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窦锦壮: 作品数：10 被引量：1H指数：1; 供职机构：中国海洋大学更多>>; 发文基金：中央高校基本科研业务费专项资金国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学农业科学文化科学更多>>

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一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法: 本发明公开了一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法，将基因组以克隆文库的形式等分，建立随机的人工减数分裂样本，并通过HpaII甲基转移酶和FspEI甲基修饰依赖型内切酶进行处理，形成高密度的分型标记，进而分析获得分型标...; 王师包振民窦锦壮窦怀乾张玲玲吕佳; 文献传递

一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法: 本发明提供了一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法，包括如下步骤：提取生物基因组DNA，并对其进行生物素标记；设计位点特异性杂交引物LSP1和LSP2，并将LSP2进行5’磷酸化；将LSP1混合物和LSP2...; 包振民王师焦文倩窦锦壮于茜荀小罡张玲玲胡晓丽陆维; 文献传递

测序错误和重复序列对无参照基因组单核苷酸多态性分型的影响: 2013年; 单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism—SNP)被认为是揭示遗传变异理想的分子标记,近几年来一系列针对高通量测序平台的技术如RAD,GBS,RRLs,2b-RAD等成为非模式生物尤其是水生动物的de novo SNP标记规模开发和大样本群体遗传研究的有利途径。本文从理论上讨论了测序错误和重复序列因素对de novo SNP分型的影响,并利用模式生物拟南芥RAD模拟数据对理论分析进行了验证。通过理论推导和模拟验证发现测序数据量在15～20X左右时单拷贝区域内SNP被检测的概率大于95%,等位基因的支持度不小于2时能够有效屏蔽掉测序错误对SNP分型的影响(假阳性低于2%),这些为实际数据的de novo SNP分型提供了理论上的指导。; 窦锦壮赵熙强付晓腾焦文倩王南南张玲玲胡晓丽王师包振民; 关键词：DE SNP分型

一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法: 本发明公开了一种基于人工减数分裂的辅助基因组组装方法，将基因组以克隆文库的形式等分，建立随机的人工减数分裂样本，并通过HpaII甲基转移酶和FspEI甲基修饰依赖型内切酶进行处理，形成高密度的分型标记，进而分析获得分型标...; 王师包振民窦锦壮窦怀乾张玲玲吕佳

基于2b-RAD技术的辅助基因组组装和标记分型研究: 非模式生物的遗传资源相对匮乏，在这些物种中开展基因组范围内的遗传学研究仍然非常困难。简化基因组技术可以视为非模式生物的遗传学研究的有利工具。该技术主要是通过降低基因组的复杂度来降低测序成本，被广泛的应用于遗传图谱构建、数...; 窦锦壮

SNP de novo分型中的数学问题: 组学技术的快速发展为生物研究提供了基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等不同层面的数据，为从系统水平上了解性状的遗传变异提供了基础。SNP(single nucleotidepolymorphisms)被认为是基因组中最广泛...; 窦锦壮; 关键词：组学技术分子标记 QTL定位 SNP分型; 文献传递

一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法: 本发明提供了一种基于液相分子杂交原理的高通量低成本SNP分型方法，包括如下步骤：提取生物基因组DNA，并对其进行生物素标记；设计位点特异性杂交引物LSP1和LSP2，并将LSP2进行5’磷酸化；将LSP1混合物和LSP2...; 包振民王师焦文倩窦锦壮于茜荀小罡张玲玲胡晓丽陆维; 文献传递

基于WGP物理作图法的虾夷扇贝Fosmid克隆混池策略及解码率研究被引量：1: 2019年; 利用全基因组解析(Whole genome profiling,WGP)法进行物理图谱构建时,克隆混池策略及克隆解码率的高低是影响物理图谱构建效果的关键性因素。如何通过调控混合克隆数目,来平衡克隆解码率和测序的成本,是利用WGP法构建物理图谱的亟需解决的问题。本研究利用虾夷扇贝Fosmid文库的部分克隆,使用序列特异性标签的WGP方法,对虾夷扇贝物理图谱构建方法的混池策略及克隆解码率进行了初步研究。通过计算机分别模拟了384 N(N=1,2…24)孔培养板内的克隆混合,计算出了对应混合尺度下BsaXI和FspEI两种酶的克隆解码率。以该模拟数据作为参照,最终分别以4、8、12、16张384孔培养板内的克隆混合构建了克隆超级池;并利用2b-RAD技术构建了基于BsaXI和FspEI两种限制性内切酶的测序文库。通过对酶切标签数据的分析,成功实现了混合池内的克隆解码,且在利用两种酶对应的酶切标签联合解码后,联合解码率达到84%以上。本研究最终确定了由8张384孔培养板混合的混池策略及利用BsaXI和FspEI两种酶切标签进行联合克隆解码,为后期利用WGP方法构建虾夷扇贝物理图谱提供了参考方案。; 窦怀乾李仰平吕佳窦锦壮窦锦壮王师; 关键词：虾夷扇贝 FOSMID文库物理图谱