余劲聪
- 作品数：21 被引量：26H指数：3
- 供职机构：华侨大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金福建省高校产学合作科技重大项目国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术农业科学理学更多>>
- 密码子用法数据库辅助工具CUDassist的开发被引量：2
- 2010年
- 密码子用法的研究是遗传密码的进化、基因的水平转移、基因表达的调控和异源表达的优化等领域不可或缺的内容。2个重要的密码子用法在线服务密码子用法数据库(CUD)和图形化密码子用法分析器(GCUA)为研究者提供了有力的数据支持,但仍存在一些问题,如密码子用法数据库可接受的检索方式过于单一,在特定密码子用法表(CUT)中Fraction参数值显示有误,图形化密码子用法分析器仅提供2个密码子用法表的比对视图等。本文针对这些问题,研发了密码子用法数据库辅助工具"CUDassist",做出4个改进:(1)增加密码子用法数据库的可检索方式;(2)修正密码子用法数据库中Fraction值显示错误的问题;(3)在密码子用法表中直接给出相对适应度(RA)参数值;(4)提供多个密码子用法表的比对视图。从而为研究者提供更方便、准确和丰富的密码子用法的信息,并在一定程度上有效融合了密码子用法数据库和图形化密码子用法分析器的功能,实现一站式服务。
- 余劲聪方柏山
- 辅酶依赖型和不依赖型甘油脱水酶的比较被引量：1
- 2010年
- 实验比较源自肺炎克氏杆菌(K.pneumoniae)和丁酸梭状芽孢杆菌(C.butyricum)中的甘油脱水酶(GDHt)的辅酶依赖特性.采用生物信息学的方法,对两种酶的异同点进行分析,发现两种酶结构上相似性较低、亲缘性较远、分属于两个不同的家族.SMART数据库搜索结果表明,C.butyricum中不依赖辅酶的甘油脱水酶及其再激活酶,分别属于gly-Radical和Radical-SAM家族,多序列比对得到的一段富含半胱氨酸残基C**C**C的保守序列正是其共同特征.
- 杨仲丽方柏山余劲聪王庆花李梓君
- 关键词：肺炎克氏杆菌辅酶甘油脱水酶维生素B12
- 开发可统计任意密码子用法的软件BestCodon被引量：3
- 2011年
- 密码子偏好是自然现象,分析密码子的用法可以优化表达基因,即密码子优化,从而调节目的基因在特定宿主中的表达水平。现有密码子用法分析软件多数只限于单个密码子,适用于密码子对和密码子三联体的较少见。本文提出1种可统计任意密码子用法的软件结构,开发出1个密码子用法统计软件"BestCodon",拥有序列检查和密码子用法统计2个模块。检查模块可代替人工校对,剔除输入序列中非规范字符,为后续分析提供正确的、符合规范的数据。统计模块根据用户指定的密码子组合类型,结果返回特定的密码子用法表。本文还探讨序列检查和密码子用法统计中计算机的运算特性,结果表明该软件检查1条长达150000 bp的序列仅耗时约0.2 s,而从中统计密码子十联体的用法仅耗时约0.1 s。
- 余劲聪方柏山
- 关键词：密码子密码子用法生物信息学
- 牦牛三元杂交的改良方法被引量：1
- 2006年
- 牦牛对高寒环境有良好的适应性,但培育程度低。传统的藏黄牛×牦牛、引进种牛自然交配以及冷冻精液、人工授精的手段都存在诸多问题。三元杂交在一定程度上解决了牦牛种间杂交受胎率、繁殖率、犊牛成活率低的问题,并且杂种优势显著,是牦牛改良的一条新途径。
- 余劲聪潘春王苏字向东
- 关键词：牦牛三元杂交杂种优势
- 基于对应分析的密码子用法可视化研究
- 2011年
- 密码子用法可以简介为物种、基因组、基因或序列集中64种密码子的使用方式。密码子用法的可视化为研究样本的密码子用法特征、不同样本间的密码子偏好,提供了1种直观、有效的图形化手段。可基于多种参数的对应分析(CA)法是其中1种重要的可视化方法。在本文中,以果蝇、人类、拟南芥、酿酒酵母、线虫、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌及除虫链霉菌8个物种的密码子用法数据为例,通过比较密码子实际出现次数(Number)、密码子用法频率(F1000)、密码子用法分值(Fraction)、相对适应度(RA)与相对同义密码子用法(RSCU)5种参数的可视化结果,得到如下初步结论:(1)不论采用5种参数中的哪1种,65维(一维物种+64维密码子)的数据都可通过CA降维为7维,而此时的累计惯量为100%,即完全还原原数据集中的所有信息;(2)采用密码子平均用法(F1000)是1个较好的选择,其前二维的累计惯量可以达到83.6%,但是基于Fraction可以获得更高的累计惯量,达到85.1%,Number、RSCU次之,在考虑计算量的情况下,选择Number也可以获得失真度较小的结果,RA参数的最低,仅有76.9%。
- 余劲聪方柏山
- 关键词：密码子优化
- 合成生物学的研究方向与应用被引量：5
- 2009年
- 分析构建合成生物学元件的基本思路、研究原理和研究方法,阐述当前合成生物学的两个主要研究方向——最小生命体研究与合成元件的开发的国内外最新研究成果.前者的重点在于找到能维持生命的最少量基因,而后者的重点在于如何建立与天然细胞中相类似的功能元件,并使其能在宿主中顺利运行.两个研究方向出发点不同,但研究目标是一致的,其研究成果最终可以互相借鉴与融合.利用人工合成的最小生命体作为宿主,配合各种不同的生命功能元件合成生命元件,组装系统网络,最终创造出人造生命.同时,概要地指出了合成生物学的发展前景.
- 罗巅辉余劲聪方柏山陈国华(英文审校)
- 关键词：合成生物学元件人工生命细胞通讯
- Codon Usage Database自动寻错平台CUDer的组建与应用
- 2011年
- 密码子用法数据库(CUD)是密码子用法与密码子优化研究领域的一个重要的在线服务,为了找出该数据库中潜在的两种不再适用的记录,即已过期的陈旧记录和在遗传密码类型上实际无法有效支持的记录(简称不支持记录),本文通过结合前期自主研发的两个软件BestCodon与CUDassist,组建了CUD自动寻错平台CUDer,并应用于上述问题的研究。结果发现,CUD中存在317条陈旧记录与4条不支持记录。对于陈旧记录,这些记录的物种分类号在NCBI中已发生变更,研究者应该避免使用这些记录的相关数据;对于不支持记录,本文借助CUDer计算得到这些记录正确的密码子用法表(CUT),弥补了当前CUD的不足。此外,该平台也为面向CUD的自动化数据处理,提供了一个新的软件框架,具有一定的借鉴意义。
- 余劲聪方柏山
- 关键词：密码子用法生物信息学
- 牦牛LHB基因的分子克隆与序列分析被引量：1
- 2008年
- 采用PCR法成功克隆出牦牛LHB基因的序列,在NCBI上的登录号为DQ508150。牦牛LHB基因的cds长426 bp,编码141个氨基酸的产物。同源性分析,多个物种间LHB基因编码区的序列相似性在80%以上。通过牦牛与奶牛在LH的氨基酸序列上的比对发现,存在三处残基的差异,精氨酸-谷氨酰胺、甲硫氨酸-缬氨酸、苏氨酸-丙氨酸。
- 陈雪梅字向东余劲聪
- 关键词：牦牛系统发生树雄性不育
- 耐辐射菌Deinococcus radiodurans的密码子用法分析
- 采用GC3s、RSCU、RFSC和密码子频率(F)四种参数,首次基于2008年7月21日发布的耐辐射菌Deinococcus radiodurans全基因组序列,使用自编软件BestCodon对该菌的2997条CDS进行...
- 余劲聪方柏山
- 文献传递
- 牛体外授精技术的研究与展望被引量：1
- 2006年
- 本文阐述了体外受精技术在牛胚胎工程和育种研究中的意义,介绍了牛体外受精技术的研究历史和目前的研究进展,并就牛的体外受精技术当前研究存在的问题作了评述,对其前景做了展望。
- 潘春余劲聪马正花字向东
- 关键词：体外受精胚胎体外生产体外培养
