徐晓蒙
- 作品数：4 被引量：10H指数：2
- 供职机构：军事医学科学院微生物流行病研究所更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家科技重大专项国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 基于Ion Torrent平台测序数据的微生物全基因组序列组装及分析方法
- 微生物个体微小（直径小于0.1毫米），构造简单，包括细菌、放线菌、原生动物、藻类和原虫等，与人类日常生活、健康密切相关。微基因组作为遗传信息的携带者，是我们破译微生物生物学性状的核心密码。进行微生物基因组研究，对于了解微...
- 徐晓蒙
- 关键词：微生物全基因组高通量测序技术毒力基因
- 文献传递
- 一株新的沙门菌烈性噬菌体IME-SAL1的分离、全基因组测序和比较基因组分析被引量：3
- 2015年
- 目的:分离鉴定一株沙门菌的烈性噬菌体,观察其形态大小,完成全基因组测序,分析其基因组结构和进化关系,为治疗沙门菌感染提供新的策略和实验依据。方法:以沙门菌SAL95作为指示菌从医院废水中分离噬菌体,分离到的噬菌体经浓缩和纯化后采用透射电镜观察其形态大小,提取噬菌体的基因核酸并完成全基因组高通量测序,分析其全基因组的结构特征,通过比较基因组分析研究其进化关系。结果:从解放军307医院未经消毒处理的废水中分离到一株烈性沙门菌噬菌体。电镜观察显示,该噬菌体头部呈立体对称,有一不收缩的长尾。其基因组全长113 183 bp,比较基因组分析确定该噬菌体为一株新的沙门菌噬菌体,命名为IME-SAL1。结论:从医院废水中分离到一株烈性沙门菌噬菌体IME-SAL1,研究了该噬菌体的分类、基因组结构、进化关系,可为其实际应用提供参考。
- 康怀兴徐晓蒙张湘莉兰王亚慧米志强童贻刚
- 关键词：沙门菌全基因组测序
- 利用高通量测序快速检测H7N9禽流感病毒及基因组序列分析被引量：6
- 2014年
- 目的探索用高通量测序技术检测咽拭子样本中H7N9禽流感病毒的方法。方法分别提取编号为106、089及024 3份样本RNA,反转录,cDNA扩增,用Ion Torrent进行高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果 3个咽拭子样本的测序结果中均能检测出禽流感病毒,拼接出的基因组序列可以进行生物信息学分析。结论利用高通量测序技术可以快速地检测H7N9禽流感病毒,并可用生物信息学软件拼接基因组序列及进行序列分析。
- 裴广倩范航安小平王伟徐晓蒙史套兴童贻刚
- 关键词：高通量测序生物信息学分析
- 用实时定量PCR解决基因组序列组装中的重复序列问题
- 2015年
- 目的:探寻一种简单、经济的方法,解决基因组序列拼接中的重复序列问题。方法:选取序列拼接中遇到重复序列问题的质粒NDM-BTR,在其与重复序列相关的contigs两端设计引物,进行实时定量PCR,通过观察临界循环数来判断contig之间的位置关系。结果:成功判断出质粒contig之间的位置关系,得到了质粒基因组完成图。结论:实时定量PCR法可用于解决基因组序列拼接中的重复序列问题,相比较传统建立大片段文库更加简单、快速、经济。
- 徐晓蒙康怀兴张志毅童贻刚
- 关键词：高通量测序实时定量PCR
