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西藏牦牛ATGL基因克隆及生物信息学分析被引量：1: 2015年; 为了研究西藏牦牛ATGL基因的理化特性及分子结构,试验采用PCR扩增和DNA测序技术以及生物信息学分析软件对西藏类乌齐牦牛ATGL基因进行克隆测序和生物信息学分析。结果表明:西藏类乌齐牦牛ATGL基因编码区全长为1 461 bp,可编码486个氨基酸,其中A、T、G、C碱基含量分别为17.2%、17.9%29.0%、35.9%,A+T为35.1%,G+C为64.9%;相对分子质量为53 417.9,理论等电点为6.83,在构成该蛋白所编码的氨基酸中亮氨酸(Leu)和脯氨酸(Pro)的含量最高,分别为13.4%和9.5%,总的带正电(Arg+Lys)和负电(Asp+Glu)残基分别为46和47;西藏类乌齐牦牛ATGL基因编码区核苷酸序列与普通牛、野猪、人、绵羊、山羊、绿头鸭、原鸡、小家鼠的核酸序列一致性分别为99.58%、87.52%、87.78%、96.26%、95.93%、67.63%、64.44%、82.65%;西藏类乌齐牦牛ATGL基因编码氨基酸序列与普通牛、野猪、人、绵羊、山羊、绿头鸭、原鸡、小家鼠的氨基酸序列一致性分别为99.79%、87.45%、87.66%、95.06%、96.09%、73.14%、69.56%、87.53%;ATGL蛋白为不稳定的跨膜蛋白,无信号肽;其二级结构主要以α-螺旋、β-折叠以及无规卷曲为主,其中94个氨基酸残基参与了16个α-螺旋的形成(占39.11%),35个氨基酸残基参与了9个β-折叠的形成;在三级结构中,其N端存在1个Patatin结构域。说明西藏牦牛ATGL基因在编码区序列存在明显的碱基偏倚性,在进化关系上ATGL基因无论核苷酸序列还是氨基酸序列都有较高的保守性。; 杨琴柴志欣宋乔乔张思源陈攀攀廖珂钟金城; 关键词：西藏牦牛克隆测序生物信息学分析

犏牛和牦牛睾丸的细胞特异基因表达研究: 牦牛和普通牛的种间杂种犏牛雄性不育是牦牛杂交改良中的一大难题。本研究运用新一代高通量测序技术(RNA-seq)对健康成年牦牛和犏牛的睾丸组织进行转录组测序,分析两者睾丸组织中特异标记基因的表达差异状况。结果表明：①肌样细...; 曾贤彬姬秋梅马志杰刘仲娜杨琴宋乔乔钟金城; 关键词：犏牛牦牛标记基因精子发生

西藏牦牛线粒体DNA的遗传多样性及系统进化分析被引量：13: 2014年; 为从分子水平上探究西藏牦牛类群的遗传多样性、亲缘关系,本研究测定了日多牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、错那牦牛、隆子牦牛、仲巴牦牛、聂荣牦牛、申札牦牛等8个西藏牦牛类群共328头牦牛mt DNA D-loop区序列,分析其多态性,构建系统进化树。结果表明:本次测定的西藏牦牛mt DNA D-loop区序列长度为887-895 bp,共检测到135个变异位点,其中单态突变位点52个,简约信息位点83个。在328个个体中共检测出91种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(π)分别为0.884、0.010 27,显示西藏牦牛具有丰富的遗传多样性。8个类群间平均遗传距离为0.011;日多牦牛与错那牦牛间遗传距离最小(0.006);类乌齐牦牛与隆子牦牛间遗传距离最大(0.015)。系统进化分析显示西藏牦牛可分为两大类,错那牦牛是较纯的牦牛类群,其它牦牛类群在进化过程中出现相互交流的情况。; 宋乔乔钟金城张成福信金伟姬秋梅柴志欣; 关键词：西藏牦牛 MT D-LOOP区系统进化

西藏牦牛mtDNA COⅢ基因的序列测定及系统进化关系: 牦牛(Bos grunniens)是分布于青藏高原海拔3 000-5500 m,对高寒、缺氧、枯草期和冰封期等极端生态环境具有极强适应能力的特有畜种。动物线粒体DNA (mitochondrial DNA,mtDNA)具...; 宋乔乔赵上娟姬秋梅柴志欣张成福信金伟钟金城; 关键词：西藏牦牛 MTDNA 系统进化

基于转录组测序对犏牛和牦牛睾丸组织的分析研究: 牦牛与普通牛的种间杂种犏牛雄性不育机理一直是畜牧科学研究的热点之一,关于犏牛雄性不育机理,国内外学者从解剖生理学、内分泌学、组织形态学、细胞遗传学、生物化学、分子遗传学等方面进行了许多研究,但至今尚未得到确切的、有说服力...; 钟金城姬秋梅柴志欣刘仲娜曾贤彬宋乔乔杨琴马志杰; 关键词：犏牛牦牛转录组差异表达分析

哺乳动物低氧适应性基因EGLN1的密码子偏好性与聚类分析被引量：6: 2014年; 为了研究哺乳动物低氧适应性基因EGLN1的密码子偏好性和进化关系,试验采用多种分析软件对18种哺乳动物的EGLN1基因进行了分析。结果表明:18种哺乳动物共同偏好使用的密码子有7个,藏羚羊和山羊偏向使用以A或U结尾的密码子,其余物种均偏向使用以G或C结尾的密码子。EGLN1基因在不同物种编码时偏好使用的密码子存在差异;AGU、CUU、CCA、GCU是野牦牛、藏羚羊、山羊共有的偏好性密码子;UCU、AGU、CUU、CCA、GCU、GAA、GCU是藏羚羊、山羊共有的偏好性密码子;CCA、GCU、AAA是藏羚羊、马共有的偏好性密码子;这些密码子主要在野牦牛、藏羚羊、山羊、马中偏好使用,在其他物种中使用较少。野牦牛对编码Tyr、Cys的密码子没有偏好性,藏羚羊、山羊对编码Asn的密码子没有偏好性。基于EGLN1基因密码子偏好性的聚类与基于EGLN1基因CDS序列的分类结果不完全一致,总体上亲缘关系相近的物种密码子偏好性差异小。说明密码子使用的偏好性可以作为物种分类的一种指标。; 宋乔乔钟金城; 关键词：哺乳动物遗传密码密码子偏好性聚类分析

麦洼牦牛SRY基因克隆及序列分析被引量：5: 2013年; SRY是Y染色体上具体决定生物雄性性别的基因片段,是多数哺乳动物性别决定基因之一。本试验采用克隆测序SRY基因并结合生物信息学对其序列进行分析,利用软件Codon W分析麦洼牦牛、普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡和人该基因编码区的密码子偏好性。克隆测序得到SRY基因序列含1个690bp的开放阅读框,共编码229个氨基酸;其编码区核苷酸序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、小鼠、鸡、人相应序列间的一致性分别为99.9%、93.9%、91.2%、76.5%、43.3%、21.4%、69.1%。经聚类分析,麦洼牦牛首先与普通牛聚在一起,绵羊与山羊聚为一类,这两类相聚后再依次与猪、人、小鼠相聚,最后与鸡聚为一类,其结果与以往的生物学分类结果一致。该基因编码的蛋白质分子式为C1155H1827N351O348S11,相对分子质量为2655.0,理论等电点PI为9.55,亲水性平均数为-0.855。其密码子偏好性分析显示,T3s为0.2905、C3s为0.3240、A3s为0.3728、G3s为0.2963,第3位碱基中出现G和C占第3位碱基总量的48%,同义密码子数为61。上述数据表明麦洼牦牛SRY基因编码序列与普通牛、绵羊、山羊、猪、人具有较高的一致性,在物种进化过程中较为保守。该基因对含A的密码子有较高的偏爱性,尽量避开以G结尾的密码子,且其所编码的蛋白质为亲水性蛋白。; 刘仲娜钟金城柴志欣马志杰曾贤彬宋乔乔; 关键词：麦洼牦牛 SRY基因聚类分析密码子偏好性

犏牛精子发生阻滞的比较转录组研究被引量：9: 2014年; 犏牛是牦牛与普通牛的杂交后代,其雄性不育是牦牛杂交改良中的一大难题.运用高通量测序技术对健康成年犏牛和牦牛的睾丸组织进行转录组测序和比较研究,探讨了犏牛激素调节、精子发生及细胞凋亡等相关基因的表达情况.结果表明,犏牛、牦牛睾丸组织中分别有17784和18529个基因表达,在犏牛中表达显著上调和下调的基因分别有5000和4089个.犏牛睾丸组织中睾酮合成相关基因和抑制素基因表达均显著上调,认为前者的表达上调可能促进睾丸内睾酮分泌和后者的表达,而后者的表达上调可能分别抑制和几乎不影响脑垂体前叶合成、分泌促卵泡刺激素和黄体生成素.比较睾丸组织中细胞标记基因在两种牛间的表达差异,发现犏牛精原干细胞、支持细胞、间质细胞、肌样细胞(睾丸纤维化)和已分化精原细胞的标记基因分别呈显著表达上调和下调,而减数分裂后期或精子形成期呈极显著下调.精原干细胞自我更新与分化异常可能导致犏牛精子发生障碍,认为其与视黄酸信号通路障碍密切相关.Syce3,Fkbp6和Dmrt7等在犏牛睾丸组织中极显著表达下调与同源染色体间、尤其是性染色体间的联会复合体数量减少有关.Spo11和Dmc1分别参与双链断裂和同源修复过程,其在犏牛睾丸中表达下调分别可能使联会复合体减少和同源修复失常.参与高度浓缩细胞核的相关基因,尤其是Tnp2,Hmgb4和H1fnt等几乎不表达,其调控表达基因Crem,GRTH/DDX25等极显著表达下调,该现象与犏牛生精细胞最终只能分化至圆形精子细胞阶段的结果相符.促凋亡相关基因,如p53,TNF-α,Trail,Bmp8b,Bax,Caspase-3,Caspase-6和Caspase-7表达均显著上调,而抑凋亡基因,如survivin,Bcl-2等显著下调,这可能是导致犏牛睾丸组织中有更多的生精细胞发生凋亡的原因之一.通过对生殖相关基因的表达分析研究,为揭示犏牛雄性不育机理以及牦牛�; 曾贤彬柴志欣王永马志杰杨琴宋乔乔钟金城; 关键词：犏牛牦牛睾丸转录组精子发生

牦牛分子育种研究进展被引量：5: 2013年; 系统阐述了开展牦牛分子育种的必要性、研究内容与特点,牦牛生长发育、繁殖、肉质、泌乳、抗病、毛色等性状的相关候选功能基因的研究进展,以及DNA分子多态性及其与生产性状的相关性,分析了牦牛分子育种研究和应用中存在的问题,提出了今后开展牦牛分子育种的思路。; 宋乔乔柴志欣钟金城; 关键词：牦牛分子育种分子遗传标记

西藏牦牛mtDNA ATP8全序列测定及遗传多样性分析被引量：1: 2015年; 对西藏16个牦牛类群共367头个体的mt DNA ATP8（Adenosine Triphosphate 8）基因进行克隆及序列分析。结果表明,西藏牦牛mt DNA ATP8基因全长201-203 bp,T、C、A和G 4种核苷酸的平均比例分别为29.3%、23.0%、41.8%和6.0%,A＋T含量明显高于G＋C,表现出一定的碱基偏倚性;在367头牦牛中,共检测到19个变异位点,其中单一信息位点15个,简约信息位点4个,存在转换和插入2种变异类型,碱基替换中存在转换73次,以A/G、T/C为主,占98.63%;在插入变异类型中以A碱基插入为主;367头牦牛共捡出20种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性指数分别为0.332和0.001 89,说明西藏牦牛具有较贫乏的遗传多样性;聚类分析显示,西藏牦牛可分为2类,其中桑日牦牛、类乌齐牦牛和桑日牦牛为1类,其余牦牛类群为另1类。20种单倍型可以分为2个聚类簇（I和Ⅱ）,其中聚类簇I包含17种单倍型,占全部单倍型数的77.27%,包含了本次研究中的所有西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有3种单倍型,囊括了除错那、嘉黎、康布和帕里类群外的12个类群,显示西藏牦牛存在2个母系起源。; 杨琴柴志欣姬秋梅张成福信金伟宋乔乔钟金城; 关键词：西藏牦牛线粒体DNA

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宋乔乔

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