘林刘文娇王鹏孙东晓; 关键词：拷贝数变异奶牛育种

基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释: 2013年; 前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体，采用Iuumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析（GWAS），利用传递不平衡（L1-TDT）和回归分析（MMRA）2种统计分析方法共同检测到35个显著sNPs位点。本研究旨在基于该GwAS结果进一步对产奶性状基因进行鉴定及功能注释。; 齐超谢岩吴晓平; 关键词：中国荷斯坦牛基因组信息产奶性状功能注释

基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释: 目的：课题组前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体,采用I(11)umina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)两种统计分析方...; 齐超谢岩吴晓平姜力刘剑锋孙东晓张勤张沅; 关键词：荷斯坦牛全基因组关联分析; 文献传递

SAS在畜禽性状遗传效应分析中的应用: 2012年; 数据处理是统计分析中不可缺少的重要内容,是定量分析研究的基础,也是动物遗传育种学研究的基本前提。文章结合科研实践中对畜禽性状遗传效应分析中常见的问题,从SAS系统的编程方面对数据处理的方法和实际操作程序进行详细介绍。; 秦春华吴晓平卢振峰; 关键词：SAS 数据处理

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吴晓平