霍红卫 作品数:47 被引量:317 H指数:10 供职机构: 西安电子科技大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 陕西省自然科学基金 国家教育部博士点基金 更多>> 相关领域: 自动化与计算机技术 理学 经济管理 生物学 更多>>
SegHMC:一种基于Segmental HMM模型的顺式调控模块识别算法 2016年 顺式调控模块(Cis-regulatory module,CRM)在真核生物基因的转录调控中起着重要作用,识别顺式调控模块是当前计算生物学的一个重要课题.虽然当前有许多计算方法用于识别顺式调控模块,但识别准确率仍有待进一步提高.将顺式调控模块的多种特征信息结合在一起,有助于提高识别顺式调控模块的准确率.基于此,本文提出了一种识别顺式调控模块的算法Seg HMC(Segmental HMM model for discovery of cis-regulatory module).该算法建立了一种关于顺式调控模块识别问题的Segmental HMM模型,进一步扩展了顺式调控模块调控结构(或调控语法)的表示,不仅将顺式调控模块表示为模体(Motif)的组合,还进一步将模体共同出现的频率、模体顺序偏好以及顺式调控模块中相邻模体间的距离分布等特征引入到顺式调控模块的调控语法中.在模拟数据集和真实生物数据集上的实验结果表明,本文方法识别顺式调控模块的准确率显著优于当前的主要方法. 郭海涛 霍红卫 于强关键词:SEGMENTAL HMM 遗传算法在图论和优化中的应用 图论和优化中的许多问题是NP-完全问题,也是科学和工程计算中重要的基本的问题 .将遗传算法与启发式算法、邻近搜索方法结合解决这类问题,是遗传算法的主要研究领域之一.该文对跗算法的基本理论进行了较学入研究,同时对图论和优化... 霍红卫关键词:遗传算法 图论 启发式算法 遗传算子作用机理分析及其改进 被引量:5 1999年 文中分析了遗传算子的作用机理 ,指出了随机性的标准遗传算法的不足之处 从遗传算法角度来看 ,虽然随机交叉方式增强了开辟新的、可能是有用的搜索空间的能力 ,但由于缺乏对可能的交叉效果 (子代质量 )方面的考虑 ,也会带来交叉的有效性以及优化效率不太理想等方面的问题 为此引入了基于交叉机制的小生境技术 对于提高交叉后子代的质量和拓广交叉后子代具有多样性有一定的意义 提出了共享函数和共享度的概念 所提出的共享函数的概念限制了群体内某一特殊“物种”的无控制的增长 。 霍红卫 许进 保铮关键词:遗传算子 遗传算法 时序逻辑定理证明系统及其硬件验证应用 霍红卫一种属性图的压缩索引及查询方法 本发明公开了一种属性图的压缩索引及查询方法,应用于属性图数据库系统,属性图数据库系统维护的属性图包括由多个顶点、边以及它们对应的属性,方法包括:根据属性图构建每个顶点的邻接表;根据每个顶点的邻接表构建图结构的压缩结构;根... 霍红卫 何宗涛 王利 彭延国 崔江涛网格计算机上的映射方法研究 1999年 本文提出了将分治计算映射到支持虫蛀和存储转发模式的网格连接计算机上的反射映射方法。这一方法不仅利用二项树通信步中的规则性,而且利用了二项树拓扑结构的规则性。本文还引入了并行计算时所出现的通信开销评价标准。分析表明,此方法对支持虫蛀模式是最优的。 霍红卫关键词:数据结构 映射 网格计算机 一种可扩展标记语言模式匹配方法 本发明公开一种可扩展标记语言模式匹配方法,用于解决现有技术在模式表示形式、发现复杂匹配、匹配效率等方面的问题,其步骤为:输入可扩展标记语言模式;构建模式树;构造序列结构;对所有元素进行名称、数据类型和基数约束匹配,得出所... 霍红卫 郭海涛 高培 张懿璞 于强 孙春晓 郭鸿志文献传递 用逻辑程序设计语言验证电路的设计 霍红卫 韩俊刚 冯来义关键词:电路设计 逻辑设计 程序设计 程序语言 时序电路 改进Web结构挖掘算法 <正>1 引言随着Internet的飞速发展,World Wide Web 上的网页数量也以指数级的速度在增长,根据最新的研究报告显示,截至2005年1月份,全球的网页数量已超过115亿,数量庞大的网页为人们提供了丰富的... 霍红卫 江裕民关键词:HYPERLINK HITS VSM 文献传递 PHGA-COFFEE:多序列比对问题的并行混合遗传算法求解 被引量:17 2006年 设计了一个求解多序列比对问题的并行混合遗传算法(与之相应的软件称为PHGACOFFEE).该算法采用COFFEE函数作为个体的适应度函数,构造了六种遗传算子,特别是设计了两种新颖的变异算子,其中一种变异算子基于COFFEE的一致性信息设计,以改善算法的整体搜索能力.另一种变异算子基于动态规划方法设计,以增强其局部搜索能力.通过对BAliBASE中144个测试例的测试,证明该算法是有效的.与已有的算法相比,该算法对处于朦胧区和具有N/C末端延伸的序列比对问题有更强的问题求解能力.同时通过对算法并行化,其运行时间显著缩短. 刘立芳 霍红卫 王宝树关键词:多序列比对 并行混合遗传算法