彭金华
- 作品数：9 被引量：108H指数：5
- 供职机构：电子科技大学更多>>
- 发文基金：中国博士后科学基金国家自然科学基金四川省科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学医药卫生电子电信生物学更多>>
- 丹参EST－SSR分子标记的制备方法、特异引物及其应用
- 本发明公开了一种丹参EST－SSR分子标记的制备方法，主要包括：丹参EST序列的获得及预处理、丹参EST序列中SSR位点的筛选、丹参EST－SSR引物的设计与合成、丹参EST－SSR引物的筛选等步骤。该方法针对丹参EST...
- 张勇邓科君熊丙全彭金华赵晓楠任正隆
- 文献传递
- 黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的MSAP分析被引量：16
- 2009年
- 为了获得黑麦基因组DNA甲基化修饰水平、模式及位点等表观遗传信息,采用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ双酶切建立适合于黑麦基因组的"甲基化敏感扩增多态性"(Methylation sensitive amplification polymor-phism,MSAP)分析体系,在全基因组水平检测黑麦DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点226个,"CCGG/GGCC"位点甲基化修饰比例为51.72%。对部分黑麦基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了22条存在甲基化修饰的基因组DNA序列。BLAST比对分析结果表明,黑麦基因组中包括转座子序列、散在重复序列以及单拷贝蛋白质编码序列在内的多种类型DNA序列中均存在DNA甲基化修饰现象。同时发现,在甲基化检出序列中都存在明显的"CpG"二核苷酸成簇富集现象,这些区域分布与MSAP分析结果相一致。在此基础上,对应用MSAP技术分离黑麦基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及黑麦基因组序列中DNA甲基化修饰潜在位点分布特征和生物意义进行了讨论。
- 张勇张勇邓科君张韬彭金华周建平
- 关键词：黑麦表观遗传DNA甲基化MSAP
- 鼠尾草属部分物种AFLP指纹图谱构建及遗传多样性分析被引量：6
- 2010年
- 为了建立适用于鼠尾草属植物的AFLP技术体系,并对鼠尾草属部分物种遗传多样性进行分析。作者经筛选得到24对有效AFLP引物组合,共检测1616个有效扩增位点;其中22对AFLP引物组合针对不同材料可检测到特异性扩增位点,每对引物检测强度从1到16个位点不等;依据AFLP数据计算的22个鼠尾草属植物材料间231个配对遗传相似系数介于0.5677～0.9898,显示了丰富的遗传多样性;系统树显示AFLP分析可以将11个鼠尾草属植物准确区分,其中种内不同居群的材料可有效聚为亚组,说明本文所构建的AFLP技术体系能够有效应用于鼠尾草属植物种间及种内鉴定、遗传多样性分析及系统发育研究中。
- 邓科君张勇鄢丹彭金华张硕任正隆
- 关键词：鼠尾草属AFLP
- 鼠尾草属植物遗传多样性分析AFLP方法建立
- 目的：建立适用于鼠尾草属植物的AFLP技术体系，在此基础上对鼠尾草属代表性物种的遗传多样性进行分析。
方法：提取鼠尾草属11种表性物种的22份材料基因组DNA，以EcoRI+MseI内切酶组合进行AFLP分析，...
- 邓科君张勇班依蓉彭金华杨足君
- 关键词：鼠尾草属
- 文献传递
- 药用植物丹参EST-SSR标记的鉴定被引量：45
- 2009年
- 对重要大宗药用植物丹参尚没有高效特异分子标记开发应用研究,为有效利用丹参现有EST资源开发功能性分子标记,本文以生物信息学方法对GenBank的dbEST数据库中公开的10288条丹参(Salvia miltiorrhiza)EST进行整理,共获得非冗余性EST4192条。从中搜索到159个SSR位点,出现频率为3.79%,平均相隔12.74kb出现1个SSR位点。在1bp～6bp核苷酸重复基序中,二核苷酸重复基序SSR出现频率最高(77个、48.43%),其次是三核苷酸(41个、25.79%),四核苷酸出现频率最低(6个,3.77%)。在检出的47类重复基序中,出现频率超过5%的6种重复基序依次为:GA/CT(16.35%)、AG/TC(15.09%)、TCA/AGT(10.69%)、AT/TA(6.29%)、GAAAAG/CAAAAC(6.29%)、TA/AT(5.03%)。针对这些序列,设计开发了83对EST-SSR引物,对13个不同居群丹参样品及10种鼠尾草属物种进行了扩增效率、多态性及通用性检测,发现其中72对引物在供试材料中可进行特异性扩增,共产生279个位点,平均每对引物产生3.88个位点,且所有引物均显示多态性扩增。可有效扩增引物在鼠尾10个异源物种中的可转移率为60%～100%,平均85%。依据扩增结果进行遗传相似性分析,结果表明EST-SSR分析可揭示供试样品不同水平的遗传多样性,并可明确区分丹参及其他同属植物。上述工作为进行丹参及其同属物种的基因组差异性分析、遗传图谱构建及比较基因组等研究奠定了基础。
- 邓科君张勇熊丙全彭金华张韬赵晓楠任正隆
- 关键词：丹参表达序列标签简单序列重复分子标记
- 黑麦染色体附加对小麦基因组表观遗传影响的研究
- 黑麦，作为小麦的近缘物种，是丰富小麦遗传变异、提高小麦品质的重要基因资源。植物单体异附加系是重要的遗传材料，创建小麦-黑麦异染色系是利用黑麦优良基因的的有效途径。本研究以两套小麦-黑麦单染色体附加系为试材，采用EST-S...
- 彭金华
- 关键词：黑麦染色体小麦基因异附加系克隆测序
- 文献传递
- 桑黄真菌分子鉴定及遗传多样性分析被引量：30
- 2010年
- 药用真菌桑黄具有明显的抗肿瘤、抗氧化、增强免疫等药理活性,但研究者对其基源还没有达成共识,多种Phellinus属真菌被当作桑黄入药使用。采用rDNA ITS序列分析技术,对桑黄真菌进行分子鉴定及遗传多样性分析。通过rDNA ITS序列分析,成功鉴定出一份混淆样品(Phellinus spp-04),并将中国主要使用的桑黄真菌明确鉴定为P.baumii和P.linteus两种,未检测到P.igniarius的使用。依据rDNA ITS序列计算遗传距离并构建系统发育树,结果表明3种主要桑黄真菌存在明显的遗传分化,在系统发育树中明确聚为3个独立菌种类群。在3种桑黄真菌rDNA ITS序列中,存在颠换、转换及插入/缺失3种类型的变异位点,分别在P.linteus、P.baumii和P.igniarius中鉴定出9、9、8种rDNA ITS单倍型序列,不同单倍型菌种间遗传分歧度变化表现出明显的物种差异性。
- 谢丽源张勇彭金华邓科君彭卫红郭勇贾定洪甘炳成
- 关键词：PHELLINUSPHELLINUSPHELLINUSRDNAITS分子鉴定
- 水稻基因组MSAP指纹图谱构建及DNA甲基化修饰位点分离与鉴定被引量：3
- 2009年
- 采用EcoR Ⅰ和HpaⅡ/Msp Ⅰ双酶切建立了适合于水稻基因组的甲基化敏感扩增多态性(MSAP)分析体系,在全基因组水平检测了水稻DNA甲基化修饰位点。以12对MSAP引物进行选择性扩增,共检测到甲基化修饰位点120个,'CCGG/GGCC'位点甲基化修饰比例为20.17%。对部分水稻基因组甲基化修饰位点进行回收,最终分离了55条存在甲基化位点变异的DNA序列,通过BLAST比对分析将其联配到水稻基因组序列上。分析表明,这些甲基化修饰位点主要集中于基因启动子区(47%)和第一外显子区(22%),在其侧翼序列中存在类似'CpG island'典型序列特征的'CpG'二核苷酸成簇富集区。在此基础上,对应用MSAP技术分离水稻基因组DNA甲基化修饰位点的有效性以及水稻基因组序列中'CpG island'类似序列分布特征和生物意义进行了讨论。
- 张勇张勇邓科君张韬杨足君彭金华周建平
- 关键词：水稻DNA甲基化CPG岛
- 外源种质导入引发小麦表观遗传变异的MSAP分析被引量：9
- 2007年
- 通过染色体工程将外源种质向小麦基因组转移的过程中,可以诱发受体物种基因组结构及基因表达的广泛遗传变异.本文以3个高代分离的小麦-黑麦姊妹易位系及其农艺亲本为材料,应用GISH和AFLP技术分析其基因组结构与组成,发现姊妹系材料基因组组成高度一致;同其亲本相比较,除1RS/1BL染色体易位外,并没有表现出其他明显的基因组结构变异.进一步的MSAP分析发现,易位系材料发生全甲基化修饰的比例比小麦亲本(全甲基化,16.37%;半甲基化,25.44%)明显上升(CN12,20.15%;CN17,20.91%;CN18,22.42%),而半甲基化比例则明显下降(CN12,21.41%;CN17,23.43%;CN18,22.42%).本研究共检测到29种不同类型的甲基化修饰模式,其中13种类型(33.74%)的位点表现为超甲基化修饰,9种类型(22.76%)的位点表现为去甲基化修饰,而余下7种类型(4.07%)的位点甲基化模式变异未能明确界定.从中分离了多条存在甲基化位点变异的DNA序列,鉴定了多种小麦转座子序列、亚端粒重复序列以及单拷贝蛋白质编码序列.
- 张勇刘朝辉刘成杨足君邓科君彭金华周建平李光蓉唐宗祥任正隆
- 关键词：小麦黑麦易位系MSAP
