郭云波
- 作品数：16 被引量：22H指数：3
- 供职机构：南方医科大学基础医学院更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金广东省科技计划工业攻关项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 复杂度、近似熵应用于麻醉深度监测中的实验研究被引量：6
- 2010年
- 目的:研究EEG复杂度、近似熵与麻醉深度的关系,筛选既能充分表达麻醉深度、计算方法又相对比较简单的参数。方法:自制虚拟仪器信号采集系统:EEG放大器采用北京祥云公司的体表EEG模块,其放大倍数为1万倍,带宽为0.25～70Hz;MSP430单片机负责AD转换并通过RS232接口将数据传送至上位机;上位机控制软件在LabView6.0平台上开发,将数据初步处理后存贮。动物实验:10只大耳白兔,麻醉剂使用3%戊巴比妥钠,按每公斤体重0.5ml、0.25ml、0.25ml、0.25ml的剂量分4次于耳缘静脉注射,间隔为20min,麻醉前和每次注射麻醉剂5min后记录2minEEG;之后,在苏醒过程中,每隔10min记录一次,共3次。数据后期处理用Matlab实现。结果:复杂度和近似熵与麻药剂量关系的一致性较好。结论:复杂度算法简单,特别适合用于嵌入式麻醉深度监测系统。
- 王胜军郭云波杨俊杨绍洲邓亲恺
- 关键词：麻醉深度复杂度近似熵
- EB病毒对鼻咽癌影响的建模与仿真
- 2010年
- 关于鼻调味癌治疗问题,研究EB病毒通过EGFR对鼻咽癌肿瘤生长和调控的影响。传统采用生物学方法不能区分肿瘤内部和表面,也不能全程记录分子成分的变化。为了克服上述缺点,为肿瘤生物学研究提供可验证的假说,提出用ABM模型研究EB病毒通过EGFR对鼻咽癌肿瘤生长和调控网络的影响。在对肿瘤的生长速度和细胞内外三种分子浓度的动态变化,即细胞质中的EGFR、细胞膜中的EGFR和细胞外的TGFα等各种情况下进行仿真。仿真研究的结果对鼻咽癌的生物学研究和临床治疗有启发意义,进一步的研究需要加入更复杂的信号网络,尤其是免疫系统,以获得更加有价值的结果。
- 王胜军郭云波杨俊邓亲恺
- 关键词：病毒鼻咽癌表皮生长因子受体
- 微阵列数据处理平台设计与实现被引量：1
- 2011年
- 目的研制一个基于高性能计算机和Linux下运行的采用B/S模式的微阵列数据处理平台。方法构建以Apache服务器为平台的WEB服务器,采用Perl语言编程,整合R语言与Bioconductor中的微阵列数据分析软件包,满足寡核苷酸微阵列和双色点样微阵列实验数据的处理和分析,用户可在网页上提交数据和设置参数,结果通过网页以图形化的方式返回。结果该平台可处理寡核苷酸微阵列和双色点样微阵列的数据,实现了数据质量评估、预处理、注释、统计分析等功能,操作简单,分析速度快。运用本平台处理了结核杆菌不同临床分型的人类巨噬细胞寡核苷酸微阵列数据,即潜伏期、结核病、结核性脑膜炎,为识别结核杆菌的敏感基因提供了线索。利用本平台还分析不同条件下用异烟肼处理结核分支杆菌的效果,例如低氧条件和敲除katG基因的条件所获得的相关cDNA微阵列数据,发现用异烟肼处理的对数生长期调节的基因将不会在休眠期模型中被差异调节;并且在休眠期,被差异调节的基因总数将减少。结论该平台功能资源整合较全面,克服了当前微阵列数据分析软件或工具包在操作使用方面的不足,应用界面友好,结果显示直观,为生物学家开展微阵列数据分析提供了方便。针对结核分支杆菌的案例研究验证了平台的有效性。
- 孙显赫郭云波刘娜马骊邓亲恺
- 关键词：微阵列R语言BIOCONDUCTOR结核分支杆菌异烟肼
- 重度哮喘TH2细胞免疫治疗的定量研究被引量：1
- 2011年
- 目的 探讨TH2细胞在重度哮喘中的作用和重度哮喘的可能免疫路径,为临床治疗重度哮喘提供理论依据.方法 基于代理因子建模（ABM）的方法,在改变TH2细胞初始量条件下,仿真了3种效应（免疫胜利、免疫失败、免疫高反应）的图表,结合临床数据讨论TH2细胞与树突细胞（DC）相互之间的定量关系,对照基本免疫仿真器（BIS）中模型,定量探讨TH2细胞在重度哮喘中的作用.结果 免疫高反应与TH2细胞初始数量无关.TH2细胞为70时,免疫胜利最大；TH2细胞为10到30间或大于80时,免疫失败占主导地位；当TH2细胞为20时免疫失败最大.当缺少DC细胞时,有100％免疫损失.DC初始值为80时免疫胜利比例为最大；超过80时,免疫胜利的比例都小于峰值.结论 免疫高反应与TH2细胞初始数量无关,DC-TH2细胞-IL4-嗜中性炎性反应的免疫轴可能是导致重度哮喘的免疫路径.
- 宋丽艳闫微郭云波邓亲恺李金明
- 关键词：仿真重度哮喘比照靶标
- 红背叶根对肾间质纤维化大鼠血流变及微循环的影响被引量：3
- 2010年
- 目的观察红背叶根对单侧输尿管梗阻(UUO)致大鼠肾间质纤维化的血液流变学及微循环变化的影响,从络病学说探讨其抗肾间质纤维化的中医病机。方法采用单侧输尿管结扎法复制单侧输尿管梗阻致大鼠肾间质纤维化模型,将其随机均分为模型组和红背叶根组,并设假手术组;观察红背叶根对该模型动物全血黏度150/s切变率、30/s切变率、5/s切变率、1/s切变率、红细胞压积、舌下及耳廓脉络变化的影响。结果红背叶根能显著降低肾间质纤维化大鼠的全血黏度150/s切变率、30/s切变率、5/s切变率、1/s切变率、红细胞压积(HCT)、透明质酸(HA)、层黏连蛋白(LN)、Ⅲ型前胶原(PCⅢ)、Ⅳ型胶原(CIV)、血清肌酐(SCr)、尿素氮(BUN)指数,改善纤维化大鼠舌下、耳廓脉络的循环状态。结论红背叶根对肾间质纤维化大鼠血流变和微循环变化的改善,提示活血通络可能是其抗肾间质纤维化的主要病机之一。
- 吕小燕吕志平孙学刚刘强张绪富孙显赫郭云波刁建新
- 关键词：肾间质纤维化血液流变学全血黏度红细胞压积
- 比较基因组学平台的设计与实现被引量：2
- 2010年
- 目的开发一个基于Web的本地服务器支持的功能全面的基因组比较和可视化平台,以加快对基因组的分析。方法构建以Apache HTTP服务器为平台的WEB服务器,采用Perl语言编程,优选整合了MUMmer、LAGAN、Mauve等多个基因组学研究的软件和算法,针对生物学家不同的应用目的,可直接在网页上提交基因组序列数据和参数选项,经平台处理的结果通过网页以图形化的方式返回用户。结果该平台可以处理多种序列数据输入格式,实现了完整的基因组序列和草图基因组序列比对,近远源物种的双基因组或多基因组比对,基因组间的同线性区域寻找,以及定位大范围的基因组重组(基因插入/缺失、重复、重排和水平转移)和小的核苷酸突变等功能;并将结果以图形化的方式显示。应用本平台,对10种新型甲型流感病毒株作基因组同源性分析,表明PB1基因可能来自于人H3N2,PB2、PA基因可能来自于禽类H3N2,而HA、NS基因可能来自于猪H1N1。在本平台上还对结核分枝杆菌(H37Rv、CDC1551)和牛分支杆菌(AF2122/97)基因组的研究分析,发现插入/缺失和重复序列是导致三个菌株基因组差异的主要来源。结论该平台功能资源整合较全面,应用界面友好,结果显示直观,故可作为比较基因组学常规研究的有效平台。
- 刘娜郭云波孙显赫马骊邓亲恺
- 关键词：比较基因组学生物信息学甲型流感病毒结核分枝杆菌
- 分子遗传学数据分析和处理平台的设计与实现
- 2008年
- 目的开发一个在高性能计算机的Linux环境下运行,基于B/S模式的分子遗传学数据分析与处理平台。方法以Apache HTTP服务器为平台的WEB服务器,采用Perl语言整合许多遗传学数据分析软件和工具包,针对不同的SNPs变异数据,以提示方式简化数据输入格式和参数设置,经平台处理的结果以表格、文本或图像格式输出。结果该平台实现了连锁不平衡的计算和绘制、挑选标签SNP和疾病对照设计或传递不平衡设计的关联分析,以及对一些群体遗传数据的估计等功能,操作简单,数据分析速度快。结论该平台作为一个整合的遗传学研究辅助工具,克服了当前遗传分析软件或工具包在操作使用方面的不足,为遗传学研究者提供方便。目前该平台正处于测试阶级,运行状态良好。
- 闫微郭云波王胜军刘娜邓亲恺
- 关键词：SNPS生物信息学
- 重度哮喘的TH2细胞免疫机制的定量研究
- 2012年
- 目的为了探讨TH2在重度哮喘中的功能,指出重度哮喘可能的传播路径,以便为临床治疗重度哮喘提供理论基础。方法基于代理因子建模(ABM)的方法,研究在改变TH2初始量和增加某些免疫细胞的情况下,仿真了三种效应(免疫胜利,免疫失败,免疫高反应)的图表,结合临床数据讨论了TH2与DCs相互之间的定量关系,比照BIS中DCs模型,探讨TH2在重度哮喘中的功能。结果通过仿真模型与报道过的基本科学文献模型相比较,证实了初始先天响应的程度对获得性免疫响应是一个关键的决定。结论用BIS来定量地检查对病毒感染免疫响应的先天性和获得性免疫细胞对TH2相互作用,通过初始因子数目参数扫描来完成校准,得出免疫高反应与TH2初始数量基本没有关系的结论,指出DCs-TH2-炎症的免疫轴可能是导致重度哮喘的传播路径,建议以DCs和TH2作为治疗重度哮喘的靶子,可能为临床治疗提供了理论基础。
- 宋丽艳郭云波邓亲恺李金明
- 关键词：重度哮喘仿真比照靶标
- 基于ABM,定量研究TH17在重度哮喘中的功能
- 2012年
- 为了探讨TH17在重度哮喘中的功能,定量研究随着TH17的初始量变化引起的免疫系统中重度哮喘的机制,找到重度哮喘可能的传播路径。本文以BIS为平台,参照BIS中DC初始量变化及相应的运行数量,仿真了TH17初始量变化的模型(ABM),并与BIS已仿真出来的DCs模型相比较,仿真模型符合临床数据,验证了模型的正确性,得出免疫高反应与TH17初始量无关的结论,指出了重度哮喘可能的传播路径,建议以TH17作为治疗重度哮喘的靶标,为临床治疗奠定了理论基础。
- 宋丽艳郭云波邓亲恺李金明
- 关键词：重度哮喘免疫系统仿真靶标
- 基于Bioconductor的微阵列数据处理平台被引量：1
- 2010年
- 随着基因微阵列的广泛应用,其数据处理越来越引起广泛重视。为了使数据处理高效率,规范化且易于实现,我们建立了一种基于Bioconductor的基因微阵列数据处理平台。该基因微阵列数据处理平台建立在Power Cluster 8000IN高性能计算系统上,用户可以通过网页访问实现数据处理,高效地实现Affymetrix微阵列的数据上传、预处理、差异表达分析、多重检验和注释。本文还分析了该平台的功能扩展方法。
- 王胜军郭云波杨俊杨绍洲邓亲恺
- 关键词：微阵列
