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邓笋根: 作品数：21 被引量：14H指数：3; 供职机构：中国科学院计算机网络信息中心更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划中国科学院信息化专项项目更多>>; 相关领域：自动化与计算机技术天文地球理学更多>>

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克希霍夫偏移成像分块策略对文件I/O的影响: 2014年; 现在三维地震勘探数据通常都在TB量级，地震勘探处理中文件I/O的时间花费越来越引起了人们的关注。常规的偏移成像算法分块通常按照先inline再xline的顺序来分块，这样分块看上去比较简单直接，而且算法实现上比较容易。但这样分块会导致整个偏移过程中总的文件I/O量与原输入数据相比特别大。常规分块算法对小规模地震数据文件处理时，增加的文件I/O所花费的时间与偏移的时间相比不是很明显，因此因分块导致的文件I/O量的增加常常被人们所忽视。当处理的地震数据量大时，如现在的TB量级的三维地震数据，常规的分块算法导致I/O量的增加就突出了，通常达到了原数据的700~800倍，相当于读入700~800TB的数据，由此所消耗的读取时间也是惊人的，若换算到由单结点去读取，则需要花费4个月的时间。为此，我们提出二维分块算法，其基本思想来源于偏移成像的有效地震道分布依赖于定义的偏移孔径，将成像分块的方式从常规的inline优先改为inline和xline方向同等，形成一个个接近正方形的成像区域。在结点能装载的成像区域同等情况下，二维分块算法完成成像所需要读入的地震道数量比常规分块算法要明显的少。; 邓笋根; 关键词：地震勘探 KIRCHHOFF叠前时间偏移 I/O

基于PSWAT的水文模拟平台的设计与实现: 2014年; 我们在中国科学院超级计算环境提供的云服务开发接口的基础上,研究和实现了基于PSWAT(Parallel Soil and Water Assessment Tool)的水文模拟Portal系统,该系统能够方便快速的处理PSWAT水文应用,提供了作业提交、查询、状态实时查看、结果文件的批量下载以及流水线工具等功能。测试和实际应用表明,该水文模拟平台具有简单易用、符合研究人员操作习惯等特性,方便用户高效、安全的完成计算任务。; 黄志明陆忠华陈曦邓笋根; 关键词：水文模拟

国内外科学工作流综述研究被引量：4: 2014年; 科学工作流管理系统(Scientific Workflow Management Systems,SWfMS)为科学家提供一个对复杂科学计算流程进行描述、运行、重运行和监控的有效平台,向科学家隐藏了底层与计算相关以及与数据操作的相关细节,从而减轻了科学家的负担,提高了科学家进行科学发现的效率。本文对国内外围绕科学工作流(Scientific Workflow,SWF)开展的若干关键技术进行了综述,介绍了SWF语言、SWF流程组合以及来源管理等,并对近期的最新研究进行了分析,在此基础上指出了该领域存在的一些不足,给出了一些建议。; 吴响邓笋根陆忠华; 关键词：科学工作流

克希霍夫偏移成像分块策略对文件I/O的影响: 通过分析叠前偏移中不同分块算法对文件I/O的影响：对小数据而言，不同分块算法对I/O产生的影响不太明显；对现在的地震勘探来说，三维偏移成像数据通常都是TB量级，不同分块所花费的时间是可观的。常规分块算法主要集中考虑各结点...; 邓笋根; 关键词：地震勘探数据处理 I/O性能

并行飞机气动模拟工作台软件设计: 2016年; 针对主流计算流体力学软件计算精度低、并行规模受限等问题,在中国计算流体力学软件CCFDV1.0的基础上,设计一种新的工作台软件。基于开放服务网关协议原理,采用微内核+插件的架构实现批处理作业、双模式控制参数设置、计算过程监控等功能的用户友好操作界面,通过集成7个核心求解模块和一个优化设计模块,提高软件的并行规模。实验结果表明,与主流计算流体力学软件相比,该软件具有较高的计算精度,且并行规模较大。; 吴响张鉴邓笋根陆忠华胡晓东; 关键词：计算流体力学多目标优化

数值天气预报一体化平台构建: 2016年; 在计算资源受限的情况下,基于超级云计算技术,实现总中心为"云"、各分中心为"端"的数值天气预报一体化平台,实现低精度数值天气预报在"云"进行模拟,高精度数值天气预报在"端"进行模拟,二者异地协同计算;根据不同的环境,提出3种远程离线并行网格嵌套算法和相应的积分控制技术。结合实际平台测试与使用,对功能和易用性测试进行分析,验证了算法的有效性和系统的可行性。; 张博尧刘纯陈亭姜金荣邓笋根; 关键词：并行计算

克希霍夫时间偏移在GPU集群上的MPI/CUDA混合编程实现被引量：2: 2012年; 本文介绍了二维／三维克希霍夫时间偏移计算在GPU集群上的MPI／CUDA混合编程实现。系统的主体结构基于经典的主从模式，采用MPI进程-pthread线程-CUDA线程三个层次的并行架构，以及CPU／GPU协同计算并行架构和策略来设计实现。每个计算节点由一个多核CPU和多个GPU设备组成。输入数据在主节点上载入，平均分配到从节点上，存储到相应的磁盘空间内，并根据各节点的可用资源将数据划分为多块。每个从节点分别接收主节点发送的数据并存储到本地磁盘上的临时文件内。根据检测到的可用GPU设备数，每个从节点上创建同样数目的线程来一对一控制各个GPU。各从节点上每个数据块再进一步划分为大小相等的块一一分配给各个线程，由每个线程逐道在CPU上预处理后传送到GPU上处理，道内的各成像点分别由各CUDA线程并行处理。每个数据块偏移由每个线程内的相关道累加计算而得，结果返回到主节点上累加后输出到磁盘文件内。在实现过程中，采用CPU／GPU协同计算以及线}生插值走时的方式来进一步提高性能。系统性能在一典型异构GPU集群上测试，每个节点由一个配置8GB内存的四核CPU，以及配置6GB显存的C1060型号的GPU组成。对于不同的规模和积分计算模式，在该平台上的测试结果表明，本文实现的系统的性能对于包含相同计算节点数、每个节点上4个线程并行计算的MPI版本，可以达到平均约5～10倍的加速。; 刘芳邓笋根聂宁明王彦棡王珏; 关键词：MPI CUDA

国家高性能计算环境的虚拟数据空间运行支撑技术研究被引量：3: 2021年; 国家高性能计算环境的特点是广域分散、系统异构、存储资源隔离自治,这对存储设备管理、数据跨域共享等提出了极大的挑战。首先阐述了虚拟数据空间系统的概念,然后分析了其作为国家高性能计算环境的一部分,如何通过视图访问、数据共享、计算环境对接有效降低跨域的访问开销;接着通过模块化方式将虚拟数据空间系统与国家高性能计算环境进行深度的融合,将其功能补充到国家高性能计算环境中;最后通过统一的虚实空间用户管理框架实现了跨域统一、透明安全的存储服务和对大型计算应用的支撑,这对于国家高性能计算环境的发展具有十分重要的意义。; 何小雨邓笋根栾海晶牛北方; 关键词：数据分布用户视图环境集成

一种科学计算网格的门户网站结构: 一种科学计算网格的门户网站，其建设的最终目标就是为了给用户提供一个为高性能计算定制的、易用的、完全基于浏览器的科学计算环境。该门户网站是建立在网格中间件GlobusToolkit 2.0的基础上的，基本上利用了它的整套安...; 迟学斌武虹肖海力邓笋根张宏海; 文献传递

一种基于MCMC的并行分类方法: 本发明公开了一种基于MCMC的并行分类方法，包括：根据初始状态计算似然估计；根据似然估计计算出参数的后验概率；根据后验概率进行MCMC模拟运算，以当前状态为基础，产生新状态；根据新状态计算接受概率，并产生第一随机数，当第...; 迟学斌周纯葆郎显宇王珏邓笋根; 文献传递

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