戴晓港
- 作品数：58 被引量：153H指数：8
- 供职机构：南京林业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家林业公益性行业科研专项江苏省高校自然科学研究项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学医药卫生更多>>
- 基于物种特异性InDel标记鉴别美洲黑杨与小叶杨的杂交子代被引量：2
- 2021年
- 【目的】针对杨树种间杂交子代苗期形态不易区分的问题,利用美洲黑杨和小叶杨物种特异性InDel位点开发标记对种间杂交子代进行快速鉴别,为黑杨派和青杨派种间杂交子代鉴定、分子标记辅助育种等研究提供重要的参考技术。【方法】以美洲黑杨、小叶杨及其杂交子代为试验材料,根据美洲黑杨和小叶杨重测序结果分析物种特异性InDel位点并设计引物,采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对引物进行通用性和物种特异性检测,用筛选出的物种特异的引物,对种间杂交子代的真实性进行鉴别。【结果】分别将10个个体的美洲黑杨和小叶杨重测序序列比对到美洲黑杨基因组,共获得长度差异大于5 bp的InDel位点359733个,其中种内特异、种间存在差异的InDel位点18418个。采用Primer3在美洲黑杨基因组中的17956个位点成功设计引物。在不同染色体共选取10对引物,采用SeqHunter2将引物序列比对到小叶杨基因组,共有6对引物在小叶杨中是通用的。采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,发现引物Psi2-1和Psi13-14在美洲黑杨和小叶杨中存在差异。利用美洲黑杨和小叶杨自然群体各50个个体对上述2个引物进行检测,发现引物Psi2-1在美洲黑杨中扩增出128 bp的特异性产物,在小叶杨中扩增出139 bp的特异性产物,在真实的种间杂交子代中扩增出128 bp和139 bp 2条产物;引物Psi13-14在美洲黑杨中扩增出132 bp的特异性产物,在小叶杨中扩增出144 bp的特异性产物,在真实的种间杂交子代中扩增出132 bp和144 bp 2条产物。2对引物对美洲黑杨与小叶杨种间杂交子代鉴别准确率达100%。【结论】获得了美洲黑杨和小叶杨物种特异性InDel标记2对,上述标记可以有效地用于美洲黑杨与小叶杨种间杂交子代的真实性鉴别。
- 戴晓港陈晨薛良交吴怀通尹佟明
- 关键词：美洲黑杨小叶杨分子鉴别
- 簸箕柳SPL基因家族分析被引量：2
- 2017年
- 【目的】确定SPL基因家族在不同物种之间的选择性保留和丢失情况,为后续研究被子植物花发育提供参考。【方法】通过在拟南芥(Arabidopsis thaliana)、毛果杨(Populus trichocarpa)、簸箕柳(Salix suchowensis)、葡萄(Vitis vinifera)、番木瓜(Carica papaya)、水稻(Oryza sativa)6种被子植物基因组中查找SPL结构域,寻找6个物种的SPL同源序列。对所找到的SPL序列进行BLASTN比对鉴定同源基因类型。使用自编Perl脚本结合K_aK_s_Calculator计算SPL同源基因的非同义突变(K_a)以及同义突变(K_s)值,采用共线性分析确定该基因家族的复制和扩张方式。【结果】在6种被子植物基因组中,共发现120个SPL基因。根据种内和种间旁系同源、直系同源基因以及这些同源基因选择压的计算显示:杨柳科SPL同源基因最多,共有旁系同源基因24对,直系同源基因50对;番木瓜没有旁系同源基因。6个物种中,木本植物比草本植物直系同源基因更多,双子叶植物比单子叶植物直系同源基因更多;所有旁系同源和直系同源基因的K_a/K_s值均小于1。系统发育树的分析结果与基因同源性分析基本吻合,证明了这两种分析方法具有较高的可靠性。此次研究选取了簸箕柳同一植株上开花和不开花的枝条进行了转录组测序分析,差异表达分析发现了1个SPL基因(willow_GLEAN_10025160)在两种枝条的转录组中表达差异显著(P≤0.01),其在开花枝条中的表达量显著高于未开花枝条,该基因被选为SPL基因家族中参与簸箕柳开花调控的候选基因。【结论】通过对6个物种SPL基因家族的分析,发现6个物种中所有直系同源和旁系同源基因都经历了纯化选择(K_a/K_s<1),基因功能保守。这6个物种除了经历过全基因组复制事件,还发生过大规模的基因丢失或者通过其他方式产生的基因扩张,阐明了它们在进化历史上的复制事件及SPL基因在不同物种中的选择性保留与
- 冯凯侯静戴晓港李淑娴
- 关键词：花发育基因复制
- 杨树全同胞子代苗的制备方法及其得到的杨树全同胞子代苗
- 本发明提供了一种杨树全同胞子代苗的制备方法及其得到的杨树全同胞子代苗，涉及林木培育技术领域，上述制备方法首先分别从成年杨树上采集雌、雄花枝并将花枝基部浸泡于生根剂中，随后将浸泡生根剂后的雌、雄花枝扦插在育苗基质中，待雄花...
- 戴晓港尹佟明李小平吴怀通陈赢男
- 基于454测序的碧桃花瓣组织转录组核苷酸变异被引量：2
- 2014年
- 通过对碧桃花瓣组织进行转录组测序,获得1 556 684条序列,平均读长446 bp,共计695.34 Mb数据,其中1 492 289条高质量序列经拼接后得到22 762个重叠群。以拼接后的重叠群作为参考序列,利用SNP/In Del分析软件检测碧桃花瓣组织转录组中的核苷酸变异位点,共得到9 836个SNP和1 550个In Del位点。在SNP位点中,转换占62.55%、颠换占37.45%,A/G的变异最为丰富,C/G的变异最少。在In Del位点中,有34.71%的位点为单核苷酸插入、缺失突变。
- 陈赢男戴晓港马秋月刘海琳李淑娴
- 关键词：碧桃转录组测序单核苷酸多态性
- 一种拟南芥种子采收过滤装置
- 本实用新型公开一种拟南芥种子采收过滤装置，包括采收过滤箱，该采收过滤箱从下而上依次设置有若干个向外侧扩展的台阶体，且每一台阶体上均相应设置有若干个间隔均匀的滚珠槽，每一滚珠槽中均相应放置有一可转动的滚珠，所述滚珠的上端露...
- 周芳伟陆静戴晓港
- 用于美洲黑杨和小叶杨种间杂交子代的鉴别引物和鉴定方法
- 本发明涉及生物技术领域，具体而言，提供了一种用于美洲黑杨和小叶杨种间杂交子代的鉴别引物和鉴定方法。本发明提供的用于美洲黑杨和小叶杨种间杂交子代的鉴别引物，包括含有SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2的(a)引物...
- 戴晓港尹佟明薛良交陈晨吴怀通房芝馨
- 文献传递
- 用于簸箕柳和三蕊柳种间杂交子代的鉴别引物及鉴定方法
- 本发明属于分子生物学领域，公开了一种鉴别簸箕柳和三蕊柳种间杂交子代的KASP引物组以及鉴别方法。本发明筛选出了能够鉴别簸箕柳和三蕊柳种间杂交子代的特异性引物组，采用本发明的引物组不仅可以实现两种柳树种间杂交子代的鉴定，还...
- 蔡晓凡梁青青魏铭辰戴晓港尹佟明
- 簸箕柳基因组测序及功能基因研究
- 植物全基因组测序是进行基因功能解析、研究基因表达调控和开展基因图位克隆的重要研究平台。毛果杨全基因组测序组装的完成使杨树成为木本植物研究的模式树种。但是杨树世代周期长,一般6~7年才能开花,且个体高大,作为木本植物的模式...
- 戴晓港
- 关键词：基因组测序基因组进化进化速率差异表达基因
- 文献传递
- 植物杂交装置
- 本实用新型公开了一种植物杂交装置，本实用新型的植物杂交装置包括：箱体及设置在箱体侧壁上的窗口，箱体的外壁上设置有窗户结构，窗户结构用于封闭窗口；箱体的内壁上设置有套袖结构，套袖结构包括密封部和套袖，密封部覆盖窗口；密封部...
- 戴晓港李小平吴怀通
- 文献传递
- 一种多倍体杨树的筛选方法及其专用引物
- 本发明公开了一种多倍体杨树的筛选方法及其专用引物，该方法以待筛选样品的DNA为模板，在特异性微卫星引物的引导下进行PCR扩增获得产物，对产物进行电泳，并进行基因型分析，若扩增出的等位基因数目大于或等于3个，则对应样品为多...
- 李淑娴尹佟明戴晓港渠纪腾冯凯
- 文献传递
