马洁
- 作品数：19 被引量：36H指数：3
- 供职机构：北京蛋白质组研究中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 神经网络自编码器算法在癌症信息学研究中的应用被引量：1
- 2021年
- 癌症已经被广泛认为是高度异质性的疾病,癌症的早期诊断、分型和预后已成为癌症研究的关注重点。在大数据时代,对海量癌症生物医学数据进行高效的数据挖掘是生物信息学面临的重要挑战。自编码器(Autoencoder)作为神经网络的一种典型模型,能够通过无监督的方式高效地学习输入数据的特征,进而对生物数据进行整合与挖掘。文中首先介绍了自编码器模型结构并阐述其工作流程,之后结合多种类型的生物医学数据总结自编码器在癌症信息学研究领域的进展,并展望其发展趋势及应用方向。
- 李晓马洁马洁朱云平
- 关键词：癌症神经网络特征提取
- 基于机器学习的蛋白质相互作用文献挖掘方法研究进展被引量：4
- 2016年
- 蛋白质相互作用是生物体内一类极其重要的分子活动.自动挖掘、整合生物文献中的蛋白质相互作用有助于生物学的研究,获得了人们的广泛关注,成为生物文献挖掘领域的重要任务之一.目前,基于机器学习的蛋白质相互作用挖掘方法已经取得了很大进步,对该领域的进展进行归纳总结将有助于方法的进一步优化和应用.本文在对机器学习方法构建流程介绍的基础上,进一步从机器学习的分类器、学习特征、方法评估以及挖掘系统4个方面对蛋白质相互作用文献挖掘进行系统总结,并探讨了其发展前景.
- 李满生常乘马洁朱云平
- 关键词：蛋白质相互作用
- 肠道病毒71型疫苗研究进展被引量：2
- 2015年
- 肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)是引起儿童手足口病的主要病原体之一,其感染可在少数患者中引起严重的神经系统综合征甚至导致死亡。自20世纪90年代后期在东南亚地区暴发以来,EV71感染已成为严重威胁全球,尤其是亚太地区儿童健康的公共卫生问题之一。尽管目前临床上尚无针对EV71的安全有效的疫苗,但多个灭活疫苗已进入或完成临床研究,减毒活疫苗、亚单位疫苗、病毒样颗粒疫苗等新型疫苗也显示出良好的发展前景,该文综述了EV71疫苗的最新研究进展。
- 马洁邓永强秦成峰秦鄂德
- 关键词：肠道病毒71型灭活疫苗减毒活疫苗亚单位疫苗
- 基于Attention Bi-LSTM模型构建蛋白质诱饵序列库被引量：2
- 2020年
- 利用计算机技术在海量质谱数据中鉴定蛋白质序列是蛋白质组学研究最基本且重要的任务之一,诱饵序列库构建的好坏是蛋白质鉴定质量控制成功的关键之一。发展了基于注意力机制-双向长短期记忆神经网络(Attention Bi-LSTM)的诱饵序列构建方法,整体研究基于编码-解码框架,采用双向长短期记忆神经网络在解决传统循环神经网络梯度消失问题的同时,可以捕获前向后向更多依赖信息对处理序列数据更加有优势;引入注意力机制提高模型对目标序列库和诱饵序列库相关程度的关注度;并与目前常用的随机和反转算法进行比较。结果显示,基于Attention Bi-LSTM模型构建的诱饵序列库能满足理想诱饵序列库的各项特征要求;在不同大小实验数据集以及谱图、肽段、蛋白3个层面对比分析,显示构建的诱饵序列库与其他方法比具有更好的灵敏性。因此,Attention Bi-LSTM是一种很有潜力的诱饵序列库构建方法。
- 曾祥利马洁朱云平舒坤贤
- 关键词：蛋白质鉴定
- 蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略被引量：7
- 2007年
- 当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大,而新蛋白质鉴定更是其中一个重要的内容.新蛋白质鉴定是蛋白质鉴定的一个方面,新蛋白质的定义按照序列和功能的已知程度分为3个层次;以蛋白质鉴定的方法为基础,目前新蛋白质鉴定的方法可分为denovo测序和相似序列搜索结合的方法以及搜索EST、基因组等核酸数据库的方法2大类;两者各有利弊.存在各自的问题和相应处理的策略.不同的研究者可以根据具体目的应用和发展不同的鉴定方法,同时新蛋白质的鉴定也将随着蛋白质组学研究的发展而更加完善.
- 马洁吴松锋朱云平
- 关键词：蛋白质组学数据库搜索
- 一种可用于评估肽质量指纹谱数据的方法--反转错位数据库被引量：1
- 2008年
- 反转数据库常被用于估算大规模蛋白质组研究中串联质谱搜索数据库结果的可靠性。然而,对于经典的且现在依然在产出的肽质量指纹谱的数据,这种方法并不适用。为解决该问题,构建了另外一种随机数据库,称为反转错位数据库。这种数据库是在反转数据库的基础上,将序列中的K和R及其后的氨基酸交换位置(对于胰蛋白酶切割的结果)获得。这种处理避免了某些肽段因前后胰蛋白酶酶切位点氨基酸相同而在序列反转后质量依然不变,导致肽质量指纹谱法无法区分的问题。通过串联质谱和肽质量指纹谱测试数据的搜索结果,证明了这种方法同时适用于串联质谱和肽质量指纹谱的数据。这种方法扩大了经典反转数据库的适用范围,将对评估和整合串联质谱和肽质量指纹谱的数据具有重要意义。
- 吴松锋薛晓芳张纪阳应万涛马洁钱小红朱云平贺福初
- 关键词：蛋白质组肽质量指纹谱
- 基于质谱技术筛选差异表达蛋白的统计学策略研究进展
- 2015年
- 随着质谱技术的快速发展,蛋白质组学已成为继基因组学、转录组学之后的又一研究热点,寻找可靠的差异表达蛋白对于生物标记物的发现至关重要.因此,如何准确、灵敏地筛选出差异蛋白已成为基于质谱的定量蛋白质组学的主要研究内容之一.目前,针对该问题的研究方法众多,但这些方法策略的适用范围不尽相同.总体来说,基于质谱技术筛选差异蛋白的统计学策略可以分为3类:基于经典统计学派的策略、基于贝叶斯学派的统计检验策略和其他策略,这3类方法有各自的应用范围、特点及不足.此外,筛选过程还将产生部分假阳性结果,可以采用其他方法对差异表达蛋白的质量进行控制,以提高统计检验结果的可靠性.
- 王锦霞常乘马洁吴松锋庄举娟朱云平
- 关键词：质谱蛋白质组学差异表达蛋白
- 宿主microRNA靶向介导的减毒活疫苗研究进展被引量：1
- 2014年
- 疫苗是预防病毒性传染病的最有效手段,包括减毒活疫苗、灭活疫苗、核酸疫苗和基因工程疫苗等。减毒活疫苗模拟了病毒的感染过程,能有效诱导机体产生体液和细胞免疫应答,在临床上得到广泛应用。传统的减毒活疫苗一般通过连续传代获得,研发成本高。微小RNA(microRNA,miRNA)靶向调节是新近发现的宿主调控基因表达的重要手段,具有明确的组织特异性和种属特异性。通过反向遗传学技术能够将特异的宿主miRNA靶向序列有效整合入病毒基因组,从而实现对病毒生物学特征的有效调节,在减毒活疫苗设计与研发领域有着良好的应用前景。该文综述了miRNA靶向介导的减毒策略及其在疫苗设计中的研究进展。
- 刘龙李晓峰马洁秦成峰
- 关键词：减毒活疫苗MICRORNA靶序列基因沉默
- 基于谱图库的蛋白质鉴定策略研究进展
- 2018年
- 基于质谱的蛋白质组学快速发展,蛋白质质谱数据也呈指数式增长。寻找速度快、准确度高以及重复性好的鉴定方法是该领域的一项重要任务。谱图库搜索策略直接比较实验谱图与谱图库中的真实谱图,充分利用了谱图中的丰度、非常规碎裂模式和其他的一些特征,使得搜索更加快速和准确,成为蛋白质组学的主流鉴定方法之一。文中介绍基于谱图库的蛋白质组质谱数据鉴定策略,并针对其中两个关键步骤——谱图库构建方法和谱图库搜索方法进行深入介绍,探讨了谱图库策略的进展和挑战。
- 蔚德睿马洁解增言白明泽朱云平舒坤贤
- 关键词：蛋白质鉴定串联质谱
- 基于TCGA数据预测肿瘤代表性新抗原的一种生物信息学新方案
- 2019年
- 肿瘤的特异性基因突变是肿瘤免疫疗法的理想靶标,突变的基因在健康组织中缺乏表达,而且具有高度免疫原性,容易被免疫系统识别。肿瘤患者突变基因组的高度特异性使得个体化免疫治疗存在极大挑战,而每一种肿瘤都具有区别于其他肿瘤的代表性的基因突变特征,基于这些突变特征,有可能开发出特定肿瘤适用的免疫治疗策略。文中提出一个兼顾抗原胞内呈递和与胞外MHC分子结合能力的肿瘤新抗原预测策略,整体设计更为合理;相对于常规方法,能够大幅缩小实验验证的范围。基于该策略,利用TCGA数据库中多种肿瘤的基因突变数据进行肿瘤新抗原预测并预测到大量潜在的肿瘤新抗原。肿瘤新抗原的预测结果显示出肿瘤类型的特异性,并且在特定肿瘤数据集中能够覆盖20%–70%不等比例的肿瘤患者。文中提出的肿瘤新抗原预测方案在未来的肿瘤临床治疗上具有潜在的应用价值。
- 黄传玺马洁马洁吴琛
- 关键词：基因突变免疫治疗
