张臻峰
- 作品数：12 被引量：10H指数：2
- 供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学文化科学医药卫生农业科学更多>>
- 大肠杆菌topA^-细胞中tetA-cfaABCE的高效转录促进DNA凝集
- 2015年
- 为深入了解大肠杆菌top A-突变体中转录对DNA结构的影响,以编码一个tet A-cfa ABCE共转录单元的质粒p JGX15A为研究对象,利用氯喹-琼脂糖凝胶电泳比较了大肠杆菌HB101(top A+,gyr B+)与DM800(top A-,gyr B225)细胞中p JGX15A质粒的拓扑结构状态,发现DM800细胞中p JGX15A存在一种特殊的凝集结构。这种结构在氯喹-琼脂糖凝胶电泳中具有较高的迁移率,而且呈现"弥散"状态而不是清晰的拓扑条带。进一步的研究表明培养基中的四环素质量浓度以及细胞生长时相均会影响p JGX15A在DM800细胞中的结构,而凝集结构只出现在四环素质量浓度低于6μg/m L时的对数期DM800细胞中。原子力显微镜照片显示这种结构并非典型的互缠式超螺旋结构,而是含有不同程度的分子内凝集,部分DNA分子高度凝集为一团。
- 赵舒怡张臻峰黄熙泰
- 关键词：原子力显微镜大肠杆菌
- DNA双链区的切割导致碱变性超螺旋质粒pBR322的分子内结节（英文）被引量：1
- 2016年
- 为进一步研究碱变性超螺旋D NA(Ⅳ型D NA;DNAⅣ)的结构,对碱变性质粒p BR322进行了酶学分析并利用原子力显微镜(AFM)对新形成的D NA结构进行了观察和比较.在所有已检测的限制酶中只有PstⅠ可以切割质粒p BR322的Ⅳ型DNA分子,说明在这种变性的DNA分子中仍存在少数完整的限制酶识别位点.与碱变性DNA分子的闭合环状结构相反,AFM成像的结果显示PstⅠ处理后的DNAⅣ分子均为开放结构,同时这种分子包含明显的DNA结节.与DNAⅣ分子相比,这种D NA分子的表观长度缩短了大约11%.有意思的是,大肠杆菌拓扑异构酶Ⅳ(一种Ⅱ型拓扑异构酶)也可以在p BR322 DNAⅣ分子中引入分子内结节,而这种结节D NA分子仍然保持闭合状态.AFM的结果表明上述两种结节的DNA分子在表观长度及结节结构的尺寸上均比较相似.这些发现证实,在碱变性的超螺旋DNA分子中仍然保留着一些长度较短的、含有特异性碱基配对的D NA双链区,而在这些区域内的D NA双链断裂可以导致D NA结节.
- 田磊苏小运张臻峰黄熙泰
- 关键词：DNA拓扑异构酶
- 临床病原菌检验基因芯片开发研究
- 黄熙泰田建国朱天慧于自然周文远赵洪扬琴李登文黄志刚侯亭张臻峰刘寅蔡小宁杨小川
- 该项目研发了基因芯片点样设备和点样技术；建立了临床使用的寡核苷酸探针阵列判读坐标及判读方法；建立了临床常见菌血症病原细菌和白色念珠菌在基因芯片上杂交显示的模式图谱；建立了计算机判读分析系统。本方法快速精确，克服了传统血培...
- 关键词：
- 关键词：基因芯片病原菌检验基因探针菌血症
- 泉古菌染色质蛋白Cren7组织包装DNA的分子机制
- Cren7是最近发现的、在泉古菌中保守的染色质蛋白.为研究其组织包装DNA的分子机制,我们分别解析了Cren7与18bp和20bp DNA复合物的晶体结构.在两种复合物中,每个DNA片段均结合了2个Cren7分子,覆盖～...
- 张臻峰黄力
- 在拓扑异构酶Ⅰ缺失的大肠杆菌中拓扑异构酶Ⅲ参与高负超螺旋的消除(英文)
- 2009年
- 在拓扑异构酶Ⅰ缺失的大肠杆菌突变株中,抑制转录和翻译可以消除高度负超螺旋.为了检测起作用的拓扑异构酶,在拓扑异构酶Ⅰ缺陷的菌株中,以萘啶酮酸抑制旋转酶和拓扑异构酶Ⅳ的活性,结果表明并未影响高度负超螺旋的消除.进一步作了拓扑异构酶Ⅰ,旋转酶,拓扑异构酶Ⅲ和拓扑异构酶Ⅳ的体外松弛实验,结果表明,拓扑异构酶Ⅲ可以松弛高度负超螺旋到正常的超螺旋水平.可以认为拓扑异构酶Ⅲ负责松弛高度负超螺旋并受到某种信号机制的调控.
- 曹扣张臻峰于佳黄熙泰
- 关键词：转录翻译
- 质粒DNA特殊拓扑结构实体的研究
- DNA是细胞内最主要的遗传物质，其三维结构对细胞内DNA复制和RNA转录等生理活动有非常大的影响。因此，研究DNA的拓扑结构形式及其包装方式具有非常重要的意义。本论文对环形质粒DNA的特殊拓扑结构和特性以及其生物学意义作...
- 张臻峰
- 关键词：质粒DNA拓扑结构碱变性
- 文献传递
- 产毒性大肠杆菌CFA/Ⅰ基因表达与DNA超螺旋状态的关系被引量：2
- 2004年
- 将CFA／I结构基因(cfaABCE)克隆到载体pJRD184上构建了质粒pJGX15A,并将其转入大肠杆菌topA野生株E.coli HB101和topA缺陷株E.coli DM800中.Western blot测定的结果表明,在CFA／I的正调控基因cfaD基因缺失时,两株重组菌株都能够表达CFA／I抗原.分别抽提两个重组菌株对数前期和对数中期的质粒pJGX15A DNA,并对其进行氯喹琼脂糖凝胶电泳分析,结果显示E.coli DM800细胞中质粒pJGX15A的负超螺旋水平比野生型细胞E.coliHB101中的较低.同时,菌落免疫酶斑分析的结果显示DM800受体菌中CFA／I的表达水平比HB101受体菌中的表达水平高.实验结果表明,CFA／I结构基因的表达与DNA负超螺旋水平有明显的负相关性,与负超螺旋促进基因表达的看法不同.
- 张臻峰于春风万庆王晓琛黄熙泰叶长芸余秀均吴继民徐建国
- 关键词：产毒性大肠杆菌
- 大肠杆菌topA-菌株中质粒pBR322的超凝集结构被引量：1
- 2007年
- 超凝集DNA是质粒DNA的一种特殊拓扑结构形式,最初在大肠杆菌SD108(topA+gyrB225)细胞中被发现.现在大肠杆菌DM800(topA-gyrB225)细胞中也发现了这种结构,这说明超凝集DNA的形成与细胞内旋转酶活性降低有直接关系,而与拓扑异构酶Ⅰ的存在与否无关.体外实验的结果显示,具有很强的正超螺旋松弛活性的拓扑异构酶Ⅳ可以将超凝集DNA完全松弛,这也证明质粒DNA的超凝集结构与超螺旋结构在细胞内是可以互变的.使用原子力显微镜对分离到的pBR322DNA超凝集结构进行分析,并与普通超螺旋进行比较,结果表明,超凝集DNA分子的结构发生了巨大的变化,其分子长度比正常超螺旋分子缩短了约30%,宽度和高度则增加了60%,结构更接近于A型DNA.另外,原子力显微镜研究结果表明,氯喹的嵌入并非改变了超凝集DNA的超螺旋状态,而是使其打结并最终压缩成一团.
- 张臻峰于佳曹扣黄熙泰
- 关键词：原子力显微镜
- DNA超螺旋对大肠杆菌CFA/I基因表达的调节研究
- 黄熙泰徐建国张臻峰于春风万庆叶长云余秀均吴继民
- 该项目旨在研究DNA超螺旋对CFA/I基因表达的调节作用。利用构建的一系列含有CFA/I基因的质粒pJGX15A、pJGX15B、pJGX15C，课题组进行了大量实验，取得了以下成果：CFA/I基因的表达水平与质粒DNA...
- 关键词：
- 关键词：基因表达
- 质粒pUC18DNA的螺线管型超螺旋结构
- 2003年
- 理论上,游离的超螺旋DNA可以采取两种结构形式:互缠式超螺旋和螺线管型超螺旋。前者早已被透射电子显微镜和原子力显微术的研究所证实,而后者却仍然缺乏足够的证据。使用温和的清亮裂解液法,从DNA拓扑酶野生型大肠杆菌HB101细胞抽提质粒pUC18 DNA。经CsCl-EB平衡密度梯度超离心分离获得超螺旋pUC18 DNA和松弛型pUC18 DNA(DNA Ⅱ)。纯化DNA分别用疏水性溶剂系统和亲水性溶剂系统的细胞色素单分子层展开技术制备电子显微镜标本。观察结果显示:在疏水性的甲酰胺-水展开系统中,DNA采取通常的互缠式结构;在含有1.5mmol/L醋酸铵的水介质中制备的超螺旋DNA标本,DNA采取线圈型结构,测得pUC18 DNA(单体)分子这种结构的外直径约为43.8nm,内直径约为2nm。在相同亲水介质中松弛型pUC18DNA采取典型的螺线管型结构,其单体平均外直径约为53.1nm,内直径约为17.2nm。表明:在疏水介质中超螺旋DNA趋向于采取互缠式结构,而在亲本介质中DNA则采取螺线管型结构。DNA链之间可能存在非共价相互作用以维持这种结构。螺线管型结构可能是水溶液中的超螺旋DNA分子普遍的存在形式。
- 齐静张臻峰于春风杨琴黄志刚侯亭黄熙泰
- 关键词：电子显微镜
