于家峰
- 作品数：60 被引量：35H指数：3
- 供职机构：德州学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山东省自然科学基金国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学理学电子电信农业科学更多>>
- Sequential and Conformational Characters of Intrinsically Disordered Proteins (IDPs) and Their Complexes Studied by Computing Method
- Background: Intrinsically disordered proteins (IDPs) are a class of proteins which lack a unique tertiary stru...
- 王吉华曹赞霞于家峰扈国栋李海彦赵立岭
- 关键词：MOLECULARDYNAMICSBIOINFORMATICS
- 恒定电场对氢键系统中质子传递影响的计算机模拟
- 2007年
- 氢键系统大量存在于生命系统中,研究氢键结构及其特性对于揭示生命的奥秘具有重要的意义.用四阶Runge-Kutta方法数值分析了在恒定外场影响下氢键系统中的质子传递.结果表明恒定外场能够改变质子的传递速度,但质子仍能够稳定传递.
- 于家峰
- 关键词：氢键系统电场质子孤子
- 高压诱导小蛋白Chignoli变性的分子动力学研究
- 2009年
- 在温度为300K,压强为200、1000和2000MPa时,分别对小蛋白Chignolin进行了50ns的分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩性系数随压强的改变情况.结果表明,在高压下Chignolin的构象产生非常显著的变化,出现了完全去折叠.通过研究水和Chignolin之间氢键作用发现,两者之间的氢键数目变化趋势与蛋白质构象变化相一致.进一步研究还发现,压强的增大还会抑制Chignolin的去折叠;同时对高压诱导小蛋白变性的机理进行了分析.
- 于家峰王吉华
- 关键词：分子动力学模拟去折叠
- 原核生物基因组肽编码sORFs分布及功能特征被引量：2
- 2018年
- 近期,从非编码RNA中发现具有肽编码能力的小开放阅读框(sORFs),激发了人们对这种长期被忽略的基因组元件的研究兴趣,sORFs迅速成为当前重点研究领域.由于表达水平及丰度低、序列短等因素,对肽编码sORFs的有效研究方法及数据资源还很缺乏,现有研究仅集中在少数真核模式生物,对自然界中广泛存在的原核生物研究非常少,肽编码sORFs的发现为目前精准背景下的基因组注释提出严峻挑战.在此背景下,本文首先系统研究了80余种不同类型原核生物中长度小于100个氨基酸的肽编码sORFs分布及功能特征,并对不同长度区间sORFs的序列组成、分布及进化特征进行了对比分析.结果表明,肽编码sORFs在原核生物基因组普遍存在,随着序列长度的降低,其序列复杂度降低,行使的生物功能也相对集中.在此基础上,进一步结合当前肽编码sORFs研究现状,深入总结了肽编码sORFs研究存在的问题及挑战,为今后肽编码sORFs研究奠定了坚实理论基础.
- 陈宜亭张凤赵佳赵佳于家峰王吉华
- 关键词：蛋白质编码基因
- 黄伞复合保健饮料制备方法
- 黄伞复合保健饮料制备方法，涉及食药用真菌饮料的生物加工技术领域，以大米或糯米为原料，利用米根霉将原料中淀粉糖化，所得醪液加水调配后，再经黄伞菌液体深层发酵制备而成。本发明工艺充分保留了黄伞发酵液中有效的生物活性物质，并且...
- 沈亮曾强成王吉华于家峰
- 文献传递
- 基于序列及结构特征的固有无序蛋白—核酸相互作用位点预测分析
- 2014年
- 固有无序蛋白是一类具有柔性结构的蛋白质,许多情况下通过与其它物质相互作用形成稳定结构来发挥重要生物功能.本文分别利用基于序列特征和结构特征的蛋白质结合位点预测程序对固有无序蛋白有序区和无序区与核酸分子的结合位点进行了预测分析.结果发现,基于结构特征的结合位点预测方法整体上要优于基于序列特征的预测方法,表明无序区尽管缺少稳定空间结构,结构特征依然在固有无序蛋白结合位点中发挥了重要作用.因此,可以为今后固有无序蛋白序列特征及结构特征的提取提供可靠依据.
- 王洪波郭珍珍于家峰王吉华
- 关键词：结构特征
- 基于多种描述参数的嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组密码子偏好性分析
- 2014年
- 进化是生物最本质的特征,一直以来,密码子偏好分析是基因组进化研究领域的热点命题之一.文中以极端嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组为研究对象,基于不同密码子偏好描述参数对该基因组大、小染色体及质粒的蛋白质编码基因中密码子使用特点进行了系统研究.结果表明Haloarcula hispanica基因组各组分蛋白质编码基因倾向使用以G/C结尾的密码子,在偏好的26个密码子中只有两个密码子的使用在大、小染色体和质粒之间存在差异.进一步基于多种描述参数的对应分析发现大、小染色体中各参数的相关系数存在相似性,而与质粒则出现了较大的差异,这可能与三者之间的进化关系有关,因而该工作为今后原核生物大小染色体与质粒之间进化关系的研究提供了可靠依据.
- 毕胜男于家峰
- 关键词：嗜盐古菌基因组
- Sequences analysis of multi-copied protein coding genes in Prokaryotic genomes
- Background: Gene duplication is a general phenomenon in organism, which is related to the genome evolution as ...
- 陈清利毕胜男于家峰
- 关键词：PROKARYOTICGENOMECODINGGENES
- Genome analysis based on a novel statistical model
- With the development of worldwide genome sequencing project,more and more completely sequenced genomes become ...
- 于家峰孙啸
- 文献传递
- 高压诱导小蛋白Trpcage变性的研究
- 2008年
- 在温度为300 K,压强为2000 bar、10000 bar时,对小蛋白Trpcage的去折叠过程进行了分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩系数随压强改变情况.结果发现,高压会导致Trpcage变性.然后对其变性原因进行了分析.
- 于家峰窦相华
- 关键词：分子动力学模拟
