杨峰
- 作品数：3 被引量：10H指数：2
- 供职机构：北京工业大学生命科学与生物工程学院更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金国际科技合作与交流专项项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学更多>>
- 蛋白质-蛋白质分子对接中打分函数研究进展被引量：10
- 2012年
- 分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至关重要.本文回顾了蛋白质-蛋白质分子对接组合打分函数中一些主要打分项,包括几何互补项、界面接触面积、范德华相互作用能、静电相互作用能以及统计成对偏好势等打分项的计算方法.结合本研究小组的工作,介绍了目前普遍使用的打分方案以及利用与结合位点有关的信息进行结构筛选的几种策略,比较并总结了常用打分函数的特点.最后,分析并指出了当前蛋白质-蛋白质对接打分函数所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望.
- 王存新常珊龚新奇杨峰李春华陈慰祖
- 关键词：打分函数
- Network-based terms enhanced combinatorial scoring for protein-protein docking
- Residue networks are constructed by defining the residues as the vertices and atom contacts between them as th...
- 杨峰李春华常珊陈慰祖王存新
- 文献传递
- 蛋白质-蛋白质分子对接方法中分子柔性处理与近天然结构筛选的研究被引量：2
- 2012年
- 蛋白质-蛋白质分子对接方法是研究蛋白质分子间相互作用与识别的重要理论方法。该方法主要涉及复合物结合模式的构象搜索和近天然结构的筛选两个问题。在构象搜索中,分子柔性的处理是重点也是难点,围绕这一问题,近年来提出了许多新的方法。针对近天然结构的筛选问题,目前主要采用三种解决策略:结合位点信息的利用、相似结构的聚类和打分函数对结构的评价。本文围绕以上问题,就国内外研究进展和本研究小组的工作作详细的综述,并对进一步的研究方向进行了展望。
- 杨峰曹立彬龚新奇常珊陈慰祖王存新李春华
- 关键词：结构聚类打分函数
