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似然比检验和贝叶斯推论在雉科分子系统学中的应用被引量：7: 2003年; 应用似然比检验和贝叶斯推论进行雉科分子系统学研究 .所用的 56条细胞色素b基因全序列代表了雉科 2 4属 50种以及作为外类群的 6个相关属 .等级制似然比检验表明该数据集的最佳进化模型为GTR +I+G .建立在坚实的统计学基础上的贝叶斯系统树表明雉科可以分为3个分支 .特别是包括角雉、松鸡、火鸡和 gallopheasant等在内的第 3分支的单系群性质得到了充分的支持 .深层分支格局的高分辨率和高支持率说明将雉科划分为雉族和鹑族是人为的 .结果表明 ,似然比检验和贝叶斯推论是分子系统学研究的强有力工具 .; 张原张正旺郑楠; 关键词：雉科分子系统学似然比检验进化生物学假说检验

SARS冠状病毒S基因的最近共同祖先序列重建及Spike蛋白的适应性进化检测被引量：2: 2004年; 张原郑楠郝沛钟扬; 关键词：SARS冠状病毒 S基因 SPIKE蛋白适应性严重急性呼吸系统综合症

SARS冠状病毒S基因的最近共同祖先序列重建及Spike蛋白的适应性进化检测: 本文研究了SARS冠状病毒SPIKE蛋白的适应性进化。SARS-CoV跨种传播过程中,Spike蛋白的非保守性氨基酸置换可能使该病毒适应新宿主是一个重要的假说。为了检验该假说,我们收集了GenBank数据库中共计108条...; 张原郑楠郝沛钟扬; 关键词：SARS冠状病毒 SPIKE蛋白适应性进化; 文献传递

SARS冠状病毒及相关病毒的分子系统学分析: 2003年; 根据SARS冠状病毒及其相关病毒的基因组核酸序列和 3种不同蛋白质序列 ,应用最大简约法和最小进化法重建系统发育树 ;并对SARS冠状病毒的 11个推测蛋白质 (ORF)做BLAST分析。结果表明 ,SARS冠状病毒和鼠肝炎病毒———牛冠状病毒分支构成姊妹群 .其单系群性质得到强有力的统计学支持 .这暗示了SARS的爆发可能源自种间屏障的突破事件 ,该病毒天然宿主可能为猪、牛或鼠 .SARS冠状病毒与已知的人冠状病毒分属冠状病毒科的不同分支 ,因此致病机制可能有很大不同 .3个基因的系统树分支格局的一致性表明 :SARS冠状病毒这 3个主要基因与其他冠状病毒间不存在重组 ,但全部; 张原齐一琳洪泂郑光宇阮力郑楠; 关键词：SARS冠状病毒相关病毒分子系统学蛋白质序列严重急性呼吸道综合症

Gallopheasants中协同进化性状的似然比检验被引量：1: 2003年; 基于细胞色素b基因全序列的贝叶斯系统树 ,应用似然比检验方法比较研究了Gallopheasants类群的 2个性状对的进化格局和过程 .结果揭示了栖息地结构和海拔高度的密切关系 .完全性成熟年龄和卵大小显示了协同进化格局 ;时序分析表明在进化过程中 ,前者先于后者出现 .; 张原张正旺郑楠; 关键词：似然比检验协同进化

贝叶斯推论重建乳头瘤病毒的进化系统被引量：2: 2003年; 基于90种乳头瘤病毒的L1基因和E2基因的DNA全序列,应用似然比检验和贝叶斯推论重建病毒的系统发育树,并在此基础上讨论病毒分子系统学研究的一般原则和方法。同时比较研究贝叶斯推论和过去常用的最小进化、最大简约、最大似然三种建树算法的优劣。结果表明:乳头瘤病毒可分为4超群,不同超群的乳头瘤病毒宿主和组织特异性不同。引起人宫颈癌的高危和低危乳头瘤病毒在进化上分别具有相近的亲缘关系,高危类群起源于共同祖先。算法的比较研究表明,贝叶斯推论作为进化生物学的最新进展,在计算速度和可靠性上明显优于其它算法。; 郑楠张原敖滨郑光宇; 关键词：乳头瘤病毒系统学进化贝叶斯

雉科基部类群分子钟的标定被引量：8: 2003年; 使用 10个细胞色素b蛋白质全序列对雉科基部类群的分子钟进行了顺序标定 .以鸡形目 /雁形目的分歧时间作为锚定点 ,估计雉科 /珠鸡科林鹑科的分歧时间为 (46 .94± 7.2 7)× 10 6aBP ,Francolinus/Bambusicola Gallus,Bambusicola/Gallus和Gallusgallus/G .sonneratii的分歧时间为 (40 .36± 8.4 0 )× 10 6 ,(35 .5 3± 8.15 )× 10 6 和 (8.5 2± 3.89)× 10 6 aBP .基于生物地理格局 ,我们推测 :①雉科起源于同南美洲分离之后的非洲 ;②在Francolinus的分化过程中 ,该属的某些成员通过印度的漂移从非洲进入欧亚大陆 ;③侵入新的生境后 ,Bambusicola和Gallus的共同祖先迅速从地Francolinus分歧出来 ;④原始的Bambusicola被Gallus排挤到南中国地区 ;⑤Gallus的祖先种分裂为大陆型和岛屿型 2类 ,前者分化为Gallusgallus和G .sonneratii,后者则分化为G .lafayettei和G .varius.估计结果同前两点假设是一致的 .; 张原张正旺郑楠; 关键词：分歧时间分子钟生物地理学鸟类进化生物学

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郑楠