李恒武
- 作品数：5 被引量：9H指数：2
- 供职机构：山东大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金重大基础研究前期研究专项国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 基于堆积的RNA假结预测算法
- RNA结构预测是计算生物学的基本课题之一。RNA二级结构预测是由RNA序列预测其三级结构的第一步。早期采用序列对比分析方法预测RNA二级结构,对于在不同有机体中起相同生物功能的一级结构进行比较得到RNA序列的二级结构。许...
- 李恒武
- 关键词：计算生物学动态规划
- 文献传递
- RNA二级结构预测算法的设计与实现被引量：3
- 2006年
- 本文提出了一个预测RNA二级结构的计算模型和动态规划算法。该算法采用子序列的组合策略和RNA二级结构的内在特性,计算多个平面伪结点和一个非平面伪结点结构。与Rivas算法相比,该算法减少了2n4的空间,并将时间复杂度由O(n6)降为O(n5)。实验结果验证了算法的有效性。
- 李恒武朱大铭纪秀花
- 关键词：RNA二级结构动态规划热动力学
- 预测RNA二级结构的新算法
- 应用热动力学最小自由能量方法从RNA序列预测其二级结构起始于Tinoco等人,Zuker将动态规划算法用于复杂的Tinoco模型,设计了Mfold算法,算法的时间复杂度为O(n3).Mfold算法不允许伪结点存在,但伪结...
- 李恒武朱大铭孙明晓
- 关键词：RNA序列RNA二级结构
- 文献传递
- 包含伪结点的RNA二级结构预测的新算法
- 我们完成的主要工作如下:(1)编程实现简化的环匹配算法、 Mfold算法和Lyngsφ算法,给出其试验与比较结果. (2)提出一个实用的新简化模型和相应的动态规划算法1.模型仅引入一种缺口矩阵whx来包含多个堆迭、嵌套和...
- 李恒武
- 关键词：RNA二级结构动态规划热动力学NP完全性
- 文献传递
- 计算最大堆迭的RNA二级结构预测算法被引量：6
- 2005年
- RNA二级结构预测用于蛋白质功能分析,在生物信息学研究中具有重要意义.提出了一个时间复杂度为O(n2)的基于Greedy算法思想的算法.基于“堆迭结构相对稳定”的RNA分子结构特征,算法思想为计算具有最多堆迭的RNA二级结构.用VC++编程实现了该算法,采用PseudoBase的RNA分子片段进行了计算实验,结果表明该算法具有良好的准确度.该算法可预测RNA分子的嵌套二级结构和伪结点二级结构.
- 刘振栋李恒武朱大铭
- 关键词：RNA二级结构NPC动态规划热动力学
