卢阳
- 作品数：5 被引量：5H指数：1
- 供职机构：中山大学生命科学学院生物化学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 初步建立真核基因调控元件模块的搜索方法被引量：1
- 2004年
- 依据基因调控知识对现有方法进行了综合及改进:(1)在序列搜索方面,结合多序列低分值查询与多个保守片段搜索两种方法获得匹配序列,然后序列相互打分,最后进行聚类分析;(2)在位点搜索方面,综合应用位置权重矩阵、成对寡核苷酸及Smith-Waterman等方法;(3)在分析系统方面,采用面向对象的程序设计方法建立跨平台、可扩展、基于数据库的分析系统。本方法对MHC基因家族的初步分析结果表明,能较准确地找到一些基因调控元件模块所在的区域。
- 钟东张振书刘宇虎郑国清刘小意卢阳赵贵军徐安龙
- 关键词：真核基因基因调控搜索方法数据库
- 以大肠杆菌为参照基因组的比较基因组学系统的建立
- 2001年
- 赵贵军何智良卢阳叶兰汀王珣章徐安龙
- 关键词：大肠杆菌查询界面蛋白质序列
- SNP自动分析系统的建立
- 单核苷酸多态性数据库储存分析结果.整个系统分成三个部分,分别负责数据的传输,初步分析和通过WEB形式对结果的访问.测序数据首先将被传输到服务器,在服务器中通过我们自己设计的SNP搜寻程序对数据进行格式转换,去除载体污染,...
- 卢阳
- 关键词：单核苷酸多态性多态性分析DNA测序基因测序
- 文献传递
- 微生物基因组的生物信息学研究平台的建立被引量：3
- 2002年
- 随着人类基因组计划及其它测序工作顺利进行,人们已经得到了大量的基因序列。如何阐明这些序列的功能和意义,是功能基因组学的主要任务。生物信息学和比较基因组学为加速这一进程提供了有利的工具。该研究建立了对已经完成全基因组测序和部分测序的25种细菌的基因组的生物信息学研究平台,提供了WEB形式的服务(http://202.116.74.108)。25种细菌的全基因组蛋白质序列可以在NCBI的ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geabank/genomes/bacteria下载。该系统可以按照基因序列号、功能和种属名查询基因序列,根据美国国家信息中心(NCBI)的功能代码表对每个基因进行了自动和手工分类,并可查询分类情况,在此基础上建立了几种亲缘关系相近的种属的同源基因相互注释功能的应用。
- 赵贵军何智良卢阳叶兰汀徐安龙
- 关键词：微生物基因组生物信息学细菌基因组功能注释
- 基于unix的cDNA序列自动分析系统的构建和应用被引量：1
- 2002年
- 基于unix/linux操作系统和mysql数据库 ,利用phred/phrap ,stackpack ,blast软件 ,对cDNA和EST序列进行大规模自动分析。它可以完成从测序峰图文件向核酸序列的转化 ,去除载体污染和重复序列 ,序列聚类 ,拼接 ,分析可变剪切 ,数据库搜索进行相似性分析。该系统可以加速大规模EST测序的分析速度。
- 符志彦卢阳叶兰汀何智良徐安龙
- 关键词：大规模测序系统开发MYSQL数据库
