黄婷婷
- 作品数：13 被引量：16H指数：3
- 供职机构：上海交通大学生命科学技术学院微生物代谢国家重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生化学工程理学更多>>
- 基于微生物基因组挖掘含β-甲基色氨酸的新型天然产物
- 黄婷婷刘子月邓子新林双君
- 微生物来源天然产物中的β-甲基色氨酸单元及其生物合成研究进展被引量：1
- 2018年
- 微生物在次级代谢过程中通常会产生结构复杂、活性多样的天然产物。这些天然产物是新药发展的基础,亦可作为先导化合物或重要的药效基团用于药物研发。结构多样的氨基酸单元是参与合成复杂多样天然产物的重要前体。天然产物中的β-甲基氨基酸单元不仅可以赋予其生物活性,还能增强其生物稳定性而不被肽酶水解。本文综述了含有β-甲基氨基酸单元的天然产物,尤其对含有β-甲基色氨酸单元的天然产物生物合成途径进行了阐释。对β-甲基色氨酸单元生物合成途径的理解结合基因组数据有助于进行新结构天然产物的挖掘,并为运用代谢科学理念和合成生物学技术开发含有该单元的新化合物提供理论基础和可操作遗传元件。
- 黄婷婷邓子新林双君
- 关键词：微生物生物合成
- 链霉菌Streptomyces antibioticus NRRL 8167中Naphthgeranine A生物合成基因簇的分析鉴定被引量：2
- 2019年
- 【背景】微生物来源的天然产物是小分子药物或药物先导物的重要来源。对链霉菌Streptomyces antibioticus NRRL 8167的基因组分析显示,其包含多个次级代谢产物的生物合成基因簇,具有产生多种新化合物的潜力。【目的】对链霉菌S. antibioticus NRRL 8167中次级代谢产物进行研究,以期发现结构新颖或生物活性独特的化合物,并对相应产物的生物合成基因簇和生物合成途径进行解析。【方法】利用HPLC图谱结合特征性紫外吸收和LC-MS方法,排除S. antibioticus NRRL 8167产生的已知化合物,确定具有特殊紫外吸收的化合物作为挖掘对象,然后利用正、反相硅胶柱色谱、高效液相色谱等技术对次级代谢产物进行分离纯化,分离化合物。利用质谱及核磁共振光谱技术对化合物结构进行解析和鉴定;提取链霉菌S. antibioticus NRRL 8167基因组DNA,利用PacBio测序平台进行基因组测序;利用生物信息学对基因组进行注释,并对合成该化合物的基因簇进行定位分析,推导其生物合成途径。【结果】确定这个化合物是NaphthgeranineA,属于聚酮类化合物。全基因组序列分析发现S.antibioticusNRRL8167基因组含有28个次级代谢产物生物合成基因簇,其中基因簇20可能负责Naphthgeranine A的生物合成,并对其生物合成途径进行了推导。【结论】基于紫外吸收光谱和质谱特征,从S. antibioticus NRRL 8167菌株的发酵提取物中分离鉴定了一个聚酮类化合物Naphthgeranine A。该菌株的全基因组测序为其生物合成基因簇的鉴定提供了前提,对Naphthgeranine A生物合成基因簇和生物合成途径的推测为进一步研究这个化合物的生物合成机制奠定了基础。
- 刘洋王晓政黄婷婷周子画林双君
- 关键词：STREPTOMYCES生物合成基因簇生物合成途径
- 环脂肽抗生素吡啶霉素的组合生物合成研究
- 吡啶霉素是由吡啶霉素链霉菌NRRL B-2517产生的具有抗结核分枝杆菌活性的环脂肽类抗生素.从该产生菌中克隆到吡啶霉素生物合成基因簇,确认了NRPS/PKS杂合体系PyrE/PyrF/PyrG以及PyrA/PyrU构成...
- 黄婷婷李丽丽魏茂龙邓子新林双君
- 放线菌中铁载体生物合成机制研究进展被引量：8
- 2011年
- 铁载体是由微生物产生,对铁元素具有高亲和性的小分子化合物。这类天然产物所展现的结构多样性引起人们对其生物合成机制的极大兴趣。目前已有研究报道的铁载体生物合成途径主要有2种,一是直接由非核糖体肽合成酶(Nonribosomal peptide synthetases,NRPSs)家族的多酶复合体负责合成,另一种是以不依赖于NRPS(NRPS-independent,NIS)的方式,由一类特殊合成酶家族参与合成。在过去的十多年中,铁载体生物合成成为天然产物生物合成研究领域的热点之一,其中几种依赖于NRPS途径合成的铁载体生物合成机制已得到充分阐明,而对NIS方式合成的铁载体研究也获得了诸多进展。作为放线菌的一类重要次级代谢产物,通过遗传学、化学等手段对放线菌所产生铁载体生物合成途径的遗传学和生物化学研究,能够为发展新的抗菌药物提供契机,同时也能加深我们对这一类生物活性物质形成机制的认识。综述近期该研究方向的进展。
- 黄婷婷林双君邓子新
- 关键词：铁载体生物合成放线菌
- 抗凝血因子FR900452作为关键生物合成中间体形成新型哌嗪二酮生物碱Maremycins的研究
- Maremycins与FR900452是具有相同结构母核的新型吲哚哌嗪二酮类生物碱,前者具有抗肿瘤活性,后者具有抗凝血活性,两者最初分别发现于Streptomyces sp.B9173和Streptomyces phae...
- 段颖异黄婷婷林双君
- 基因组信息指导的星海链霉菌中2-甲硫基-N^6-(4-羟基异戊烯基)-腺苷的分离鉴定
- 2016年
- 【目的】研究海洋链霉菌新种星海链霉菌Streptomyces xinghaiensis NRRL B24674~T次级代谢物中是否存在2-甲硫基-N^6-异戊烯基修饰的腺苷。【方法】通过生物信息学分析星海链霉菌S.xinghaiensis NRRL B24674~T基因组序列,寻找这类化合物的生物合成相关基因;采用正相硅胶柱色谱、反相硅胶柱色谱、凝胶柱色谱和高效液相色谱等分离技术对该菌株的发酵粗提物进行分离纯化;利用质谱与核磁共振等波谱技术鉴定化合物的结构。【结果】在星海链霉菌基因组中找到含有2-甲硫基-N^6-异戊烯基修饰的化合物生物合成途径中的2个同源蛋白;从该菌的发酵液中分离鉴定了2-甲硫基-N^6-(4-羟基异戊烯基)-腺苷(ms2io6A)。【结论】星海链霉菌S.xinghaiensis NRRL B24674~T存在此类腺苷修饰反应,并且是首次在链霉菌中发现此类腺苷修饰。生物信息学分析预示着链霉菌中可能普遍存在此类核酸或者核苷修饰。
- 王晓庆王晓政陈亮宇赵心清黄婷婷林双君
- 萘醌-氧吲哚生物碱coprisidins生物合成途径的研究
- 2021年
- 【目的】新颖结构的天然萘醌-氧吲哚类生物碱coprisidins(A和B)分离自昆虫肠道相关链霉菌,具有预防癌症的活性。作为首例具有萘醌-氧吲哚骨架的生物碱,对其独特生物合成机理的研究可为II型聚酮类化合物生物合成途径提供新的认知。【方法】本研究对coprisidins的产生菌Streptomyces sp.SNU607进行全基因组测序,并根据测序结果的生物信息学分析初步定位coprisidins的生物合成基因簇;通过基因敲除以及异源表达手段确定coprisidins的生物合成基因簇;基于体内遗传学实验与生物信息学分析初步推导coprisidins的生物合成途径。【结果】Streptomyces sp.SNU607中有23个基因簇可能参与次级代谢,其中4个基因簇与聚酮合酶(PKS)相关;通过基因敲除与异源表达实验,本研究证实1个II型PKS负责coprisidins的生物合成;基于生物信息学分析,我们推测copH/I/M/O/N构成了1个基因盒,并负责起始单元丁酰CoA的合成;KS_(β)(CopB)的序列比对表明coprisidins的II型PKS系统更倾向于合成C20的初始聚酮链。【结论】Coprisidins的萘醌-吲哚结构是由II型PKSs催化形成,我们推测丁酰CoA是coprisidins聚酮骨架的起始单元,在最小PKS、聚酮酶、环化酶的催化下先形成类似蒽环的四环系统,随后在后修饰酶与氧化重排的作用下生成萘醌-氧吲哚骨架。本研究为进一步探究萘醌-氧吲哚类生物碱的生物合成机制奠定了基础,同时增加了II型PKSs合成产物的结构多样性。
- 林飞燕段颖异江晶洁黄婷婷林双君邓子新
- 关键词：生物合成基因簇
- 一个从吡啶霉素产生菌NRRLB-2517中分离鉴定的新异黄酮苷
- 2013年
- 目的研究吡啶霉素(pyridomycin)在吡啶霉素链霉菌(Streptomyces pyridomyceticus NRRL B-2517)中生物合成的可能中间体。方法大批量发酵吡啶霉素链霉菌,发酵液经乙酸乙酯萃取、反相硅胶柱层析、凝胶柱层析和半制备高效液相色谱分离获得单体,通过质谱和核磁共振进行波谱分析。结果分离得到目的化合物WT-1。结论经波谱分析,WT-1为一个新结构化合物7-O-α-L-鼠李糖染料木黄酮苷,从WT-1的化学结构及其可能的生物合成机制推测,WT-1与吡啶霉素的生物合成并无直接关联。
- 魏茂龙黄婷婷林双君
- 关键词：生物合成
- 微生物生物碱生物合成
- 生物碱是一类重要的天然产物,具有变化多样的化学结构和多种多样的生物活性,如抗肿瘤、抗炎、抗菌、抗寄生虫、镇痛、抗心血管疾病等。生物碱主要产生于植物,但是在微生物中也有大量产生,特别是真菌,而细菌产生较少的生物碱类天然产物...
- 徐飞邹毅孔德坤王晓政黄婷婷林双君
- 关键词：生物碱生物合成甲基转移酶异构酶氧化酶
- 文献传递
