基于19个自然群体和10个栽培群体共359个个体的核糖体内转录间隔区（nr DNA ITS）序列分析,研究秦岭地区核桃的群体遗传多样性、群体遗传结构及单倍型地理分布。359条ITS序列上共有18个单倍型,表现出较低的遗传多样性（Hd=0.274,π=0.005 5）,群体间单倍型遗传多样性差异较大（Hd=0-0.679,π=0-0.017）。Network单倍型网络分析表明,单倍型14和单倍型7比较原始,且栽培群体与自然群体之间对古老单倍型H14与H7有着明显的共享现象,基因流较强（Nm=48.62）。综合中性检验及失配分析的结果,可推断在近期历史上秦岭地区核桃没有发生过群体扩张事件。AMOVA分析结果显示,秦岭地区自然核桃群体遗传变异主要存在于群体内（53.4%）,群体间遗传分化水平较低（GST=0.067）。单倍型最大简约树和邻接树均可将18个单倍型及所有核桃群体分成两大支。
