王加磊
- 作品数：5 被引量：4H指数：1
- 供职机构：山东师范大学物理与电子科学学院更多>>
- 发文基金：山东省自然科学基金国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：理学医药卫生更多>>
- 分子动力学研究别构小分子在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用
- 为了提高感染HIV病毒尤其那些感染MDR(multidrug resistance)突变株病人的长期治疗效果,急需发展具有新机制的药物.非活性位别构抑制剂被普遍认为是一种极具发展前景的选择,是当前的前沿热点课题.本工作是...
- 孟现美王加磊张少龙张庆刚
- 分子动力学研究2-乙酸苯并噻吩在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用被引量：2
- 2013年
- 为了研究别构小分子2-乙酸苯并噻吩(2FX)在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用,利用分子动力学方法分别对未结合和结合2FX的HIV-1蛋白酶抑制剂体系进行了100 ns的模拟,模拟计算中对每种体系均采用两种新的分子力场ff99SBildn和ff12SB.研究了2FX对体系构象的影响和两体系在不同力场下的动力学行为,分析了两体系的均方根偏差和残基的B因子,比较了计算结构和晶体结构,最后采用MM-PB/GBSA两种方法计算了两体系的结合自由能.研究表明,两种力场计算的结果虽有差异,但都说明2FX的结合导致蛋白酶构象的变化,使得体系更加稳定,尤其是flap的柔性减弱,使得蛋白酶和抑制剂的结合更牢固;另外,还发现ff12SB力场动力学过程更稳定.研究结果有助于为设计新的别构抑制剂提供理论依据.
- 孟现美王加磊张少龙张庆刚
- 关键词：抑制剂分子动力学模拟
- HIV-1蛋白酶新型抑制剂的分子动力学研究
- 获得性免疫缺陷综合征(Acquired Immune Deficiency Syndrome,AIDS)是由跨种属传播的人类免疫缺陷病毒(Human Immunodeficiency Virus,HIV)感染人类引起的，...
- 王加磊
- 关键词：MM-PBSACUDAAMBER
- HIV-1蛋白酶异位抑制剂体系的长时间分子动力学模拟被引量：1
- 2013年
- 采用新开发的ff12SB力场在NVIDIA CUDA GPU上对HIV-1蛋白酶的活性位抑制剂体系和异位抑制剂体系分别进行了100 ns的长时间分子动力学模拟,并用MM-PB/GBSA方法计算了活性位点抑制剂TL-3与HIV-1蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中分子片段2-甲基环己醇结合在Exo位,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂体系中抑制剂TL-3与蛋白酶的结合自由能为-85.78 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-79.45 kcal/mol。这些结果有助于深入了解HIV-1 PR的动力学过程,为设计新型强效抑制剂提供了新见解。
- 王加磊孟现美张庆刚张怿慈张少龙
- 关键词：CUDAAMBER
- 艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学研究被引量：1
- 2012年
- 对艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系和活性位抑制剂体系进行8 ns的分子动力学模拟,用MM-PBSA方法分别计算了抑制剂与蛋白酶的结合自由能。异位抑制剂体系中抑制剂与蛋白酶的结合自由能为-90.30 kcal/mol,活性位抑制剂体系中为-59.58 kcal/mol。在异位抑制剂体系中分子片段4DX卡在蛋白酶的exo位,使蛋白酶活性位点附近残基的活动范围减小,有利于抑制剂被束缚在活性位点附近。异位抑制剂使体系刚性更强,更稳定,抑制剂与蛋白酶的结合更为牢固。
- 孙德福王加磊张少龙张庆刚张怿慈
