徐建凯
- 作品数：11 被引量：15H指数：2
- 供职机构：哈尔滨医科大学更多>>
- 发文基金：黑龙江省高等教育教学改革工程项目黑龙江省卫生厅科研项目黑龙江省科技攻关计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术生物学文化科学更多>>
- 基于基因表达变异性的通路富集方法研究被引量：1
- 2013年
- 当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同表型中存在差异.本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响.研究结果表明:5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法 11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA).综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角.
- 贾晓东陈秀杰吴欣徐建凯谭福建刘香琼刘磊杨瑞智
- 关键词：通路
- 红松松塔水提物对小鼠自然杀伤细胞活性的影响被引量：6
- 2009年
- 目的①探讨红松松塔水溶性物质提取的最佳工艺;②探讨红松松塔水溶性物质对小鼠自然杀伤细胞(natural killing cells)活性的影响。方法①采用L9(34)正交实验设计法,以质量提取率为指标,优选红松松塔水溶性成分提取的最佳工艺;②用体外和体内给药的方式,采用乳酸脱氢酶(LDH)释放法考察红松松塔水溶性成分对小鼠自然杀伤细胞活性的影响。结果①提取的最佳工艺为:红松松塔的粉碎粒度为20目,提取时间为1h,提取次数为1次,料液比为1∶8;②红松松塔提取物经大孔吸附树脂分离后,经体内外实验研究发现:在体外实验中红松松塔水提物(包括总提物、水洗脱物和乙醇洗脱物)能提高小鼠自然杀伤细胞的活性;在体内实验中,红松松塔总提物和乙醇洗脱物均能明显提高小鼠自然杀伤细胞的活性,而水洗脱物没有此效果。结论红松松塔水溶性物质能够增强机体的自然杀伤细胞活性,即是能够增强机体的固有免疫力。
- 屈东香陈秀杰刘永胜窦智磊刘磊徐建凯刘思博
- 关键词：自然杀伤细胞
- 多效位点与共转录调控的关联研究
- 基于微阵列的基因表达谱技术为研究全基因组范围的转录调控以及解释潜藏在其背后的遗传机制提供了强大而有力的技术平台。整合对分子谱和数量性状的遗传信息,不但能够探测出影响复杂性状的数量性状位点,同时还有助于理解其影响了哪些基因...
- 徐建凯
- 关键词：基因表达谱EQTLIBD复杂疾病
- 木犀草素及其前体药物的动力学研究
- 陈秀杰刘磊吴欣徐建凯李霞杨瑞智
- 木犀草素有显著的扩血管和抗心肌缺血作用，但在体内存在首过效应，导致生物利用度低，限制了口服制剂的研发，该项目以木犀草素为研究对象合成了一系列的乙酰化产物，并根据药理追踪实验结果重点研究了四乙酰化木犀草素，发现四乙酰化木犀...
- 关键词：
- 关键词：木犀草素药物动力学口服制剂
- 《计算机辅助药物设计》项目式教学实践被引量：5
- 2013年
- 《计算机辅助药物设计》是现代药物研发的前沿和热门学科,它不仅是新兴的交叉理论学科,而且具有很强的实践性,因此在生物信息学本科专业开展项目式教学是专业发展的必然。本文从教学内容设计、教学方法、成绩考核等方面,对课程建设进行了探索与实践。
- 徐建凯陈秀杰刘磊杨瑞智
- 关键词：计算机辅助药物设计项目式教学教学改革
- EPO/EPOR-JAK2-STAT5信号传导通路在成釉细胞瘤中表达意义的研究被引量：1
- 2013年
- 目的:促红细胞生成素(EPO)及其受体(EPOR)具有促进细胞分裂、生存、肿瘤血管新生以及肿瘤细胞的侵润和转移等多种生物学功能。EPO/EPOR激活的蛋白酪氨酸激酶-2(JAK2)、信号转导子和转录激活子5(STAT5)这一信号传导通路导致头颈部鳞癌的侵润,但在成釉细胞瘤中的作用尚不明确。本文将探讨EPO/EPOR-JAK2-STAT5信号通路在AB中的表达及意义,进一步探索AB的发病机制。方法:应用免疫组化法检测9例牙胚(TG)、10例牙源性角化囊肿(OKC)和36例成釉细胞瘤(AB)中上述四种蛋白的表达。结果:EPO在TG和OKC两组之间免疫组化表达水平存在显著性差异(P<0.05);EPOR在OKC分别与TG组、AB组间比较,差异具有显著型(P<0.05)。EPOR在AB的无细胞变异亚型分别与棘皮瘤亚型、颗粒细胞亚型之间比较有显著差异(P<0.05)。JAK2在细胞浆、细胞核中的表达,在TG、OKC、AB三组间比较均有显著性差异(P<0.05)(P<0.01);在细胞变异亚型、棘皮瘤亚型、颗粒细胞亚型之间比较有极显著差异或显著差异(P<0.001)(P<0.01)。STAT5在细胞浆、细胞核中的表达,OKC组分别与TG组、AB组比较,均有显著性差异(P<0.05)。结论:EPO/EPOR-JAK2-STAT5信号通路在TG组、OKC组、AB组之间,以及AB的各分型、亚型之间,表达显著差异。研究结果表明,EPO/EPOR在牙源性组织、瘤样病变、AB中通过JAK2-STAT5信号途径发挥作用,EPO/EPOR-JAK2-STAT5通路的异常活化与成釉细胞瘤的发生、发展有关。
- 尹晓东徐建凯吴衍昌王伟焦晓辉
- 关键词：成釉细胞瘤
- 计算机辅助药物设计课程项目教学评价体系初探被引量：2
- 2013年
- 项目教学是国内外工科教学普遍采用的一种教学方法,是项目教学的最后一个环节,对教学有积极的促进作用。本研究结合计算机辅助药物设计课程的教学要求,对项目教学的评价体系从教和学两方面进行了探讨。
- 徐建凯陈秀杰刘磊杨瑞智
- 关键词：项目教学计算机辅助药物设计
- 生物信息学专业MySQL数据库课程教学方法探讨
- 2016年
- 该文根据My SQL数据库特点,结合生物信息学专业特色,提出了理论与实践结合、项目与任务结合、考核与教学反思结合的教学方法,调动学生的学习主动性,使学生充分认识到My SQL数据库课程在生物信息学数据存储、数据处理等方面的重要作用,督促学生全面掌握数据库相关知识,通过项目与任务结合培养了学生的实践能力,很好地完成了教学任务,达到了预期效果。
- 崔颖史庆春徐建凯李孔宁
- 关键词：MYSQL数据库生物信息学
- 生物信息学专业Java语言课程的教学方法初探被引量：1
- 2016年
- Java语言是一门面向对象的编程语言,功能强大,在工业界和学术领域具有广泛的应用。本文针对生物信息学专业的Java语言课程教学提出了几点教学建议,注重理论基础、实践基础的学习,采用项目驱动教学方法和引入PBL教学方法,使学生掌握Java语言的编程思想并能够将其应用到生物信息学专业领域中,为以后的工作和学习打下良好的编程基础,培养使用Java语言开发应用平台的能力,帮助学生解决生物信息学专业问题。
- 崔颖史庆春徐建凯李孔宁
- 关键词：生物信息学JAVA语言PBL教学方法
- 利用决策森林构建复杂疾病驱动的基因网络
- 2009年
- 目前,癌症、糖尿病、心脏病、高血压等复杂疾病严重危害着人类的生命和健康,这些疾病并不是由孤立的单个基因发生改变所致,而是多基因联合作用的结果。从系统生物学的角度出发,针对以往基因网络重构算法非疾病驱动的问题,提出了一种利用决策森林构建复杂疾病驱动的基因网络的算法,着重关注基因间的协同作用与复杂疾病发病机理的关系。通过对结肠癌基因芯片数据的分析,识别出66个与结肠癌显著关联的基因互作,其中大部分互作关系参与细胞增殖、细胞凋亡、细胞分化、有丝分裂和免疫等与癌症密切相关的生物过程中。该方法从基因互作和通路的角度为系统研究疾病的遗传复杂性提供了一个崭新的思路。
- 姜伟吴超徐建凯杨月莹李霞
- 关键词：复杂疾病基因网络系统生物学
