焦雄
- 作品数：16 被引量：22H指数：3
- 供职机构：太原理工大学理学院应用力学与生物医学工程研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金北京市自然科学基金北京市科技新星计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生理学自动化与计算机技术更多>>
- 蛋白质相互作用的网络分析
- 2009年
- 建立了蛋白质复合物的残基网络,其中蛋白质的残基被视为节点,残基之间的接触视为连接.复合物残基网络可以分成两种类型,即疏水和亲水残基网络.分析网络参量发现,正确结合的复合物比错误结合的结构具有更高的界面度加和值和更低的网络特征路径长度.这些性质反映出正确结合的复合物结构具有更好的几何或残基类型互补,同时正确的结合模式对于保证天然蛋白质复合物的特征路径长度具有重要作用.此外,两个基于网络的打分项被建立,它们能够很好地考虑复合物整体形状和残基类型互补特性.将基于网络的打分项与其他打分项进行组合,提出了一个新的多项打分函数HPNCscore,它能够改进RosettaDock组合打分函数的区分能力超过12%.这些研究将加深我们对蛋白质-蛋白质结合机制的了解.
- 常珊龚新奇焦雄李春华陈慰祖王存新
- 关键词：打分函数
- 氨基酸网络特征量在去折叠路径上的变化
- 蛋白质折叠,以及蛋白质结构功能关系的研究,具有重大的科学意义。蛋白质分子,从复杂网络的角度来看,可以视为由氨基酸以及氨基酸之间的相互作用组成的复杂网络。近年来复杂网络方法的兴起,为研究蛋白质折叠以及结构功能关系,提供了全...
- 焦雄苏计国陈慰祖王存新
- 文献传递
- 基于能量的氨基酸加权网络的构建及其应用
- ＜正＞1 引言蛋白质分子,可视作以氨基酸为节点,以其间相互作用为连接而组成的复杂网络。关于氨基酸网络,尤其是加权的氨基酸网络方面的工作在国际上刚刚起步。诸如什么样的氨基酸网络加权方式更加合理以及网络特征量如何随蛋白质结构...
- 王存新焦雄陈慰祖李春华
- 文献传递
- 蛋白质-蛋白质对接及结构预测方法研究
- 王存新陈慰祖李春华苏计国马晓慧常珊焦雄
- 该课题受到国家自然科学基金(30170230，30400087，10174005，10574009)和高等学校博士点基金(20040005013)的资助，在蛋白质-蛋白质对接及结构预测方法学方面进行了一系列基础性研究。蛋...
- 关键词：
- 关键词：蛋白质
- 整合素黏附体信号转导通路预测研究被引量：2
- 2016年
- 目的运用生物信息学方法预测整合素黏附体信号蛋白间的信号转导通路,为以实验方法研究整合素相关信号转导通路的机制提供参考。方法把相互作用的整合素黏附体信号分子对搭建成相互作用网络;利用相互作用的置信概率构建边权;然后,采用动态规划算法计算出最小权重的线性通路,再把这些线性通路组装成通路网络。结果从147个整合素黏附体蛋白所组成的736对相互作用中预测出7个信号通路网络,并计算出各个通路网络中基因本体论注释蛋白的占有率。结论对信号转导通路的研究能够在分子水平上探索疾病的发病机制。预测出可能的信号通路网络,不仅为基础医学研究疾病机制提供有用信息,也为探索包括力学、化学等外界信号刺激下的信号转导通路提供有益参考信息。
- 张晓盼宋婕焦雄
- 关键词：信号转导通路动态规划算法
- 蛋白质氨基酸网络研究进展被引量：3
- 2011年
- 氨基酸网络是运用复杂网络工具对蛋白质结构-功能关系研究的新方法。本文回顾了氨基酸网络中常用网络参量的计算方法,如:度分布,聚集系数,平均最短路径等。结合本研究小组的工作,介绍了常用的网络构建和分析方法,并总结了氨基酸网络在蛋白质折叠以及蛋白质分子对接问题中的应用。最后,分析了氨基酸网络研究目前存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。
- 常珊焦雄王美华田绪红
- 关键词：蛋白质复杂网络
- 肩关节阻力矩的实验分析
- 该文通过实验研究了肩关节组织在准静态和动态的阻滞特性,使用准Voigt模型分析了不同的运动姿态和不同的负载情况下的肩关节组织的阻力特性.关于肩关节阻力特性的描述,用的是通过对六位被测试者的测试取得的一系列模型参数.在实验...
- 焦雄
- 关键词：肩关节生物力学
- 文献传递
- Study on relationship between structure and function of protein based on the amino acid network model
- The different amino-acid networks of proteins were constructed according to their different physicochemical pr...
- 王存新陈慰祖焦雄苏计国常珊严立成
- 文献传递
- 蛋白质设计及蛋白质网络模型的研究
- 蛋白质作为生命活动的主要承担者，其氨基酸序列(一级结构)包含了决定蛋白质三维结构的重要信息。由蛋白质一级结构预测其空间构象，被称为“蛋白质折叠”。蛋白质折叠问题包含两个方面的内容：正折叠与逆折叠。正折叠问题为：由氨基酸序...
- 焦雄
- 关键词：蛋白质设计相对熵网络模型
- 文献传递
- 基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究被引量：6
- 2006年
- 把20种氨基酸简化为3类:疏水氨基酸(hydrophobic,H)、亲水氨基酸(hydrophilic,P)及中性氨基酸(neutral,N),每个氨基酸简化为一个点,用其C!原子来代替.采用非格点模型,以相对熵作为优化函数,进行蛋白质三维结构预测.为了与基于相对熵方法的蛋白质设计工作进行统一,采用了新的接触强度函数.选用蛋白质数据库中的天然蛋白质作为测试靶蛋白,结果表明,采用该模型和方法取得了较好的结果,预测结构相对于天然结构的均方根偏差在0.30～0.70nm之间.该工作为基于相对熵及HNP模型的蛋白质设计研究打下了基础.
- 苏计国王宝翰焦雄陈慰祖王存新
- 关键词：相对熵蛋白质折叠
