吴宏杰 作品数:46 被引量:89 H指数:6 供职机构: 苏州大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 江苏省“333工程”科研项目 江苏省自然科学基金 更多>> 相关领域: 自动化与计算机技术 生物学 经济管理 建筑科学 更多>>
基于HNP模型的强化学习状态空间表示方法 2021年 蛋白质结构预测是生物信息领域中具有挑战性的问题之一。将强化学习运用在HNP晶格模型的最优结构发现中,性能出色,但结构预测所需的状态空间巨大,容易导致维数灾难问题。在全状态空间基础上,进一步提出半状态空间与简单状态空间方法,以达到约减状态空间的目的,同时对奖赏函数与策略进行定量分析。实验结果表明,该方法有效解决全状态空间无法计算长序列的缺点,其中简单状态空间较全状态空间有3条序列预测出更低能量,半状态空间较全状态空间方法全部6条长序列都预测出更低能量,且半状态空间预测的能量平均值较简单状态空间降低了9.83百分点。 吴宏杰 吴宏杰 杨茹 陆卫忠 傅启明关键词:维数灾难 从头预测蛋白质骨架的一种并行蚁群方法及其在CASP8/9中的应用 被引量:7 2012年 从低同源关系的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构被称为从头预测,它是计算生物学领域中的挑战之一.蛋白质骨架预测是从头预测的必要先导步骤.本文应用一种基于共享信息素的并行蚁群优化算法,在现有能量函数指导下,通过不同能量项之间的定性互补,构建具有最低能量的蛋白质骨架结构,并通过聚类选择构象候选集合中具有最低自由能的构象.在CASP8/9所公布的从头建模目标上应用了该方法,CASP8的13个从头建模目标中,模型1中有2个目标的预测结果超过CASP8中最好的结果,7个位列前10名;CASP9的29个从头建模目标中,候选集中的最佳结果中有20个进入Server组的前10名,模型1中有11个进入前10名.本文的结果说明融合多个不同的能量函数指导并行搜索,可以更好地模拟天然蛋白质的折叠行为.同时,在本算法载体上实现了不同种类搜索策略的融合并行,对于用非确定性算法解决类似的优化问题来说也是一种新颖的方法. 吴宏杰 吕强 吴进珍 黄旭 罗小虎 钱培德关键词:蛋白质折叠 启发式算法 引入显式水分子对接提高蛋白质配体复合物结构的预测精度 2012年 在蛋白质复合物界面一般都会存在着一定量的水分子,这些水分子通过空间占据和氢键方式影响蛋白质与配体的位置关系。应用现有的计算机方法研究蛋白质-配体对接时,一般不会显式地考虑水分子的作用。本文显式地将水分子引入蛋白质-配体对接过程,考虑水分子空间占据和氢键能量对复合物对接结构的影响,提出了一种包含水分子的蛋白质-配体对接算法。实验结果表明引入水分子使蛋白质-配体对接质量有明显提高。 徐维维 吕强 吴宏杰 权丽君关键词:水分子 氢键 一种面向增删操作的粗糙集属性约简更新算法 被引量:2 2015年 属性约简是粗糙集理论的核心内容之一,在信息系统的对象信息不断出现增删等更新操作的环境下,如何进行快速有效的属性约简则是一个亟需解决的迫切问题.提出一种面向增删操作的属性约简更新算法,面向更新前后的决策表,首先分析了对象信息动态增加与删除情况下信息熵的变化机制以及约简属性对新增或删除对象的区分情况,然后提出基于区分情况的新条件熵值的计算方法,最后给出基于散列表的属性约简更新算法.实验结果证明,本文方法可以快速求解出增删更新后的属性约简结果,其性能较传统方法有较大优势. 陆悠 华泽 奚雪峰 张妮 吴宏杰关键词:粗糙集 属性约简 基于移动Agent的停车诱导云平台的研究与应用 被引量:3 2018年 现实的多停车场资源统一诱导系统中,由于停车硬件厂商、归属、开放时间、收费标准都难以统一,导致系统中停车资源异构、智能计算能力弱、第三方接入困难、安全级别较低等问题。针对这些问题,提出一种基于移动Agent的停车诱导云平台,利用Agent在协作性、共享性、安全性方面的内在优势与云平台的开放性优势相结合。通过建立ParkAgent的结构化层、迁移层、协作层和共享层,有效改进了异构资源统一、异地资源协同、第三方系统安全快速接入问题。在云平台架构下,实现了后台云服务与前端云硬件终端的对接。该系统在苏州城市管理中进行实际应用,优化了停车场资源的分配,显著提高资源利用率,为出行提供了方便。 戴大东 吴宏杰 吴宏杰 李铭华 李铭华关键词:移动AGENT 停车诱导 一种并行化的GPCR结构预测方法 2012年 全球20种最畅销的12种药物都是以GPCR(G蛋白偶联受体)为作用靶标,因为生化实验方法很难得到其三维结构,已知结构的GPCR数目只有7个.当前主流的GPCR结构预测方法主要是基于模板的预测和从头预测,但是由于GPCR序列相似性较低,而且长度普遍较长,故单靠一种方法很难预测出比较好的GPCR三维结构.本文结合GPCR的特点,将上述两种方法进行结合,提出了一种并行化的结构预测方法.使用该方法对GPCR Dock 2010中的两个目标(CXCR4和D3)进行预测,实验结果表明,本文预测的跨膜螺旋区域和ECL2区域比官网发布的大多数研究小组的结果更接近天然结构. 缪大俊 吕强 吴宏杰 陈沙沙关键词:GPCR 一种基于微观话题结构的指代消解方法及系统 本发明涉及一种基于微观话题结构的指代消解方法及系统,首先获取文本并对文本进行篇章基本话题单元切割构成篇章微观话题结构;然后从篇章微观话题结构中识别主述位;再以主述位为连接端口识别篇章基本话题单元之间的衔接关系;最后根据识... 奚雪峰 周国栋 孔芳 吴宏杰基于Addin技术实现对VisualC++程序的批量编译运行 2007年 Addin技术是用于扩展微软集成开发环境功能和事件处理能力的一种手段.提出了使用该技术衔接集成开发环境的多项任务,实现了对Visual C++程序的批量编译运行,并将其应用于学生电子作业的批阅. 严迪新 吴宏杰关键词:作业批阅 一种基于结构拓扑的G蛋白偶联受体跨膜螺旋三维结构的预测方法 本发明提供一种基于结构拓扑的G蛋白偶联受体跨膜螺旋三维结构的预测方法,包括:(1)构建跨膜螺旋的结构拓扑模型:先构建G蛋白偶联受体的7个跨膜螺旋的几何结构拓扑模型;(2)预测所述跨膜螺旋的结构拓扑模型,分为四个阶段:(2... 吕强 吴宏杰 权丽君 李海鸥文献传递 应用型本科院校软件外包中高级人才培养模式探索 2012年 通过分析软件外包人才的最新现状,发现国内软件外包从业人员基本满足产业发展的需要,但中高技术人才严重匮乏,结构不合理。由此,我们结合应用型本科院校的特点,建立了中高级外包人才培养的体系,提出了四个阶段培养方法以及各阶段的主要内容。 吴宏杰 陆卫忠 胡伏原 付保川关键词:外包人才