张宁
- 作品数：2 被引量：16H指数：2
- 供职机构：复旦大学更多>>
- 发文基金：中国博士后科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 初探低拷贝核基因在低等分类阶元系统发育重建中的适用性———以十字花科为例被引量：8
- 2012年
- 分子系统学已被广泛用于解决物种之间的亲缘关系。迄今为止,被子植物分子系统学大都采用叶绿体和线粒体基因。但叶绿体和线粒体多数采用单亲遗传方式,不能完全记录物种的进化历史。而且叶绿体和线粒体基因相对保守,可用于系统发育重建的信息有限,很难用来解决科以下类群之间的亲缘关系。相反,核基因遵守双亲遗传方式并能提供大量信息位点,但却没有得到广泛运用。本文以十字花科为例,从17种十字花科植物中得到了5个编码蛋白的单拷贝核基因序列,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法重建它们之间的亲缘关系。结果表明,和目前常用的基因相比,这些基因能提供更多的信息位点,由此得到的系统发育树具有很高的支持,利用最大简约法得到的5个核基因的系统树中各分支均得到了100%的自展支持率。结果表明,我们选取的核基因可以用来进行科、属及种间的系统发育重建。因此,这5个基因可以用来解决被子植物其它科内的亲缘关系,而且也可以作为DNA条形码研究的有效分子标记。
- 丁铭曾丽萍马红张宁
- 关键词：分子系统学十字花科MCM5MLH1
- 被子植物系统发育深层关系研究:进展与挑战被引量：8
- 2014年
- 被子植物系统发育学是研究被子植物及其各类群间亲缘关系与进化历史的学科。从20世纪90年代起,核苷酸和氨基酸序列等分子数据开始被广泛运用于被子植物系统发育研究,经过20多年的发展,从使用单个或联合少数几个细胞器基因,到近期应用整个叶绿体基因组来重建被子植物的系统发育关系,目、科水平上的被子植物系统发育框架已被广泛接受。在这个框架中,基部类群、主要的5个分支(即真双子叶植物、单子叶植物、木兰类、金粟兰目和金鱼藻目)、每个分支所包含的目以及几个大分支包括的核心类群等都具有高度支持。与此同时,细胞器基因还存在一些固有的问题,例如单亲遗传、系统发育信息量有限等,因此近年来双亲遗传的核基因在被子植物系统发育研究中的重要性逐渐得到关注,并在不同分类阶元的研究中都取得了一定进展。但是,被子植物系统发育中仍然存在一些难以确定的关系,例如被子植物5个分支之间的关系、真双子叶植物内部某些类群的位置等。本文简述了20多年来被子植物系统发育深层关系的主要研究进展,讨论了被子植物系统发育学常用的细胞器基因和核基因的选用,已经确定和尚未确定系统发育位置的主要类群,以及研究中尚存在的问题和可能的解决方法。
- 曾丽萍张宁马红
- 关键词：分子系统发育核基因系统发育基因组学
